צה"ל החל בליל יום ב' לפעול שוב בשטחים: כוחות גדולים של צה"ל נכנסו לג'נין ולקלקיליה, וכבר עצרו עשרות פעילי טרור. המדובר במבצע מתגלגל, ובהכנות לכניסה גם לערים אחרות. גורמים פלשתינים מסרו, כי צה"ל הכניס לעיר ג'נין קרוואנים, דבר המעיד על כוונתו של צה"ל להישאר לטווח ארוך.
בשעות הלילה המוקדמות ביום ג' החל צה"ל בפעולה צבאית גם ברצועת עזה. מטוסי צה"ל ומסוקים הפציצו כמה מטרות ברצועה. ההפצצות התמקדו בחאן יונס, בג'בליה ובעזה. בקלקיליה נגרמו לפלשתינים אבדות בנפש. הם דיווחו על חמישה הרוגים, ועל יותר מ-10 פצועים. במהלך הלילה נכנס צה"ל גם לבית לחם. עוצר מלא הוטל על העיר. כוח אחר של צה"ל נכנס גם לרמאללה.
במהלך היום (יום ג') ובמיוחד בשעות אחר-הצהריים היו חילופי אש כבדים בקלקיליה, בין כוחות צה"ל לחמושים פלשתינים. צה"ל הכניס לאזור כוחות נוספים, כדי להתגבר על החמושים במקום.
בקרב הקשה בקלקיליה (יום ג') נהרגו קצין צה"ל וחייל. הקצין הוא סרן שלומי כהן (26); החייל - סמ"ר יוסף טלבי (20) מיהוד. בקרב זה נפצעו עוד ארבעה חיילים, מצבו של אחד מהם מגודר קשה.
חילופי האש הקשים שבהם נהרגו הקצין והחייל אירעו כאשר נכנס כוח צה"ל מגדוד נחשון לבניין בקלקיליה כדי ללכוד מבוקשים. הכוח טיפס עד לקומה השלישית, ושם הופתע מירי חמושים. הקצין והחייל נהרגו. ארבעה חיילים שנכנסו לחלצם, נפצעו. בקרב נהרג קצין מודיעין פלשתיני, וחמוש נוסף.
צה"ל החל לפעול אחר הצהריים (יום ג') גם בחברון. אחד המבוקשים במקום נלכד, ולאחר מצור על ביתו ויריות שנורו לעבר הבית שבו התבצר, יצא המבוקש והסגיר עצמו לידי כוחות צה"ל.
במהלך ישיבת המטבחון בליל יום ב' הבהיר ראש הממשלה אריאל שרון, כי כוונתו לגרש את יאסר ערפאת לא תמומש עתה, עקב עמדתם של גורמי הביטחון ושל שר הביטחון בנימין בן-אליעזר, השוללים את גירושו של ערפאת. הם מנמקים זאת בנזק העלול להיגרם, העולה על התועלת הצפויה מגירוש ערפאת.
כניסת צה"ל החלה זמן קצר לאחר ישיבת המטבחון, שבה הוחלט לשנות את מדיניות הפעולה של ישראל. מעתה, הוחלט, ייכנס צה"ל לשטחי הפלשתינים, במטרה לשהות במקום זמן רב, וזאת עד שייפסק הטרור. למעשה, מדובר בכיבוש מחדש של חלק מהשטחים.
צה"ל עומד להכביד את ידו גם על גורמי הטרור. ראשי ארגוני הטרור ומנהיגים פלשתיניים המסיתים לטרור, הם עתה על כוונת ישראל. גורמים במשרד ראש הממשלה הבהירו, כי ראש התנזים בגדה, מרואן ברגותי, לא ישוחרר ממעצרו. הוא יועמד לדין צבאי או אזרחי, עקב מעורבותו בפיגועים ובהרג ישראלים.
במקביל לפעולת צה"ל, החלה גם המשטרה בפעילות שתכליתה לתפוס שוהים בלתי חוקיים (שבח"ים) פלשתינים, ולגרשם מישראל. על-פי הערכות, רק באזור ירושלים שוהים עתה באופן בלתי חוקי כ-60 אלף (!!) פלשתינים, שחלקם מהווים סיכון ביטחוני. מאז הפיגוע אתמול בבוקר, נעצרו כ-1200 פלשתינים. כ-1000 מהם גורשו לשטחים. כ-200 מהם מוחזקים עתה לצורכי חקירה. כמו כן עצרה המשטרה כ-20 ישראלים שישתפו פעולה עם פלשתינים, הלינו אותם וסיפקו להם עבודה.
מחבלים-מתאבדים בדרך לפיגוע כוחות הביטחון בכונות גבוהה מפני פיגועים שבדרך. לידי גורמי הביטחון הגיע מידע, לפיו ארבעה מחבלים-מתאבדים כבר בדרכם לפיגועים בתוככי ישראל. כוננות גבוהה במיוחד הוכרזה בירושלים ובאזור הצפון.באחרונה שולחת אירן רכבת אווירית לדמשק בעבור החיזבאללה וככל הנראה הם מתכננים פיגועים גדולים.
