שר החוץ, שמעון פרס איים היום (יום א', 23.6.02) להתפטר מהממשלה, במידה שישראל תספח שטחים ממזרח לקו הירוק. דבריו של פרס נאמרו, בישיבה בנושא שבסופה החליטה הממשלה לאשר הקמת גדר ההפרדה.
במסגרת דיון הממשלה בגדר ההפרדה, טענו שרים מן הימין כי בניית הגדר יוצרת "עובדה בשטח", וקובעת באופן מהותי את הגבול העתידי בין ישראל לפלשתינים. ראש הממשלה הדגיש, כי מדובר בגדר ביטחונית ולא בהכרח בגדר הצמודה לקו הירוק.
בדיון הציג בן-אליעזר מפה המפרטת את תוואי הגדר, ובעקבות זאת פרץ עימות קשה בין שר הביטחון בנימין בן-אליעזר לבין פרס. שר החוץ טען, כי המפה מצביעה על כך שחלק מהגדר ייבנה ממזרח לקו הירוק, מה שאומר סיפוח שטחים - דבר הנוגד את עקרונותיו, ולכן במידה ויבוצע - לא יוכל להשאר חלק מהממשלה. כתגובה אמר ראש הממשלה: "אין לנו כוונה לוותר על אף שר, בטח לא עליך".
בן-אליעזר אמר, כי מדובר בגדר ביטחונית ולא פוליטית, החיונית למניעת חלק מפיגועי ההתאבדות. "אם נפתח זאת לויכוח פוליטי, לעולם לא תוקם פה גדר הפרדה וימשיכו חדירות המחבלים לישראל", אמר. בן-אליעזר הוסיף, כי אין בכוונת צה"ל לכבוש את השטחים הפלשתינים, אלא רק את הטרור.
לבקשת השר יצחק לוי, הודיע ראש הממשלה, אריאל שרון, כי השרים יוכלו להגיש עד סוף החודש את הצעותיהם לשינוי תוואי גדר ההפרדה, ואם יימצא לנכון - יובא הדבר שוב לאישור הממשלה.