התנועה למען איכות השלטון בישראל עתרה (ב', 13.2.06) לבג"צ נגד ממלא-מקום ראש הממשלה, אהוד אולמרט, בדרישה שיעביר את צחי הנגבי מתפקידו כשר, נוכח הפגיעה הקשה באמון הציבור והמערכת השלטונית כל עוד הוא מכהן כשר, זאת לאור הראיות המנהליות הקיימות נגדו והודעת היועץ המשפטי לממשלה על כוונתו להגיש כתב אישום נגד הנגבי, בגין מרמה והפרת אמונים, עדות ושבועת שקר ושוחד בחירות, בפרשת המינויים במשרד לאיכות הסביבה.
התנועה עתרה לבג"צ באמצעות עוה"ד אליעד שרגא, ברק כלב ודפנה קירו-כהן ביקשה, כי יעניקו צווים על תנאי, צו ביניים ויקיימו דיון דחוף בנושא.
בעתירה ביקשה התנועה צו על תנאי נגד אולמרט, וכן שבג"צ יורה לו לנמק מדוע לא יפעיל את סמכותו מכוח חוק יסוד הממשלה ויעביר את הנגבי מתפקידו כשר. לדברי התנועה, העתירה הוגשה נוכח הפגיעה הקשה באמון הציבור במערכת השלטונית, כל עוד הוא מכהן בתפקידו כשר, לאור הצטברות הראיות המנהליות אשר קיימות נגדו, ובכללן: הודעתו של היועץ המשפטי לממשלה על כוונתו להגיש כתב אישום כנגדו, בגין פרשה חמורה של הפרת אמונים מצידו, בתקופת כהונתו כשר לאיכות הסביבה, ועדות השקר שמסר לכאורה בפני יו"ר ועדת הבחירות המרכזית.
כמו-כן, ביקשה התנועה צו על תנאי נגד היועץ, המורה לו להסביר מדוע לא ינחה את ממלא-מקום ראש הממשלה לפעול להעברת הנגבי מתפקידו כשר נוכח הפגיעה הקשה באמון הציבור במערכת השלטונית כל עוד הוא מכהן כשר, לאור הצטברות הראיות המנהליות אשר קיימות נגדו יחד עם הודעתו של היועץ על כוונתו להגיש כתב אישום נגדו בגין פרשה חמורה של הפרת אמונים מצידו, בתקופת כהונתו כשר לאיכות הסביבה, ועדות השקר שמסר לכאורה בפני יו"ר ועדת הבחירות המרכזית.
בנוסף, ביקשה התנועה להוציא צו ביניים המורה לשר הנגבי להימנע מלהשתתף בישיבות ממשלה ולהפעיל סמכויותיו כשר עד להכרעה בעתירה.
התנועה ביקשה עוד מבית המשפט, להורות על קיום דיון דחוף בעתירה בעקבות הצורך להביא להפסקת המצב בו אדם אשר היועץ המשפטי לממשלה הודיע, כי בכוונתו להגיש כנגדו כתב אישום חמור בפרשת מרמה חמורה ומסועפת, מכהן כשר בממשלת ישראל חרף הפגיעה הקשה ההולכת ונגרמת כתוצאה מכך לאמון הציבור במוסדות השלטון בישראל.
באוגוסט 2004 פרסם מבקר המדינה דאז, השופט (בדימוס) אליעזר גולדברג, ממצאי דוח חריג בחומרתו בנושא: "דוח ביקורת על מינויים פוליטיים ומינויים בלתי תקינים במשרד לאיכות הסביבה". בדוח זה תוארה שורת מעשים חריגים בחומרתם להם היה אחראי לכאורה צחי הנגבי, בין היתר תוך "רמיסת החוק ברגל גסה", "חלוקת טובות הנאה מקופת הציבור" למקורבים וכן "העדפת אינטרסים פוליטיים אישיים על פני אינטרס הציבור" כך גם עומד המבקר על כך שצחי הנגבי הביא ליצירת משרות פיקטיביות בעלות כבדה לקופה הציבורית וכן להעדפת ספקי שירותים מקורבים לצחי הנגבי אשר אף שולמו להם כספים כשלא שסיפקו תמורה.
הכל לשם קידום פוליטי אישי של צחי הנגבי.
דוח מבקר המדינה עמד בפירוט על עשרות מנויים פוליטיים אשר נעשו במשרד לאיכות הסביבה בתקופת כהונתו של השר הנגבי (ינואר 2001 - מארס 2003), והמבקר קבע חד-משמעית, כי האחראי הראשי לפרשה זו הוא השר הנגבי באופן אישי. לפיכך, קבע המבקר כי השר הנגבי מעל באמון הציבור ופגע בו. היועץ המשפטי לממשלה הודיע, כאמור, על כוונתו להגיש כתב אישום נגד הנגבי.
