מאז הפיגוע הרצחני בשוק של חדרה לפני כחודש וחצי (26.10.05) פעלו כוחות הביטחון - שב"כ בשילוב צה"ל והמשטרה נגד תשתיות הטרור ברחבי יהודה ושומרון תוך התמקדות בג'נין ושכם. מיד לאחר הפיגוע הנחה שר הביטחון, שאול מופז, לפעול באופן חופשי נגד ארגון הג'יהאד האיסלאמי.
במהלך תקופה זו נעצרו מעל ל- 150 פעילי טרור ומבוקשים. אחד הבכירים שהם
נעצר רק לפני כ- 10 ימים - איאד מחמוד חוסיין אבו אל-רוב. כשבוע לאחר הפיגוע בחדרה
חוסל האחראי לפיגוע במהלך חילופי אש עם חיילי צה"ל בקבטייה. בכירים במערכת הביטחון העריכו, כי אל-רוב הספיק להכין את הפיגוע בנתניה ימים ספורים לפני שנעצר.
גם על הפיגוע הבוקר, בו נרצחו חמישה ישראלים, נטל ארגון הג'יהאד האיסלאמי אחריות. בדיון
הערכת מצב מיוחד שהתקיים במערכת הביטחון הוחלט על המשך הפעילות נגד הארגון הכולל אף סיכולים ממוקדים של ראשי ארגוני הטרור. כמו כן הוטל סגר מלא על שטחי הגדה ורצועת עזה.
למרות מאז שהחל צה"ל להגביר את פעילותו בשטחי יהודה ושומרון חלה ירידה בכמות הפיגועים נגד ישראלים בשטחי יהודה ושומרון ובתוך מדינת ישראל, חלה עלייה ניכרת בפעילות הטרור ברצועת עזה שעיקרה ירי רקטות קסאם ופצצות מרגמה לעבר ישובים ישראלים. בנוסף, אומרים במערכת הביטחון, חלה עלייה במקרי הירי לעבר כוחות צה"ל הנעים סביב גדר הרצועה וכן מקרי הנחת מטענים.
במהלך הלילה האחרון עצרו כוחות צה"ל ברחבי איזור יהודה ושומרון מספר מבוקשים בג´נין נעצרו שני פעילי חמאס, בביר זית, צפונית לרמאללה, נעצרו שני פעילי החזית העממית לשחרור פלשתין, במחנה הפליטים ג´ייזלון, צפונית לרמאללה, נעצרו פעיל ג´יהאד איסלאמי פלשתיני ובחברון נעצר פעיל נוסף מארגון זה. במהלך הפעילות נפתחה אש לכיוון נקודת הביקורת עוותרא, דרומית לשכם. לא היו נפגעים ולא נגרם נזק.
