פרקליטות המדינה מבקשת מבית המשפט העליון לדחות את העתירות המופנות נגד העברת הכספים לרשות הפלשתינית, בחודש פברואר 2006. לטענתה, העתירות אינן אקטואליות עוד, מכיוון שהעברת הכספים בה עוסקות העתירות התבצעה כבר ביום 6.2.06.
המדינה הבהירה (ד', 8.2.06), כי עדיין אין החלטה באשר להעברות עתידיות של כספים לידי הרשות הפלשתינית והעניין ייבחן מעת לעת, בהתאם לנסיבות, כפי שיתבררו באותו המועד. משכך, טוענת המדינה, העתירות הינן גם "עתירות מוקדמות" ודינן להידחות על הסף.
עוד טענה המדינה, כי דין העתירות להידחות על הסף מכיוון ששאלת העברת כספים לרשות הפלשתינית הינה סוגיה מדינית מובהקת, ובית המשפט אינו המקום הראוי לעסוק בה, שכן מדובר בסוגיה הכרוכה בטבורה ביחסי החוץ של מדינת ישראל, ובענייני מדינה וביטחון מובהקים. נציגי המדינה הוסיפו ואמרו, כי בכל הנוגע להעברת כספים לידי הרשות הפלשתינית, פועלת הממשלה ושר האוצר מכוח הסמכה מפורשת של הכנסת, ואין מקום להתערבות ביהמ"ש בנושא זה.
ארגון נפגעי הטרור מבקש למנוע העברת הכספים לרשות הממשלה החליטה ביום ראשון לשוב ולהעביר לרשות הפלשתינית את כספי המיסים שישראל גובה עבורה. ההחלטה התקבלה לאחר שהרשות התחייבה להוציא את הכספים עד ה-15 בפברואר, בטרם יספיק החמאס להרכיב ממשלה, ובממשלה הוחלט כי מדי חודש, תחליט הממשלה אם להעביר את הכספים.
לאור זאת הגיש ארגון נפגעי הטרור, "אלמגור", עתירה לבג"צ להוצאת צו על-תנאי שיורה לממשלה לנמק, מדוע לא תימנע מהעברת הכספים לידי הרשות הפלשתינית, לאור תוצאות הבחירות ברשות ועליית החמאס לשלטון. בנוסף מבקש הארגון להורות לממשלה להימנע מהעברת הכספים לרשות הפלשתינית עד תום הדיון בעתירה.
לטענת הארגון, הרשות הפלשתינית נתונה בימים אלה לתהליך השתלטות של ארגון החמאס, המוגדר ומוכח ללא כל ספק כארגון טרור לכל דבר ועניין. ממשלת ישראל, לטענת העותרים, לא הבהירה אלו צעדים עשתה, אם עשתה בכלל, על-מנת למנוע את השתלטות החמאס על הרשות הפלשתינית.
העותרים טוענים עוד, כי ממשלת ישראל לא הבהירה אם נקטה אמצעים לוודא כי הכספים המועברים לרשות לא יממנו פעולות טרור, כוחות טרור ומנגנוני תעמולה התומכים ומעודדים פיגועים נגד אזרחי ישראל. החיפזון שבהעברת הכספים, ללא כל בדיקה וטרם התבהרות המצב ברשות הפלשתינית עלול להוביל לתוצאות קשות - ולאחר העברת הכספים לא תהא דרך חזרה.
סיפורו של זיגזג ישראלי מאז ניצחונו הסוחף של החמאס בבחירות ברשות הפלשתינית, הופעלו מצד ישראל לחצים ממשיים על מדינות האיחוד האירופי שלא להעביר כספים לרשות הנשלטת בידי החמאס. בוועידה הכלכלית בדאבוס, שוויץ, נענו משתתפות רבות לטיעונים שהציגה ישראל, והביעו הסתייגות מהעברת כספים לרשות.
למרות זאת, במהלך השבוע שעבר ציין ממלא-מקום ראש הממשלה, אהוד אולמרט, כי הממשלה טרם קיבלה החלטה בעניין. "נבדוק ונשקול את השלכות המהלך. מצד אחד לא מדובר בכסף שלנו, מצד שני אם יש חשש שהוא ישמש גורמי טרור, לא נוכל להעבירו", אמר אולמרט.
ביום ראשון (5.2.06), אחרי ימים של התלבטות, קיבלה כאמור הממשלה החלטה, לפיה כספי המיסים שנגבים על-ידי ישראל יועברו לרשות הפלשתינית. ההחלטה האחרונה מגיעה אחרי שבימים שחלפו מאז ניצחון החמאס בבחירות הצהירו בכירים בישראל כי תישקל עצירת העברת כספים לרשות.
החלטת הממשלה להעביר את תשלומי המיסים לקופת הרשות הפלשתינית עוררה תגובות סוערות גם במערכת הפוליטית. בימין מיהרו להכריז כי "החמאס חוגג על אולמרט" והליכוד אף יצא בקמפיין בנושא. גורמים בימין אף הדגישו את המבוכה הנגרמת בזירה הבינלאומית לישראל, לאחר שאפילו ארה"ב החליטה למנוע העברת כספים לארגון.
גם בשמאל מתחו ביקורת, אך לא על ההחלטה עצמה, אלא על הסחבת והתנהלות ישראל בפרשה. חברת הכנסת זהבה גלאון מסיעת מרצ-יחד, אמרה שהעברת הכספים לפלשתינים היא צעד נכון. עם זאת, הוסיפה גלאון, כי "לא ברור מדוע היה צורך בזיגזוג והצהרות מיותרות לפני שהחליטו להעביר את הכסף שגובה ישראל עבור הפלשתינים".