אנשי אקדמיה ערבים קוראים לדחות את ההצעה לחייב את ערביי ישראל בשירות לאומי אזרחי במקום השירות הצבאי. עמדה זו הוצגה בכנס שנערך לא מכבר באום אלפחם מטעם "המרכז למחקרים מודרניים" תחת הכותרת "השירות הלאומי והפלשתינים בפנים" ("הפנים" מציין את שטח מדינת ישראל). על הכנס דיווח העיתון הלבנוני אלמוסתקבל.
בשם התנועה האיסלאמית, נאם סאלח לוטפי, אשר הדגיש בדבריו את היות אינתיפאדת אל-אקצה נקודת מפנה ביחסים בין המדינה למיעוט הפלשתיני בישראל ואשר לה השלכות גם על סוגיה זו.
חוקר אחר, מוחמד מהנד, טען, כי הדרישה לשירות לאומי משקפת את חתירתה של המדינה להדגיש את היותה מדינה יהודית ואת מדיניותה כלפי המיעוט הערבי. לדבריו, תוכנית השירות הלאומי כפי שנוסחה על-ידי ועדת עברי עוצבה על בסיס שיקולים אידיאולוגיים הנובעים מהחתירה של המנהיגים בישראל לשמור ולהעמיק את האופי היהודי של המדינה, וזאת מבלי לקחת בחשבון את המעמד התרבותי, המצב המיוחד וההיבטים החוקיים של המיעוט (הערבי) המקורי. מהנד רואה את השירות הלאומי כעומד בסתירה למאבק ארוך השנים שניהל המיעוט הפלשתיני בישראל על-מנת להגיע לנוסחה שתיתן מענה לזהות הקיבוצית של ערביי ישראל וההיבטים האזרחיים.
ד"ר יוסוף ג'בראין, מרצה באוניברסיטאות תל אביב וחיפה, אמר כי מדינת ישראל היא המדינה היחידה אשר החוק בה יוצר אפליה בין יהודי ולערבי. פטור משירות אזרחי למיעוט הפלשתיני ב'פנים' הוא זכות קיבוצית של מיעוט זה בגלל נסיבותיו המיוחדות, ציין ג'ובראן וטען, כי "יש זהות לאומית אחת ויחידה המוציאה מהכלל את האחרת".
פרופסור איבראהים אבו ג'אבר מנהל המרכז למחקרים מודרניים הביע התנגדות נחרצת לשירות הלאומי משום שהוא נכפה על ערביי ישראל ועשוי להעמיד אותם בהתנגשות עם אחיהם הפלשתינים. מעבר לכך, טען, המדינה אינה בוטחת בערביי ישראל ולכן אינה מעוניינת שיתגייסו לשירות צבאי ככל אזרח. בנימת התרסה אמר אבו ג'אבר: "אם אתם רוצים שנשרת שירות לאומי משום שאסור לנו שירות צבאי תנו לנו זכויות מלאות על האדמות, רכוש, פיצויים, המקומות הקדושים והשיבו את המגורשים והפליטים למולדתם".