גם במגדלי השן האקדמיים נדרשו לשאלת היחס למדינת ישראל של הציבור הדתי-לאומי. בכנס שנערך אמש (ה', 27.4.06) באוניברסיטת בר-אילן עסקו הדוברים בשאלה, כיצד יש לציין מעתה את יום העצמאות - ה"חג" של הציבור הדתי-לאומי. בכנס, תחת הכותרת "ולתפארת מדינת ישראל", דובר על קולות בציבור הדתי, הקוראים להחרים את היום ואף להתאבל בו, לעומת הקולות הסבורים כי יש לחוג את היום כבכל שנה.
הרב יעקב מדן, ראש ישיבת הר-עציון ומחותמי אמנת גביזון-מדן (הצעה לטיפול במחלוקות בענייני דת ומדינה - ע.י.), שחרר בכנס רעיון שיסייע, לטעמו, לציבור הדתי-לאומי להתמודד עם ההתלבטות: ציון יום העצמאות בהודיה, אך לא בחגיגה. לדבריו, "יום העצמאות אינו רק נס-הצלה, ומדינת ישראל אינה רק יומרה למחסה מפני השמדה נוספת. האתוס הציוני דיבר לא רק על מניעת אסון, אלא גם על עצמאותו של העם היהודי וזהותו המתחדשת כעם אחד בארץ השם ומורשת האבות והנביאים.
"הכפר הגלובלי הוא המעצמה העולמית החדשה, המאיימת לשאוב אותנו אל תוכה של החצר האחורית של אירופה ולהפוך אותנו לקולוניה שלה, גם מבחינת זהותו הלאומית והתרבותית.
"חורבנם של 30 בתי כנסיות, השלכת יושבי חבל עזה לכל רוח, וניתוץ האתוס הציוני של הקשר בין ההתיישבות, לבין זכותנו על הארץ, מאיימים איום של ממש על המשך עצמאותו של העם היהודי בארצו.
"השבר כה עמוק שלא נוכל ביום עצמאותנו להפטיר כאשתקד. ויתור או קיצוץ בסדר התפילה ובהלל יכוון את חיצי האשמה על מה שקרה אל הקדוש-ברוך-הוא, חלילה, וזה איננו נכון. הורדת הדגל לחצי התורן או דבר דומה לכך, תקבע אותנו כאנשים שתוכן חייהם הוא התמרמרות ולא עשייה. אין מכה גדולה מזו לציונות הדתית. לכן אם ברצוננו להפטיר כאשתקד, אנו נהפוך את ראש השנה למדינה –מדוגמת חגיגות ראש השנה הנוצרי לראש השנה היהודי – יום של תפילה ועבודה קשה וחשבון-נפש, שאיננו סותר את אמירת ההלל.
"אנו נוותר על המנגל אחרי תפילה ברוב עם בתלבושת החג, נפשוט את בגדי החג ונלבש בגדי עבודה. נציין את היום לא בשמחה חגיגית, אלא באמירה של התגייסות לעשות אותה (את המדינה) טובה יותר, אנושית יותר ויהודית יותר.
"כל שנה נכריז על מפעל תיקון החברה והמדינה, שאליו נתגייס ביום העצמאות. את השבר שקרה לנו נציין בהמרת שימחת החולין: בזעה, בבנין, בחשבון-נפש ובתחינה לשם...", דברי הרב מדן.
לצאת ליערות לעומתו, רקטור האוניברסיטה, פרופ' יוסף ישורון, הביע חשש דווקא מפני הדימוי השלילי שעלול להיווצר לציבור הדתי-לאומי באופן בו הוא רואה את עצמו. "החרמת יום העצמאות או תליית דגלים שחורים במקום דגל המדינה ממקמת אותנו כאזרחים ממדרגה שנייה ושלישית - ולא מצד החברה או התקשורת או השלטון -אלא מצידנו!
"עלינו לחגוג את החג כבכל שנה ולצאת ליערות ואתרי הארץ, לקיים את המנגל המסורתי עם שאר בית ישראל, ולזכור כי מדינת ישראל היא הבית שלנו - לטוב ולרע. צריך להביט על מה שיש. אל ההישגים העצומים שהגענו אליהם, לשמוח בהם ולהודות לשם על כל הניסים והנפלאות שזכינו לראות בעינינו ולא זכו לכך דורות קודמים...", דברי ישורון.
עוד השתתפו בכנס: הרבנים יהושע שפירא, אבי גיסר, יהודה זולדן, אהרון כץ, והפרופסורים שלמה קניאל ויוסי כץ. את הכנס אירגן הרב ד"ר יצחק קראוס ראש המדרשה לנשים, והוא נערך בחסות המכון הגבוה לתורה והקתדרה ללימודי תולדות קק"ל ומפעיליה.