המוסלמים באוסטרליה ביקרו את המועצה האיסלאמית הלאומית בטענה כי היא סקסיסטית, חשאית, לא ייצוגית ושאינה רלוונטית. כך דווח בחדשות אוסטרליה (ב'). הערכה מרשיעה זו של הפדרציה האוסטרלית של המועצות האיסלאמיות (AFIC) - גוף אשר יועץ לממשלתו של ג'ון הווארד בנושאי איסלאם - אינה הראשונה אשר פוגעת לאחרונה באמינות אותו הגוף.
ה- AFIC הואשם על-ידי חוקרים פנימיים בחודש שעבר במימון פעילותו בכספי הציבור אשר מיועדים היו למימון בית ספר מוסלמי. הפדרציה היא גוף מטריה תחתיו תשע מועצות איסלאמיות.
עוד דווח, כי דעת הקהל הולכת וממעיטה בערכו של הגוף, אך נשיא AFIC, אחמיר עלי דחה את הביקורת נגד הגוף האיסלאמי ואמר כי הוא "אינו מייצג 100% מהמוסלמים אך כי אין כל ארגון מקביל אחר אשר מייצג יותר מוסלמים ממנו".