רשם בית המשפט העליון, יגאל מרזל, דחה (יום ה', 9.2.06) את בקשת המוקד להגנת הפרט לקבל מידע מלא הנוגע לבית המעצר הסודי המשמש את גופי הביטחון בישראל. העותרת ביקשה לקבל מידע כולל, לרבות חשיפת מקומם של מתקני הכליאה, זהותה עצורים ועוד. בית המשפט נענה באופן חלקי לבקשה, והתיר רק פרסום המספר הכולל של העצירים שהוחזקו במתקני הכליאה (מבלי לפרט את זהותם), וכן הורה למסור פרטים על הנהלים הכתובים מכוחם מתנהלת הפעילות במעצר.
תחילת הפרשה באוקטובר 2003. אז עתר המוקד להגנת הפרט לבג"צ נגד המדינה בעניין מתקן הכליאה. טענת העותרת הייתה, כי המדינה וזרועות הביטחון שלה מקיימים מתקן כליאה וחקירות סודי. לדבריהם, אין לעצור, לבני משפחתו או לבני הציבור הרחב ידיעה על קיומו של בית מעצר זה, בניגוד לדין המקומי והבינלאומי.
עוד נטען בעתירה, כי במתקן מתרחשות הפרות של זכויות האדם וזכויות האסירים השוהים בו, הן בנוגע לתנאי הכליאה עצמם והן באשר לשיטות החקירה המופעלות בו. העותרת הוסיפה, כי סודיות המתקן קשורה בפגיעה בזכויות אדם, שכן היא אינה מאפשרת ביקורת ראויה על המתקן, ובה בעת היא מביאה למצב בו הכלואים מצויים במצב נפשי ירוד במחשבה כי איש אינו יודע היכן הם.
המדינה, בהודעתה אז, ביקשה לדחות את העתירה. עמדתה היתה, כי שמירת מקום המתקן בסוד נדרשת מטעמים חיוניים של בטחון המדינה שיובאו בפני בית המשפט - בהסכמת העותרת - במעמד צד אחד. שמירה זו על הסודיות, מכל מקום, אינה בניגוד לדין.
המדינה טענה עוד, כי השימוש במתקן הוא מצומצם ביותר ומיועד למקרים חריגים. מזה מספר שנים, נטען, משמש הוא רק למטרות חקירה. גם במקרים אלו, כך נטען, אין יסוד לטענות בדבר פגיעה בלתי חוקית בזכויות היסוד של הכלואים או בתנאי הכליאה להם הם זכאים.
בהכרעתם קבעו שופטי בג"צ כי המוקד יפנה בשאילתות לצה"ל, למשטרה ולשב"כ, על-מנת לקבל תשובות ברורות, ללא הוצאת צו על תנאי, ובכל מקרה שמורה לו הזכות לשוב ולפנות לבית המשפט לאחר קבלת תשובה מהרשויות המדוברות.
עקב אי שביעות רצון המוקד להגנת הפרט הוגשה עתירה לבג"צ על-מנת לחשוף פרטים נוספים על המתקן. רוב בקשותיה של העותרת נדחו, אולם חלקן אכן התקבלו.
בית המשפט הורה למדינה למסור פרטים אלו: כמה עצורים הוחזקו במתקן מיום הקמתו, ומה היה משך ההחזקה של כל כלוא וכלוא במתקן. מידע זה יכול להימסר ללא ציון שמות הכלואים או נסיבות כליאתם, על-מנת שלא לעורר קושי בנוגע לסודיות המידע עצמו.
הרשם מרזל ציין בהחלטתו, כי לשאלה מהו היקף השימוש במתקן יש השפעה על חוקיות וחוקתיות הסודיות שלו, שכן אם יש בסודיות פגיעה בזכויות הפרט, הרי שמידת השימוש במתקן והיקפה קשורים בהצדקה של פגיעה זו ומידתיותה.
בקשה נוספת שהתקבלה הייתה כי המדינה תמסור פרטים נוספים באשר לנהלים הכתובים הקיימים במתקן, ואשר לטענת המדינה תואמים את הדין ואת הנוהג במתקנים אחרים. בין היתר, ביקש המוקד להגנת הפרט לדעת אם המדובר בתנאים הקיימים בכל בתי הסוהר הצבאיים, לרבות התנאים הנוהגים כלפי חיילי צה"ל בבתי הדין הצבאיים.
בקשה זו התקבלה אף היא על-ידי הרשם, בנימוק שיש רלוונטיות לשאלה העקרונית אם הנהלים הקיימים במתקן זהים או דומים למתקנים אחרים, במסגרת שאלת החוקיות וההצדקה של סודיות המתקן.
