הוועדה המחוזית לתכנון ובניה - מחוז מרכז, תנחה את מגישי תוכנית פיתוח נחל גזר, להכין תכנית שתסדיר את זרימת נחל גזר בקטע העובר בין אזור התעשיה רג"מ ועד ההתחברות עם האיילון, באפיקו הטבעי, באופן שיאפשר פעילות פנאי ונופש לאורכו של הנחל.
הוועדה פסלה הצעה להעביר את קטע הנחל העובר בצמוד לשכונה בתעלת בטון (מובל סגור), זאת לאחר שהשתכנעה שסגירתו של הנחל תפגום ברצף הטבעי של הנחל, לא תעמוד בספיקות המים הצפויות, תהיה מורכבת יותר מבחינת תחזוקה ועלולה לגרום למפגעי יתושים.
בהחלטתה כתבה הוועדה: "סגירת הנחל מהווה הפניית גב לנחל ומחמיצה הזדמנות לפיתוח בעל ערכים סביבתיים יחודיים".
החלטת הוועדה אשר התקבלה לאחר הופעתם בפניה של נציג "אדם טבע ודין", שמעון צוק, ושל נציגת תושבי גני-יער, ליה שטיינברג, קובעת ששיקום הנחל יתבצע כדלקמן:
יתבצע שימור מרבי של פיתוליו הטבעיים של הנחל. בקטעים נקודתיים ניתן יהיה להסיט את הנחל מהשטח הבנוי, כך לצורך שיקום החניות שקרסו בצמוד לנחל בקטע הצפוני של השכונה, יוסט אפיק הנחל מזרחה. דרך התחזוקה לאורך הנחל, תתוכנן כטיילת. לאורכו של הנחל יוקמו מעברים, לנוחיות הציבור. בנוסף ייצובו גדות הנחל באמצעים טבעיים, דוגמת צמחייה מתאימה ולא באמצעות בטון חשוף.
במקביל לדיוני הוועדה מתנהל בבית המשפט המחוזי בתל אביב דיון בעתירת "אדם טבע ודין" וועד תושבי גני-יער בדרישה כי תשונה תוכנית שלב ב' של השכונה הכוללת 602 יחידות דיור. העותרים טוענים, כי בניית שלב' ב' של השכונה תהרוס את הסיכוי האחרון להוסיף שטחים ירוקים לרווחת כל תושבי השכונה. העתירה הוגשה משום שלמרות התחייבות הקבלן, חברת לור"ם, לבנות פארק לתושבי השכונה, התברר שהחלק הבנוי של השכונה נבנה ללא המינימום הנדרש של שטחים ציבוריים פתוחים.
לטענת העותרים, תוכנית הבנייה איננה חוקית מכיוון שאיננה מסדירה את הכמות הנחוצה של שטחים ירוקים לתושבי המקום, וכן מפני שאושרה מבלי שהיזם עמד בהתחייבותו לשקם את החלק של נחל גזר הגובל בשכונה.
הדיון בפני השופטת אסתר קובו יתחדש ב-11 ביוני, לאחר שלפני כשלושה חודשים הוציא בית המשפט צו ביניים האוסר את המשך עבודות הבנייה במסגרת שלב ב' של גני-יער.
בעקבות החלטת הוועדה המחוזית אמרה מתכננת הערים, יעל דורי, מעמותת אדם טבע ודין: "מדובר בהחלטה אמיצה של הוועדה המחוזית שטוב היה באם היתה חלה על הנחל כולו. דורי ציינה כי יש לפתח את הנחל כיחידה אחת ולא באופן מקוטע, זאת על מנת להפכו לפארק ציבורי לרווחת תושבי הסביבה כולה ותושבי לוד בפרט".