הנזירים מהמסדר הדומיניקני היו היוזמים להקמת האינקוויזיציה הספרדית. הם עשו מאמצים בלתי נלאים כדי לשכנע את האפיפיור ואת פרננדו ואיזבלה מלכי ספרד, לצוות על הקמת אינקוויזיציה בספרד. אבל, רק ב-1478 החליטו המלכים הקתולים לפנות לאפיפיור סיקסטוס הרביעי בבקשה להקים אינקוויזיציה. האפיפיור נעתר לבקשה ושלח בולה אפיפיורית המחייבת הקמת אינקוויזיציה, ונתן את הסמכות להפעלתה בידי המלוכה הספרדית. קיימת גרסה שתומס דה טורקמדה היה זה ששכנע את שליטי ספרד להקים אינקוויזיציה. הוא הצליח להשיג את מטרתו בנצלו אירוע שהכה גלים ברחבי הממלכה: סיפרו על צעיר נוצרי שחיזר אחר נערה מהנוצרים החדשים. באחד הימים, כאשר בא לביקור בביתה נתקל בסדר פסח. אירוע זה סייע בידי טורקמדה לשכנע את המלך והמלכה שהמתנצרים נשארו יהודים ושעל הכנסייה לטפל בתופעת הכפירה.
יש מספר גירסאות לגבי המועד בו הוקמה האינקוויזיציה. לפי גרסה אחת המלך חתם על הצו מיד, אבל איזבלה התלבטה קצת ואישרה את הצו בחתימתה רק ב-1480, בלחצו של טורקמדה. על-פי גירסה אחרת, האינקוויזיציה החלה לפעול ב-1478, אבל פעילותה הופסקה זמנית בהוראת האפיפיור, והצו לחידוש פעילותה ניתן ב-1480. על-פי גירסה שלישית, המלך פרננדו אישר את הצו אבל הצו היה טעון אישור הקורטז של ארגון, והאישור ניתן רק ב-1484. תומס דה טורקמדה התמנה לאינקוויזיטור ראשי רק ב-1483, ובקסטיליה החלה האינקוויזיציה לפעול רק מ-1485.
לאחר גל ההתנצרות הראשון על-רקע הפוגרומים של 1391 הייתה הכנסייה שבעת רצון ממספרם הרב של המתנצרים, שהמירו דתם מרצון או מאונס, המוערך בכ-100,000.
הכנסייה לא הייתה מודאגת מקליטתם מתוך הנחה, שבהדרגה, יהפכו המתנצרים החדשים לנוצרים אמיתיים. לכן, הכנסייה לא עשתה הבחנה בין נוצרים ותיקים לנוצרים חדשים. כמו-כן, מבחינת תפישת העולם של הכנסייה הספרדית, כל התנצרות, מרצון או מאונס, היא פעולה בלתי הפיכה. הנצרות, על-פי תפישת ראשי הכנסייה הספרדית, אינה מכירה בחזרה לדת הקודמת, משום שנוצרי הוא נוצרי לנצח, והעונש על חזרה ליהדות הוא מוות בעוון כפירה. באותה מידה, מי ששומר בסתר על מנהגים יהודיים הוא כופר ודינו מוות. לכן, לאותם נוצרים חדשים שרצו בכך, לא היה כל קושי להתקבל לשורות הכנסייה, וחלקם הגיעו למשרות הרמות ביותר. הרב סלומון הלוי, רבה של בורגוס, היה להגמון של בורגוס, ברתולומיאו קאראנזה, נוצרי חדש, היה להגמון של טולדו והרננדו דה טאלאבירה, אף הוא נוצרי חדש, היה לארכיהגמון של גרנדה. גם בראשות האינקוויזיציה היו יהודים לשעבר. קיימת השערה שסבו של תומס דה טורקמדה היה יהודי. גם הנזירה תרזה הקדושה מאבילה הייתה בת אנוסים
היו מספר סיבות להקמת האינקוויזיציה בספרד. הסיבה הישירה להקמתה הייתה המלחמה בכפירה בכלל, אך בעיקר בנוצרים החדשים שנחשדו בקיום מנהגים יהודיים בסתר. אבל, מאחורי הנימוק הדתי הסתתרו אינטרסים פוליטיים וכלכליים של משפחת המלוכה והכנסייה.
האוכלוסייה הנוצרית הסתכלה בקנאה בנוצרים החדשים, שהשתחררו מכל ההגבלות שהוטלו עליהם בהיותם יהודים, וניצלו את מעמדם החדש להתקדם בכל תחומי החיים, והפעילה לחץ על הכנסייה והמלוכה לבדוק היטב את מידת כנותם של הנוצרים החדשים בטענה שהם התנצרו רק למראית עין. למעשה, המשיכו הנוצרים הוותיקים לראות במתנצרים יהודים והמשיכו לראות בהם זרים מבחינה אתנית- גזעית. השנאה הדתית הפכה לגזענות. המלוכה חששה למעמדה לנוכח הלחץ הציבורי, שהיה מלווה בפוגרומים נגד הנוצרים החדשים. החשש מאובדן השליטה שכנע את פרננדו ואיזבלה להיענות ללחץ הציבורי כדי להרגיע את התסיסה החברתית ולחזק את מעמדה הפוליטי של המלוכה. יש לקחת בחשבון שהאיחוד הרשמי בין ארגון וקסטיליה ארע רק מספר שנים קודם, ב-1479, אם כי נשואי הזוג נערכו ב-1469.
החלטה זו הושפעה גם מהערצתו של פרננדו למקיאבלי. פרננדו השתכנע שלמען הבטחת שלטונו יש הכרח באיחודה וגיבושה של הממלכה תחת דת אחת.
ומעל לכל, לנגד עיניו של המלך עמד האינטרס הכלכלי. על-פי התקנות שהוצעו להפעלתה של האינקוויזיציה, יוחרם רכושם של הכופרים ורובו יעבור לקופת המדינה. לא נעלמו מעיניו של פרננדו האפשרויות להתעשרות אישית מהחרמות הרכוש, מאחר שחלק ניכר מהנוצרים החדשים נמנו על עשירי ספרד.
כך, הרעיון מאחורי ההחלטה להקים אינקוויזיציה בספרד היה לטפל בכופרים כאמצעי להבטחת הספרדיזציה והקתוליזציה של הממלכה תחת שלטונם האבסולוטי של המלך והמלכה, וכאמצעי להתעשרותם של השליטים.
ההיסטוריונים חלוקים בדעותיהם לגבי השאלה אם האינקוויזיציה הוקמה מפני שהנוצרים החדשים המשיכו לקיים יהדותם בסתר, או שהטענה שהנוצרים החדשים הם יהודים בסתר באה כדי להצדיק את הקמת האינקוויזיציה שאמורה לשרת את האינטרסים של הכנסייה והמלוכה, וכדי לרצות את הציבור, כאחד.
הבעיה הניצבת בפני החוקרים היא שהמקור העיקרי לברור חילוקי הדעות הללו הם מסמכי האינקוויזיציה. מסמכי האינקוויזיציה מביאים בפירוט את מהלך המשפטים שנערכו לנאשמים בכפירה שבהם הובאו הווידויים של הנאשמים על מנהגים יהודיים שקוימו על ידם. הווידויים הללו שימשו בסיס להרשעתם. אלא, שהווידויים הוצאו מהנאשמים באמצעות עינויים אכזריים ביותר ושאלת אמינותם היא בעייתית.
ההיסטוריון בנציון נתניהו בדעה שהמסמכים הם אוטנטיים, אבל הם משקפים את המציאות לגבי לתקופה שלאחר הקמתה של האינקוויזיציה. לדעתו, אין ראיות שתופעת היהדות בסתר הייתה בממדים שהצדיקו את הקמת האינקוויזיציה. לדעת נתניהו בהתחלה הייתה ההתנצרות פורמלית בלבד, אבל חציית הקווים הניעה תהליך שהביא להתבוללות. ההתנצרות הייתה כרטיס כניסה לחברה הנוצרית והמתנצרים השתחררו מכל ההגבלות שחלו עליהם כיהודים והתקדמו לתפקידים בכירים ברמה העירונית והממלכתית ואף בכנסייה. רבים אחרים עשו עסקים והתעשרו. לדעת נתניהו, ההתבוללות נבעה מתוך ייאוש מהעתיד היהודי, מאחר שהוויכוחים והפוגרומים הביאו למשבר דתי וארגוני חמור. הוא טוען שהנוצרים החדשים השלימו עם גורלם ותוך שלושה דורות נחלשה יותר ויותר הזיקה ליהדות, ורוב צאצאיהם של המתנצרים גילו עניין מועט ביהדות. לדעת נתניהו הטיעון שהנוצרים החדשים ממשיכים לשמר יהדותם בסתר "הומצא" כדי לתת לגיטימציה להקמת האינקוויזיציה ולמלחמה בכופרים. הוא סבור שרק לאחר שהאינקוויזיציה החלה לרדוף את הנוצרים החדשים, הם, בייאושם, חזרו ליהדות. במלים אחרות, האינקוויזיציה הביאה לשיבה ליהדות ולא להפך. פרופ' נורמן רוט מאוניברסיטת
ויסקונסין- מדיסון, מסכים עם נתניהו.
כנגד התזה של נתניהו עומדת התזה הנגדית. ההיסטוריונים יצחק בער וחיים ביינארט סבורים שהנוצרים החדשים נשארו יהודים בליבם וההתנצרות בעקבות הפוגרומים של 1391 הייתה למראית עין בלבד במשך כמאה שנים לאחר ההתנצרות. הם סבורים, שבהדרגה התברר לכנסייה שרבים מהנוצרים החדשים הם יהודים בסתר. לכנסייה הגיעו ידיעות על הקשרים בין נוצרים חדשים והקהילה היהודית שהגישה להם בסתר שירותי דת כמו מצות לפסח, מועדי החגים, שחיטה כשרה, מזון כשר, מוהלים ועוד...
קיימת גם תזה שלישית, של פרופ' יוסף קפלן מהאוניברסיטה העברית, הסבור שהנוצרים החדשים לא היו קבוצה הומוגנית. חלק התנצרו בשל היתרונות הכלכליים, חלק התנצרו מתוך ניהיליזם והעדר אמונה דתית, חלק התנצרו מתוך ייאוש מהמצב וחלק התנצרו למראית עין בלבד. רק הקבוצה האחרונה שמרה על יהדות בסתר. אבל, אין נתונים מהימנים לגבי גודלה של כל אחת מהקבוצות.
אבל, כל ההיסטוריונים מסכימים שלא רק מניע דתי עמד מאחורי ההחלטה להקמת האינקוויזיציה.
האינקוויזיציה לא הייתה המכשיר היחידי לבלימת הנוצרים החדשים במעלה הסולם הסוציו- כלכלי והציבורי. עד אמצע המאה ה- 15 יכלו הנוצרים החדשים לנצל בהצלחה את מעמדם החדש כדי להתקדם בכל תחומי החיים. אבל, הלחץ הציבורי על הרשויות העירוניות הביא לחקיקת חוק "טוהר הדם" כתנאי למילוי תפקידים ציבוריים. העיר טולדו הייתה הראשונה לחוקק את החוק ב-1449 וערים בכל רחבי הממלכה לא אחרו ללכת בעקבותיה. הממשל המלכותי לא אחר להצטרף באמצעות חקיקה. החוק נועד לסגור את כל המשרות הציבוריות ברמה העירונית והממשלתית בפני "בעלי דם לא טהור". כלומר, מועמדים שלא יוכלו להוכיח באמצעות רשימות גנאלוגיות שמוצאם "מדם נוצרי טהור" לא יוכלו למלא משרות ציבוריות. החוק נועד גם לסגור בפני הנוצרים החדשים הצטרפות לשורות הכנסייה ככמרים או נזירים, למסדרים הצבאיים, ולתפקידי הוראה באוניברסיטאות.
חוק "טוהר הדם" הביא להתפתחות "תעשיה של רשימות גנאלוגיות פיקטיביות" מצד נוצרים חדשים על-מנת לחדור דרך מחסום טוהר הדת.