ישראל הנהיגה ברצועה המזרחית של הגדה המערבית משטר של הגבלות תנועה חמורות החלות רק על האוכלוסיה הפלשתינית. צה"ל מספח בפועל את האיזור לישראל. כך עולה מתחקיר שערך באחרונה ארגון בצלם, מרכז המידע הישראלי לזכויות האדם בשטחים. מהנתונים עולה כי צה"ל יצר למעשה הפרדה מלאה בין הבקעה לשטחי יהודה ושומרון.
לדברי הארגון, צה"ל מונע, ככלל, כניסת פלשתינים לבקעת הירדן, ומאפשר רק לאלה מביניהם הרשומים כתושבי הבקעה להיכנס אליה. ניתוק הבקעה משאר הגדה המערבית פוגע פגיעה קשה בזכויות האדם של פלשתינים רבים. הם מדגישים, כי מדיניות ניתוק הבקעה מתבצעת מבלי שהוחלט על כך בממשלה ומבלי שהדבר יובא לידיעת הציבור.
מעדויות שאסף בצלם עולה, כי צה"ל אוסר על תנועת פלשתינים בכביש מספר 90, החוצה את הבקעה לכל אורכה, ומפנה את תנועת כלי הרכב הפלשתינים לכבישים משניים. בתחקיר שפרסמו הם כותבים: "פלשתינים בעלי אדמות חקלאיות בבקעה, שאינם מתגוררים בה, הופרדו מאדמותיהם. כתוצאה מסגירת הבקעה פלשתינים רבים החיים בכפרים הגובלים בבקעה והועסקו שם בחקלאות, איבדו את מקור פרנסתם. תושבי הכפרים הפלשתינים שמצפון למובלעת יריחו אינם יכולים לארח את קרובי משפחתם ואת חבריהם המתגוררים ביריחו, או מחוץ לאיזור הבקעה. נשים שהתחתנו עם תושבי הבקעה ועברו לחיות שם מבלי לשנות את סעיף המען בתעודת הזהות אינן יוצאות משטח הכפרים, מחשש שאם יעשו כן לא יורשו לשוב לבתיהן".
בבצלם מציינים, כי ממערב לבקעת הירדן הקימה ישראל בשנים האחרונות שבעה מחסומים קבועים, בהם ארבעה מסביב למובלעת יריחו. במהלך 2005 החמיר הצבא בצורה ניכרת את ההגבלות המוטלות על מעבר פלשתינים דרכם.
הם מוסיפים כי בתשובה לפנייתם, שהתקבלה בינואר 2006, מסר דובר צה"ל כי המעבר במחסומים אלה מתאפשר, ככלל, רק לתושבי הבקעה על סמך הצגת תעודת זהות, בתנאי שהמען הרשום בה הוא אחד מכפרי הבקעה. מעברם של שאר תושבי הגדה באותם המחסומים מתאפשר רק לאחר הצגת היתר מיוחד המונפק על-ידי המינהל האזרחי או ב"מקרים הומניטאריים".
הם מציינים, כי איסור זה אינו חל על כניסת תושבי הגדה לעיר יריחו, אולם הנסיעה משם צפונה לשאר חלקי הבקעה, נאסרה על הפלשתינים, כולל תושבי יריחו עצמם, למעט בעלי היתרים. "פלשתינים הנתפסים בבקעה ללא היתר", לפי דובר צה"ל, "מועברים לידי המשטרה".
יש לציין כי לאורך תשובתו לבצלם מבחין דובר צה"ל בין "שטחי יהודה ושומרון" מחד, לבין "הבקעה" מאידך, הבחנה ממנה משתמע שבעבור ישראל אין מדובר באותה יחידה טריטוריאלית. בצלם פנה ליועץ המשפטי של צה"ל בגדה המערבית על-מנת לברר היכן מעוגנת הבחנה זו, והאם הוצאו צווים צבאיים כלשהם המסדירים את סגירת שטח הבקעה מפני האוכלוסיה הפלשתינית ואת מעצרם של מי ששוהים בו ללא היתר. עד היום לא התקבל מענה לפנייה זו.
בבצלם מסכמים ואומרים, כי "טבעו של המשטר שמיישמת ישראל בבקעת הירדן, יחד עם התבטאויותיהם של נושאי תפקידים בכירים בסוגייה זו, מרמזים על כך שהמניע מאחורי מדיניותה של ישראל אינו ביטחוני-צבאי אלא מדיני: סיפוחה של הבקעה דה-פקטו לשטחה. סיפוח זה, בדומה לסיפוח דה פקטו של שטחים נרחבים אחרים שממערב למכשול ההפרדה, מהווה הפרה בוטה של זכותו של העם הפלשתיני להגדרה עצמית".
מכשול ההפרדה המזרחי, שישראל תיכננה לבנות לאורך גבולה המערבי של בקעת הירדן, נפסל בשל ביקורת בינלאומית חריפה, ופסק הדין של בג"צ מיוני 2004. הם טוענים, כי כיום מתברר שמה שנמנע מישראל להשיג באמצעי זה, ממומש בדרך אחרת. "זה כמה חודשים, מיישמת ישראל בבקעת הירדן משטר של הגבלות תנועה קשות על האוכלוסיה הפלשתינית. משטר זה בא להחליף את המכשול הפיסי שהקמתו נפסלה. המצב שיצר צה"ל בבקעה זהה כמעט לחלוטין למצב השורר ב"מרחב התפר" שבין מכשול ההפרדה לקו הירוק".
כל ממשלות ישראל מאז 67' ראו בבקעת הירדן את "גבולה המזרחי" של ישראל ושאפו לספחה לשטח המדינה. על-מנת לחזק את אחיזתה באזור, הקימה ישראל ברצועה המזרחית, החל בראשית שנות השבעים, 26 התנחלויות ועוד חמש היאחזויות נח"ל, בהן חיים כיום כ-7,500 תושבים.
במהלך השנים הוכרז רוב שטח הבקעה כאדמות מדינה וצורף לשטח השיפוט של המועצה האזורית ערבות הירדן, במסגרתה פועלות רוב ההתנחלויות בבקעה. במסגרת הסכמי אוסלו, הוגדר אזור הבקעה, למעט מובלעת מסביב לעיר יריחו, כשטח C, בו שולטת ישראל שליטה מלאה. לאחרונה הצהיר אהוד אולמרט, ממלא-מקום ראש הממשלה, בראיון טלוויזיוני, כי
בקעת הירדן תישאר בשליטת ישראל בכל הסדר עתידי.
במהלך השנימדובר צה"ל נמסר ל- Nfc בתגובה לדברים: "במהלך השנים האחרונות, עומד צה"ל מול ניסיונות חוזרים ונשנים מצד ארגוני הטרור הפלשתינים לפגע בעורף ישראל וביישובים הישראלים באזור יהודה ושומרון. בהתאם להערכות המצב העיתיות, מתקבלות ההחלטות על הצעדים שינקטו אל מול האיומים, במסגרתם גם הגבלות על התנועה, שמטרתן להקשות על מחבלים לממש את כוונותיהם. כך נעשה גם בתקופות שקטות יותר, אז מתאפשר לצה"ל להקל ולהסיר מחסומים בגזרות השונות".
"לכל אורך התקופה מורשים פלשתינים בעלי היתרים לעבור ולעבוד בבקעת הירדן, כמו גם מקרים הומניטריים, המטופלים על-ידי מנהלת התיאום והקישור,.
