בינואר 2006 פנה לנציבות עורך דין המייצג משפחות שהתגוררו בגוש קטיף והעתיקו במסגרת תוכנית ההינתקות את קברי יקיריהן מבית העלמין שבגוש קטיף לבית העלמין בניצן ובמשואות יצחק. בתלונתו טען כי מִנהלת סל"ע, סיוע למתיישבי חבל עזה וצפון השומרון (להלן - מִנהלת סל"ע), לא עמדה בהבטחתה להכשיר בעוד מועד את בתי העלמין בניצן ובמשואות יצחק לקליטת הקברים: בבית העלמין בניצן לא הוכשרה דרך גישה ראויה ואין בו סככת אבלים וחדר טהרה, ואילו בבית העלמין במשואות יצחק המצבות הישנות שהועתקו מבית העלמין בגוש קטיף נזרקו בשדה קוצים בסמוך לבית העלמין ולא נקברו, שלא כמתחייב מההלכה ושלא לפי ההבטחה שניתנה למשפחות. כמו-כן, בחלקה המיועדת לקבורת נפטרי גוש קטיף שבבית העלמין לא הושלמו עבודות ההכשרה והפיתוח ולא הושלם שביל הגישה לחלקה, שלא כמובטח על-ידי מִנהלת סל"ע ומשרד הביטחון.
התלונה על בית העלמין בניצן אשר לדרך הגישה לבית העלמין, מביקור במקום עלה כי לבית העלמין נסללה דרך שהיא בגדר פתרון זמני הולם לבעיית נגישותו של בית העלמין למשפחות. כמו-כן מִנהלת סל"ע הודיעה לנציבות כי לאחר שתושלם הבנייה של בתי הקבע ביישוב תיסלל גם הדרך אל בית העלמין.
אשר לסככת האבלים וחדר הטהרה, המתלונן טען כי ממכתבו ממאי 2005 של ראש מנהלת סל"ע למשפחות השכולות השתמע שיוקם בניצן בית עלמין חדש "שיוכנסו בו כל המרכיבים הנדרשים לפי רוח ישראל סבא". חדר טהרה וסככת אבלים הם חלק בלתי נפרד מבית עלמין, אך הם לא נבנו במקום, אף שראש מִנהלת סל"ע הבטיח במכתבו האמור כי המִנהלת תסייע למועצה האזורית חוף אשקלון "הן בתכנון בית העלמין והן בהשקעות הנדרשות". עוד טען המתלונן כי סככת האבלים שהייתה בבית העלמין בגוש קטיף, שמומנה והוקמה על-ידי תושבי המקום, לא פורקה משום שנציגי המדינה הבטיחו שסככה דומה תוקם בבית העלמין.
בירור הנציבות העלה כי אף שבתחילה נראה היה שמִנהלת סל"ע מתכוונת לממן את בניית המתקנים האמורים ולסייע בבנייתם, עם חלוף הזמן נראה היה שהיא חוזרת בה מכוונתה האמורה: בפברואר 2006 נטען כי הבנייה תתחיל בתוך זמן קצר, לאחר שתוכנית בניין העיר שמתירה את הבנייה במקום תקבל תוקף ואפשר יהיה לקבל היתר בנייה לביצוע העבודות. ביולי 2006 נמסר לנציבות כי בקשה לקבלת היתר בנייה הוגשה "לפני כחודש ימים" לוועדה המקומית לתכנון ולבנייה, וכי הבנייה תתחיל לאחר קבלת היתר הבנייה. ואולם מאותה העת החלו להישמע הסתייגויות הנוגעות למימון הבנייה: בתחילה הוסבר כי העבודות יחלו בכפוף לכך שמשרד האוצר יקצה את התקציב המתאים לכך. לאחר מכן, באוקטובר 2006, נמסר לנציבות כי משרד האוצר, משרד הביטחון, ומִנהלת סל"ע טרם הסדירו ביניהם את נושא התקציב להקמת חדר הטהרה והסככה, ובנובמבר 2006 הודיעה מִנהלת סל"ע לנציבות כי משרד האוצר אינו מאשר בינתיים את מימון הקמת חדר הטהרה וסוכת האבלים, וכי בינואר 2007 אמור להתקיים דיון בעניין "בוועדה להסרת חסמים", ועדה שמטרתה לטפל בנושאים שלא נפתרו על-ידי צוותי ההקמה וועדות ההיגוי שהוקמו ליישום תוכנית ההינתקות.
ביולי 2007 מסרה מִנהלת סל"ע לנציבות, לאחר שקיבלה ממנה פניות חוזרות ונשנות, כי מנכ"ל משרד ראש הממשלה, שהוא יו"ר הוועדה, החליט כי דינו של בית העלמין כדינם של שאר מבני הציבור המוקמים ביישובי הקבע, ולכן "מבני הציבור האמורים לשמש את בית העלמין בניצן ייבנו ביחד עם שאר מבני הציבור ביישוב ניצן" ועל-פי הכללים שנקבעו על ידו. הסיבות להחלטה זו היו מגבלות תקציב והעובדה שרק ארבעה מבין ארבעים ושבעה הקברים שהיו בבית העלמין בגוש קטיף הועברו לבית העלמין בניצן.
נציבות תלונות הציבור הטעימה לפני מנכ"ל משרד ראש הממשלה כי אף אם לא הייתה במכתבו של ראש מִנהלת סל"ע הבטחה שלטונית מחייבת מבחינה משפטית, הוא נשלח בנסיבות מיוחדות ויוצאות דופן והשתמעה ממנו הבטחה להכשיר במקום בית עלמין על כל מתקניו. לפיכך, מן הראוי שההבטחה שניתנה למשפחות תתממש ובנסיבות המקרה אין בנימוק של מגבלות תקציב כדי להצדיק את אי-בניית המתקנים החסרים. יתרה מזו, בית עלמין שונה במהותו ממבני ציבור אחרים, והעלויות הנדרשות להקמת המתקנים בו נמוכות במידה ניכרת מאלה הנדרשות להקמת מבני ציבור אחרים. לפיכך יש לעשות את כל הנדרש כדי לייחד תקציב להקמת המתקנים החסרים בהקדם האפשרי.
באוקטובר 2008 נמסר לנציבות כי נמצא התקציב לביצוע העבודות, וכי לאחר שיושלם תכנון המבנים יוחל בהקמתם.
התלונה על בית העלמין במשואות יצחק בירור הנציבות העלה כי על-פי החלטת ממשלה מאוגוסט 2005, הטיפול בהבאתן לקבורה של המצבות הישנות שהועתקו מגוש קטיף הוא באחריות הרבנות הצבאית הראשית ומשרד הביטחון. המתלונן פנה למשרד הביטחון בעניין, ובאוגוסט 2008 הוא הודיע לנציבות כי המצבות נטמנו בבית העלמין במשואות יצחק ואף הוקמה במקום אנדרטה לזכר הנפטרים.
אשר לעבודות הפיתוח בחלקה שהוכשרה לקבורת נפטרי הגוש, הבירור העלה כי התעורר קושי בקבלת התחייבות למימון השלמת העבודות במקום ולכן התעכב ביצוע העבודות. בעקבות פניית הנציבות למִנהלת סל"ע היא קיבלה עליה, לפנים משורת הדין, לסייע בהשלמת פיתוח החלקה האמורה. באפריל 2008 נמסר לנציבות כי נושא המימון הוסדר, וכי הועבר תקציב לגורם המבצע - המועצה הדתית האזורית שפיר, שבתחום שיפוטה שוכן בית העלמין משואות יצחק. במסגרת המעקב אחר ביצוע ההחלטה הודיע המתלונן לנציבות בינואר 2009 כי עבודות הפיתוח הושלמו.
