עשרות אלפי איש אחזו אמש בנרות בידם כשהם מצטופפים בוותיקן לציון שנה למותו של האפיפיור יוחנן פאולוס ה- 2. עולים לרגל מכל העולם הגיעו להשתתף בטקס שערך ממשיכו, האפיפיור בנדיקטוס, לאחר דקה דומייה בדיוק בשעה 19:37 (שעון הוותיקן) - השעה שבה הלך לעולמו האפיפיור הקודם אשתקד.
בקהל נראו דגלי פולין ושלטי ענק כשבוותיקן העריכו כי מדובר בכ- 100,000 עד 150,000 איש שהגיעו לכיכר, כ- 10,000 מהם מפולין.
האפיפיור בנדיקטוס אמר: "יוחנן פאולוס ה- 2 מת כמו שתמיד חי... מוסר את עצמו לאלוהים ומפקיד את עצמו בידי מריה הקדושה".
ב- 2 באפריל 2005 כאמור בשעה 19:37
הלך האפיפיור יוחנן פאולוס השני לעולמו. מאותו ערב ועד ל- 8 באפריל, התאריך שבו נקבר, למעלה משלושה מיליון עולים לרגל הגיעו לרומא כדי לחלוק כבוד אחרון לאפיפיור היוצא, בבזיליקה סט. פיטר. תפילות מיוחדות התקיימו במהלך המיסה ביום ראשון בקהילות שונות.
ביקור היסטורי בשנת 2000 הגיע האפיפיור לביקור היסטורי בישראל ובשטחי הרשות הפלשתינית. במהלך ביקורו נפגש עם הרבנים הראשיים, נשיא המדינה וראש הממשלה, ביקר ב'יד ושם' והטמין פתק בכותל המערבי ובו כתב: "אנו מביעים צער עמוק על התנהגותם של אלה שבמהלך ההיסטוריה גרמו לבניך היהודים סבל ומבקשים את סליחתך. בכך אנו מביעים את רצוננו להיות אחי אמת לבני בריתו של אברהם".
אחד מיורשיו האפשריים של האפיפיור, הקרדינל כריסטוף שונבורן, המשמש כעת כארכיבישוף של וינה, ביקר בימים האחרונים בישראל ודיבר במילים חמות על זכותם של היהודים על ארץ הקודש. הקרדינל דחה את הטענה הנשמעת ברחבי העולם, לפיה התמיכה האירופית בישראל נובעת מרגשי אשמה בשל השואה.