"נמצאו כשלים בדרך ניהול החקירה. נמצא כי הצוות החוקר פעל בצורה רשלנית ולא מקצועית וכי לא מונה צוות מיוחד לחקירה הרגישה. כמו כן נמצאו כשלים טכניים המתייחסים לבקרת התהליך: תיעוד החקירה, תמלולי קלטת הפסקל, ביצוע השחזור לאירוע על-ידי חוקרי המשטרה הצבאית החוקרת וחקירת הזירה".
קביעות אלה הוצגו בסופו של תחקיר שהוכן על-ידי הצוות החוקר, שבוצע על-ידי שני קציני מילואים בכירים, תחקיר שהוגש לקצין המשטרה הצבאית הראשי, תת-אלוף רוני בני, ובפני הפרקליט הצבאי הראשי, תת-אלוף אביחי מנדלבליט.
התחקיר התמקד למעשה בדבר אופן חקירת המשטרה הצבאית החוקרת בתיק חקירת הריגתה של הילדה הפלשתינית, אימאן אל-האמס, סמוך למוצב גירית בגבול ישראל מצרים.
ביום 14 בפברואר 2006 הוצגו לראש אגף משאבי אנוש, האלוף אלעזר שטרן, ממצאי ומסקנות תחקיר שנערך בראשות קצין המשטרה הצבאית הראשי, תת-אלוף רוני בני, בנוגע להתנהלות המשטרה הצבאית החוקרת בתיק חקירת הריגתה של הילדה הפלשתינית בתאריך 5 באוקטובר 2004.
התחקיר הנוכחי נערך על-מנת לבחון את אופן ניהול חקירת המשטרה הצבאית החוקרת, ועל-מנת לאתר כשלים בניהולה, וזאת לאור הערות בית הדין ופסק הדין ולמען שיפור יכולות החקירה של משטרה צבאית חוקרת.
כמו כן התבקש התחקיר, לאחר שנמצא כי הרמטכ"ל, משה (בוגי) יעלון, קיבל בזמנו מידע בלתי נכון, עליו הסתמך ואותו מסר לאמצעי התקשורת. בעקבות חשיפת הבדלי הגרסאות והמסקנות השגויות, נאלץ צה"ל לבצע כאמור "תחקיר על תחקיר", ולהביא עתה את המסקנות בפני הדרגים הצבאיים ובפני התקשורת.
ואכן, בתחקיר נמצא שבחקירת המשטרה הצבאית החוקרת את האירוע התגלו כשלים חמורים. ראש אגף משאבי אנוש, האלוף אלעזר שטרן, סיכם כי "אירוע זה מהווה כישלון של המערכת ללא קשר לתוצאות המשפט. אין להשלים עם עבודה רשלנית של הגורמים המקצועיים. כשלים שכאלה אף עלולים לפגוע ביכולת להגיע לחקר האמת ולמיצוי הדין".
האלוף אלעזר שטרן קיבל את ממצאי התחקיר והנחה כי קצין המשטרה הצבאית ינקוט בהליך של נזיפה פיקודית כלפי ראש צוות החקירה, נגד בדרגת רב-סמל בכיר. כמו כן הורה לפתוח בהליך פיקודי של נזיפה כלפי קצין בדרגת סגן-אלוף אשר שימש במהלך החקירה כמפקד המשטרה הצבאית החוקרת דרום.
בהתאם לממצאי התחקיר הופקו הלקחים הבאים:
א) חודדו נהלי ניהול החקירות ודרך הבקרה עליהן;
ב) הוקם צוות משותף של המשטרה הצבאית החוקרת ומפקדת הפרקליטות הראשית אשר יקבע נהלי עבודה סדורים בין הגופים;
ג) הורחבו האמצעים הטכניים והתקציביים הניתנים לכל חקירה;
ד) מסקנות התחקיר ילמדו ויוטמעו בקורסים ובהכשרות של המשטרה הצבאית החוקרת ובקרב החוקרים והמפקדים הבכירים.
