הרשויות המקומיות מעבירות פעילויות שבסמכותן לבצע לתאגידים שהן מקימות, בהם עמותות, וגם תומכות בעמותות הפועלות בתחומן. בשנת 2003 נתנו הרשויות המקומיות לעמותות כ-500 מיליון ש"ח.
משרד הפנים ורשם העמותות במשרד המשפטים אחראים, כל אחד בתחומו, לפיקוח, להנחיה ולהדרכה בכל הנוגע לשיתוף פעולה בין רשויות מקומיות לעמותות.
הרשויות המקומיות פועלות לא רק באמצעות עמותות עירוניות שקיבלו את אישור שר הפנים, אלא פועלות גם, שלא כדין, באמצעות "מעין עמותות עירוניות" - עמותות שייסדו בעלי תפקידים ברשויות המקומיות באופן אישי, והם מכהנים כמנהליהן.
פעילות הרשויות המקומיות באמצעות עמותות והפיקוח על פעילות זו אינם מוסדרים דיים. עמותות רבות פועלות במגזר השלטון המקומי שלא על-פי הוראות הדין. רשויות מקומיות מעבירות יותר ויותר פעילויות שבתחום סמכותן לידי עמותות שאינן עירוניות, אך הן ניזונות מתקציבי הרשויות המקומיות שלא כדין ובלי שמילאו אחר התנאים הנדרשים על-ידי משרד הפנים החלים על עמותות עירוניות.
הממצאים מלמדים שמשרד הפנים, שתפקידו לאשר לרשויות המקומיות להקים עמותות עירוניות ולהיות חברות בהן, וכן להדריך את הרשויות המקומיות ולפקח עליהן, לא הפעיל את סמכויות הפיקוח שלו; כתוצאה מכך קמו במהלך השנים "מעין עמותות עירוניות", ונבחרים ועובדים של הרשויות המקומיות פועלים בהן בניגוד עניינים בדרגות חומרה שונות, כאשר הם מכהנים בכפל תפקידים ואף לעתים בשלושה או ארבעה תפקידים בעמותות הקשורות לרשות המקומית.
משרד מבקר המדינה סבור כי לא רק שקיים טשטוש סמכויות במילוי תפקידים של נושאי משרה ברשות המקומית ובעמותות, ועקב כך היד שנועדה לפקח על העמותות מטעם הרשות המקומית היא גם היד המנהלת אותן, אלא שקיים ניגוד עניינים העלול להביא להעדפה של עמותות שבהן מכהנים אותם נושאי משרה. דבר זה עלול לפגוע בעקרון השוויון בהקצאת המשאבים של הרשות המקומית.
על רשם העמותות ומשרד הפנים לשתף פעולה ולאתר "מעין עמותות עירוניות" שהרשויות נוהגות בהן כאילו הן עמותות שלהן.
שרשור כספים באמצעות עמותות הוא תופעה לא ראויה שיש לבערה. אסור שהעמותות ישמשו צינור להעברת כספים כמו תרומות, מימון שכר עובדים ברשות המקומית, מתן ערבויות והתחייבויות לעמותות ולגופים, שהרשויות המקומיות אינן יכולות לתת להם את הכספים במישרין.
על הרשויות המקומיות להקפיד על שמירת כוחן הניהולי במוסדות העמותות העירוניות כדין, כדי שלא יתקבלו החלטות בנושאים שאינם בגדר סמכויותיה ותפקידיה של הרשות המקומית.
אף שאחת המטרות של העברת פעילויות לעמותה היא הקלת העומס הכספי מעל הרשות המקומית על-ידי גיוס כספים ממקורות נוספים, ממצאי הביקורת מצביעים על תלות כלכלית גוברת של העמותות ברשויות מקומיות, ורבות מהעמותות מקבלות את כל מימונן מגופי השלטון - משרדי ממשלה ורשויות מקומיות, והדבר מחייב בדיקת התועלת שבפעילות זו שבאמצעות עמותות.
מאחר שהרשויות המקומיות שבהן נבדק עניין זה לא ראו לנכון ליישם את המלצת משרד הפנים להגביל את שיעור התמיכה הכספית של הרשויות המקומיות לעמותות, ראוי שמשרד הפנים יקבע מדיניות ונהלים ברורים בעניין זה ובהם אמות מידה המבטיחות חלוקה הוגנת של משאבי הרשות המקומית לגופים השונים.
כדי למנף את רצונן של חברות וקהילות לתרום כספים לעמותות, יש להגביר את אמון התורמים האפשריים בעמותות, בין השאר על-ידי גילוי נאות של נתונים על עמותות ועל פעילותן. על רשם העמותות במשרד המשפטים ועל משרד הפנים ליצור מאגר נתונים אמין וזמין על עמותות עירוניות ועל עמותות המקבלות תמיכה מרשויות מקומיות ולמלא את תפקידי הפיקוח על העמותות שהוטלו עליהם בחוק.
על משרד הפנים לרענן ולקבץ את כל ההוראות לניהול עמותות, את הכללים למניעת ניגוד עניינים ואת ההנחיות בנושאי הייסוד, הניהול של העמותות, הפיקוח עליהן ודיווחן הכספי, להנחות את הרשויות המקומיות לפעול לפיהן ולעקוב אחר יישומן.
