בדוח הביקורת מצביע מבקר המדינה, השופט (בדימ.) מיכה לינדנשטראוס, על הטבות חריגות ומהותיות ביותר שניתנו לעובדים, ובראשם לבכירי ולחברי הנהלת הבנק. ההטבות "סודרו" תוך ניגודי עניינים חמורים ביותר מצד הבכירים, לרבות מצד הנגיד דאז פרופ' יעקב פרנק, והנגיד היוצא, ד"ר דוד קליין.
כדי להדגים את היקף ההטבות החריגות, מצביע המבקר על כמה מהאישים ש"חגגו" על חשבון הקופה הציבורית, בעת שפרשו:
- עודד חצרוני, שהיה חבר ההנהלה הבכירה, ומנהל בכיר:
בעת פרישתו מהבנק בשנת 2000 קיבל כ- 520 אלף ש"ח בעבור 267 ימי חופשה מיוחדת; 154 אלף ש"ח בעבור 119 ימי חופשת השתלמות מיוחדת; 456 אלף ש"ח בעבור 233 ימי חופשת השתלמות רגילה בשכר; 750 אלף ש"ח בעבור 240 ימי מחלה. בסך-הכל קיבל חצרוני 1.888 מיליון ש"ח. קובע המבקר: "על-פי המקובל בשירות המדינה, היה מר חצרוני מקבל כ- 416 אלף ש"ח בלבד בעבור ימי מחלה".
- אפרים גרוס, שהיה חבר ההנהלה הבכירה, מנהל משאבי אנוש:
בעת פרישתו מהבנק בשנת 2005 היתה רשומה לו יתרה של 190 ימי חופשה מיוחדת, שסכום פדיונם הכולל היה 416 אלף ש"ח. נוסף על-כך, היתה לו יתרה של 36 ימי חופשת השתלמות מיוחדת, שערך פדיונם מוערך בכ- 81 אלף ש"ח, 291 ימי חופשת השתלמות רגילה בשכר שערך פדיונם כ- 637 אלף ש"ח, וימי מחלה שערך פדיונם כ- 690 אלף ש"ח. דמי הפדיון של ימי החופשה המיוחדת, ימי חופשת ההשתלמות וימי המחלה הסתכמו ב- 1.824 אלף ש"ח.
- שבעה חברי הנהלה נוספים:
לשבעה חברי הנהלה נוספים שפרשו בשנים 2005-2000 שולמו תשלומים חד-פעמיים, שנעו בין 694 אלף ש"ח ועד ל- 2.833 מיליון ש"ח. המדובר, כאמור, בסכומי כסף ששולמו באופן בלתי תקין.
חברי ההנהלה - שביקשו להצדיק נוהג זה - מסרו למבקר המדינה, כי עובדים שלא היו חברי הנהלה קיבלו אף הם הטבות דומות בסכומים גדולים עוד יותר.
המבקר מציין, כי הנגיד הנוכחי, פרופ' סטנלי פישר, ומנכל בנק ישראל, מסרו בפגישה שנערכה ב- 14.2.06 כי דעתם אינה נוחה מהסכומים המשולמים לעובדים, וכי מעת שמונו לתפקידיהם הם פועלים לצמצום ההטבות שניתנו לעובדי הבנק, ושניתנו לעובדים חדשים ("דור ב'"). לשם כך הם מנהלים דיונים ממושכים עם משרד ראש הממשלה ועם ועד העובדים.
המבקר בדק ומצא, כי הנגידים והבכירים שכיהנו לפני כעשור, הם האחראים למעשים הבלתי תקינים ולהוצאת הכספים שלא כדין. המבקר מצביע מפורשות על הנגיד דאז, פרופ' יעקב פרנקל, ועל ד"ר דוד קליין (שמונה אחרי לנגיד), כמי שפעלו ב- 1996 תוך ניגוד עניינים חמור. הם אישרו לעצמם טובות הנאה בסכומי כסף גדולים יחסית, דבר שהיתה לו השלכה על כל מנגנון קביעת השכר ותנאי הפרישה של העובדים כולם. בזאת נטלו חלק גם המנהלים הבכירים - עודד חצרוני ואפרים גרוס.
המבקר חושף בדוח, כי המנהלים הבכירים דנן, ובהם קליין, "סידרו" לעצמם בשנת 1996 צבירה של 4% לצורכי פנסיה, לעומת 2% בלבד שהותרו על-ידי נציב שירות המדינה. כתוצאה מכך, לדוגמא, נוספו לקליין 7% פנסיה, והוסף לשכרו סכום כולל של 180 אלף ש"ח בשנים 2005-2000.
המבקר קובע: "היה אפשר למנוע את המצב המתואר לעיל אילו תנאי השכר של מי שמופקד על המשא-ומתן עם העובדים על תנאי השכר בבנק היו נקבעים בחוזה מיוחד ומנותקים משכרם של העובדים, מלכתחילה".