מתברר שהשאיפות האקדמיות של חגי עמיר לא דועכות גם בין כתלי בית הסוהר. היום עתר (5.4.06) עמיר לבית המשפט המחוזי בתל אביב בבקשה להורות לשירות בתי הסוהר לאפשר לו להתחיל בלימודים אקדמיים באוניברסיטה הפתוחה.
כידוע, חגי עמיר מרצה עונש של 15 שנות מאסר בפועל בגין עבירות של קשירת קשר לביצוע פשע, קשירת קשר לפגיעה בערבים, ייצור, נשיאה ואחזקה של נשק.
כמו כן,
הורשע עמיר (22.1.06) בעבירה של השמעת איומים על חייו של אריאל שרון, זאת בעקבות תלונה שהגישו נגדו סוהרים בכלא אשמורת שבו הוא מרצה את עונשו.
יש לציין, כי בטרם גזר הדין ביקש עמיר לטעון כי אמר את הדברים עקב כליאתו הממושכת, אשר הפכה אותו למעורער בנפשו. בית המשפט דחה את הטענה, אך הורה על דחיית שלב הטיעונים לעונש, על-מנת לאפשר לתביעה לזמן לעדות את אחד הסוהרים באגף שבו מרצה עמיר את עונשו.
מנהלי הכלא טענו, כי עמיר ביקש מסוהרים לחייג עבורו להוריו כדי לדבר איתם. הסוהרים עשו זאת ולדבריהם אמרו לעמיר שלא היה מענה. בתגובה, טענו הסוהרים, עמיר פנה אליהם ואמר להם, ככל הנראה עקב חשדו שהסוהרים לא חייגו: "מה? אתם מפחדים שאני ארצח או אחסל את שרון? אני יכול להרים שיחת טלפון ולדאוג שיחסלו ויפוצצו את שרון".
בנוסף ביקש חגי עמיר לאפשר לו לפגוש את אחיו, יגאל עמיר, אותו לא פגש זה חודשים רבים.