תחקיר צה"ל אשר בדק את נסיבות מותו של סמ"ר עידו שפירא, בן ה- 20 מחיפה, במהלך פעילות צה"ל למעצר מבוקשים בג'נין, קובע כי סמ"ר שפירא נהרג מאש כוחות צה"ל ולא מירי המחבלים. בצה"ל מציינים כי הפעילות התקיימה בשטח סבוך וקשה.
תחקיר צה"ל החל מיד לאחר האירוע והוא בוצע על-ידי מפקד פיקוד המרכז, האלוף יאיר נווה. בצה"ל ציינו כי "מדובר באירוע מצער, אשר נעשה בעת לחימה באזור מורכב ותחת אש". כמו כן נמסר, כי צה"ל יימשיך בתחקור האירוע באופן מלא ויסודי.
צה"ל דיווח, כי במהלך הפעילות בג'נין, נפרס כוח צה"ל סביב בית בו, על-פי החשד, שהו מבוקשים. הכוח זיהה פלשתיני בורח מן הבית ובמקום התפתחו חילופי אש, מהם נהרג סמ"ר שפירא.
במהלך הפעילות בג'נין אשר בוצע על-ידי חיילי סיירת הצנחנים ואנשי שירות הביטחון הכללי, נעצרו שישה פעילי ארגוני הג'יהאד האיסלאמי והתנזים. במערכת הביטחון מציינים, כי עם העצורים נמנים ארבעה מבוקשים שהיו אחראים על תשתית הג'יהאד בעיר שיזמה וביצעה חמישה פיגועי התאבדות בשנת 2005, בהם נהרגו 21 ישראלים וקצין צה"ל. הם מדגישים, כי המחבלים עמדו להוציא פיגועי תופת נוספים בטווח המיידי.
באחרונה הייתה מעורבת תשתית טרור זו בפיגועים רבים: פיגוע ההתאבדות במועדון "הסטייג'" בתל אביב, בו נהרגו חמישה ישראלים בפברואר 2005; ביולי 2005 ארגנו חברי התשתית פיגוע התאבדות בקניון בנתניה בו נהרגו חמישה ישראלים; באוגוסט 2005 ביצעו פיגוע התאבדות בשוק בחדרה בו נהרגו שישה ישראלים; חברי התשתית היו אחראים גם כן לפיגוע ההתאבדות בקניון בנתניה בו נהרגו חמישה ישראלים בדצמבר 2005.
העצורים מעורבים בפעילות טרור במבצע בג'נין נעצר אחמד גמאל עווד אבו חסין, בן 25, במוצאו מג'נין, מבוקש פעיל ג'יהאד איסלאמי. במערכת הביטחון מציינים, כי אבו חסין פעל יחד עם בכירי המבוקשים בגזרת ג'נין. כמן כן, היה סייענם של נהאד אבו גנאם ונדאל אבו סעדה, פעילי ג'יהאד איסלאמי בכירים שנהרגו בפעילויות כוחות הביטחון בחודשים האחרונים.
גם בימים אלו היה אבו חסין בקשר עם מבוקשים בכירים בג'נין ובטולכרם. אבו חסין מוכר כמי שברשותו אמצעי לחימה וכמי שמבצע ירי על כוחות צה"ל בגזרה.
פאדי עלי אחמד דרבי כבן 21, במוצאו מג'נין, פעיל ג'יהאד איסלאמי. דרבי פעל בעברו עם תשתית התנזים, ובחודשים האחרונים שישמש כסייענם של בכירי הג'יהאד. במסגרת פעילותו היה דרבי מעורב בפעילות הכוללת הובלת פיגועי התאבדות.
חסין גמיל חוסין אקחש, כבן 24, במוצאו מעראבה, מתגורר בג'נין, פעיל ג'יהאד איסלאמי, אשר היה בעברו פעיל תנזים. אקחש מוכר כמי שביצע פעמים רבות ירי לעבר כוחות צה"ל. כמו כן היה אקחש מעורב בסחר באמצעי לחימה ושימש סייען.
דרגאם ע'אלב צאדק סעדיה כבן 31, מבוקש על חברותו בג'יהאד האיסלאמי המתגורר בג'נין, אשר היה בעברו פעיל תנזים. סעדיה שימש סייענו של נהאד אבו גאנם, פעיל בכיר בג'יהאד האיסלאמי שנהרג בפעילות כוחות הביטחון. סעדיה היה מוכר כמי שמעורב בהעברות מטענים ואמצעי לחימה. כמו כן עלה כי בעבר שימש סייענם של בכירי התנזים בג'נין.
מחמד תאופיק אחנמד קנדיל כבן 31, מבוקש 'תנז'ים', במוצאו מג'נין. קנדיל מוכר כסוחר אמצעי לחימה בכיר וכמי שביצע פעמים רבות ירי לעבר כוחות צה"ל בעת כניסתם לעיר ג'נין.
בנוסף, נעצר אחמד בסאם סולימאן ערוק, כבן 20 אשר שימש כסייען של התשתית ובביתו הסתתרו המבוקשים טרם מעצרם.
בסריקות שערכו כוחות צה"ל עם יציאת המבוקשים מהבית בו שהו, נתפסו שני נשקים מסוג קלאצ'ניקוב, שני אקדחים, שני רימוני יד ומספר מחסניות.
