שופטי בית המשפט השלום בראשון לציון, נאוה בכור ואברהם הימן גזרו (יום ג', 31.1.06) על רשות שדות התעופה קנס בסך 250,000 ש"ח בגין עבירות של זיהום מים ואי ביצוע צו פינוי רעלים, וכן התחייבות על סך 500,000 ש"ח ל-3 שנים להימנע מאותן עבירות. רש"ת הורשעה ביום 6.4.03 בהתאם להסדר טיעון עם המדינה, על סמך הודאתה, ונושאי המשרה בה נמחקו מכתב האישום.
קנס כבד בסך של 180,00 ש"ח הוטל גם על חברת ת.מ.מ - תעשיות מזון מטוסים (נמל התעופה בן-גוריון) בגין עבירה של זיהום מים, והתחייבות בסך 200,000 ש"ח לשנתיים להימנע מאותה עבירה.
מכתב האישום עולה כי בחודש ינואר 2000, עקב תקלה במפעל, הזרימה ת.מ.מ מזוט מהמפעל דרך תעלת ניקוז לנחל איילון. הרשות הואשמה כי למרות התראה שנשלחה לה, לא פעלה להפסיק מייד את הזיהום בכל האמצעים שנדרשו לכך, ובין היתר לא ביצעה בזמן פעולות של חסימת תעלת הניקוז, העברת נתונים על מיכלי הדלק בתחום הנמל ועבודות לפינוי הקרקע המזוהמת, כפי שנדרשו בצו לפינוי רעלים.
מרשות שדות התעופה נמסר בתגובה: "רש"ת רואה בחברת תמ"מ אחראית ישירה לזיהום המים. רש"ת בזמנו ניקתה את הזיהום לנוכח סירובה של חברת תמ"מ לעשות כן באותה עת ולהודות באשמה. במקביל, מתקיים הליך משפטי של רש"ת כנגד תמ"מ בגין אותו זיהום. רשות שדות התעופה פועלת לאכיפת חוקים בתחום איכות הסביבה על זכיינים, בעלי הרשאה וכל הפועל בתחומה".