ראשיתו של היישוב הישראלי בציפורי על-פי המקור המקראי בימי יהושע. היא מוזכרת בספר שופטים א', 30, בנחלת שבט זבולון. היא הוקמה על האתר של העיר קטרון. במשנה נכתב שהעיר הייתה מוקפת בחומה עוד בימי יהושע בן נון. ציפורי הייתה מיושבת בתקופת הבית הראשון, ולאחר פילוג ממלכת דוד ושלמה, הייתה בתחומי ממלכת ישראל הצפונית.
לא ידוע מה היה גורלה של ציפורי בתקופת הכיבוש האשורי. אבל, היא הייתה מיושבת בתקופת עזרא ונחמיה, כלומר במאות ה- 6 וה- 5 לפנה"ס. רבי ישמעאל בן יוסי סיפר שכאשר שבו עולי בבל לארץ, בעקבות הכרזת כורש, הם מצאו את ציפורי מוקפת חומה והתיישבו בה.
בתקופת החשמונאים זכתה ציפורי לעלות לגדולה כאשר הפכה למרכז מינהלי של הגליל (167 - 63 לפנה"ס). בשנת 63 לפנה"ס כבש פומפיוס את ארץ ישראל והנציב הרומי, גביניוס, הפך את ציפורי לבירת מחוז הגליל מטעם השלטון הרומי . גם בימיו של הורדוס הייתה ציפורי בירת המחוז. לאחר מותו של הורדוס פרצו מרידות שזכו לכינוי "פולמוס וארוס".ציפורי השתתפה במרד, בהנהגתו של יהודה בן חזקיה, והנציב הרומי החריב את העיר ומכר את תושביה לעבדים. לאחר זמן לא רב שוקמה העיר ע"י הורדוס אנטיפס שהפך אותה לבירתו, לתקופה מסוימת. הוא נתן לה שם יווני:אבטוקרטוס.
יוסף בן מתיתיהו הוא יוספוס פלביוס כינה את ציפורי "פאר הגליל כולו". הלקח שהפיקה ציפורי מהשתתפותה ב"פולמוס וארוס" היה סירוב להשתתף במרד הגדול (66 - 70 לספירה). ציפורי הייתה העיר היהודית היחידה שלא הצטרפה למרד ונשארה נאמנה לרומי. פלביוס כתב שציפורי "סגרה לפני את שערי העיר ואסרה על אזרחיה להתחבר אל חיל היהודים...בעיר הזאת קידמו את פניו(של אספסינוס) ואנשי ציפורי הם לבדם מכל יושבי הגליל דרשו שלום לרומאים (מלחמות, ג,ב, ד). בחפירות שנערכו בציפורי נתגלו בתים ומקוואות מימי הבית השני. לאחר המרד הגדול (66 - 70 לסה"נ) וחורבן ירושלים התיישבו פליטים מירושלים בציפורי, ומשפחת הכוהנים ידעיה.
הקיסר אדריאנוס הפך את ציפורי לעיר נוכרית בשם דיוקיסריה, למרות שרוב התושבים היו היהודים והמשיכו להתגורר בה . אוזביוס כתב על ציפורי:" יש בישראל עיר גדולה ורבת עם ויושביה כולם יהודים...והיא נקראת ביוונית דיוקיסריה". הרומיים ניסו להפוך את ציפורי לעיר נוכרית והעבירו את השליטה במועצת העיר לידי הנוכרים. בעיר נבנתה מצודה והיא הייתה מאוכלסת ע"י חיל מצב רומי.
לקראת אמצע המאה ה- 2 הוחזרה השליטה במועצת העיר לידי היהודים, אם כי העיר המשיכה להיקרא דיוקיסריה.
בעיר היהודית בציפורי היו 18 בתי כנסת. בית הכנסת הגדול, בית הכנסת של יוצאי הכפר גופנה בהרי ירושלים, בית הכנסת של העולים מבבל, בית הכנסת של יוצאי העיר טרסוס באסיה הקטנה, בית הכנסת של אנשי צור וגם קהילה של יוצאי קפדוקיה באסיה הקטנה.
בסוף המאה ה-2 לסה"נ עברה הסנהדרין מבית שערים לציפורי. ציפורי הייתה למעלה מ-400 שנים מרכז של תורה ומושב חכמים. רבי יהודה הנשיא חי בציפורי 17 שנים. בשנת 220 לס' חתם רבי יהודה הנשיא את המשנה בציפורי. הוא נפטר בציפורי ב-222 לס'. ציפורי המשיכה לשמש בית לסנהדרין עד שרבי יוחנן העביר את הסנהדרין לטבריה. אבל, ציפורי המשיכה להיות מרכז ללימוד תורה וחכמי ציפורי היו שותפים ליצירת התלמוד הירושלמי שנחתם במאה ה-4 לסה"נ. ציפורי הייתה עיר גדולה במושגי אותם ימים וגרו בה 18,000 יהודים. בחפירות שנערכו בציפורי נחשף בית קברות ובו נתגלה קברו של רבי יהודה הנשיא שמת ב-222 לס'. זהו מבנה מפואר מאבני גזית. ב-325 לס' הגיע לציפורי יוסף ה"קומס" (הקומס פרושו הרע, ידיד הקיסר), יהודי מומר, בשליחות הקיסר, על-מנת להקים כנסייה בעיר אך, גורש בבושת פנים.
בשנת 351 לס' פרץ מרד נגד גאלוס, שמונה ע"י הקיסר קונסטנטינוס השני, לנהל את החלק המזרחי של האימפריה הרומית. הפעם, עמדו יהודי ציפורי בראש המרד. הם חיסלו את חיל המצב הרומי שחנה בעיר ולקחו את נשקו. המרד דוכא באכזריות. על-פי מקורות נוצריים החריבו הרומיים את העיר כעונש על חלקה במרד, אך אין לכך עקבות מבחינה ארכיאולוגית. הגורם למרד, לדעת מיכאל אבי- יונה (בימי רומא וביזאנטיון) היה חקיקה שפגעה באינטרסים של תעשיית האריגים היהודית. מרכזי המרד, נוסף על ציפורי, היו בטבריה ולוד, היכן שהייתה מרוכזת תעשיית האריגים היהודית.
בתקופה הביזנטינית (324 - 640) עדין היו רוב תושבי ציפורי יהודים, אם כי מספר הנוצרים בעיר היה בעלייה. ציפורי חרבה ברעידת אדמה שפקדה את הארץ בשנת 363 לס'. לאחר רעידת האדמה העיר שוקמה חלקית בלבד. ציפורי הייתה עיר יהודית עד אמצע המאה ה-5. מאמצע המאה ה- 5 לס' עלה מספר הנוצרים על מספר היהודים. ציפורי אף הייתה מקום מושבו של הגמון. ב-530 לס' ביקר בעיר תייר נוצרי והזכיר אותה בשמה היווני, דיוקיסריה.
החפירות הארכיאולוגיות בין 1931 ל-1985 נערכו בציפורי חפירות מקיפות. רוב המימצאים הם מהתקופה הרומית והביזאנטית. מהחפירות התברר שהעיר ציפורי הייתה מחולקת ל-2: ציפורי העילית, הגבעה עליה שכן היישוב היהודי, ותחתית הגבעה, היכן שהוקמה עיר רומית בראשית המאה ה-2 לס'. חלק מהמימצאים שייכים ליישוב היהודי וחלק לעיר הרומית- ביזאנטית.
בית הכנסת בחפירות הארכיאולוגיות נחשפו שרידיו של בית הכנסת של ציפורי . נחשפה מרצפת בית כנסת מהמאה ה-3-4 לס' או מהמאה ה- 5 לס'. ברצפת הפסיפס יש סמלים יהודיים, ובין השאר, סיפור עקדת יצחק וביקור המלאכים אצל שרה. נתגלו גם שרידי כתובת בעברית- ארמית:" זכור לטוב רבי יודן בן תנחום בר בוטה, שנתן זאת הטבלה, תהי לו ברכה" . בפסיפס מוזכרים שמותיהם של 27 התורמים. 16 מתוכם נשאו שמות עבריים ו-8 היו בעלי שמות זרים.אלה היו עשירי המקום בעלי הקשרים שדאגו להנציח את שמותיהם.
כמו-כן נחשפה כתובת יוונית-יהודית מהמאה ה-5 לס': "ע"י גלסיוס, השר המלומד, בנו של אאטיוס השר וע"י יהודה ראש ביה"כ וע"י סידוניוס ראש בית הכנסת (ניבנו) החומות האלה, לכבוד יוחנן סופר (דיסיוס) ראש ביה"כ של אנשי צור, המפורסם".
בחפירות נתגלו בתי מגורים, ומקוואות של היישוב היהודי מימי המשנה והתלמוד. רוב המקוואות הם מהמאה ה-2 לס'. יונה אקונא מציפורי נפטר ברומא ומצבת קברו, עליה נכתבו שמו ומוצאו מציפורי, ביוונית, נתגלתה בבית הקברות מונטווורדה (הכתובת נמצאת במוזאון של כנסיית הלטראן ברומא).
העיר המימצאים מהעיר הרומית- ביזאנטית כוללים: קרדו, הרחוב הראשי של העיר על החנויות שבו, וילה רומית מרוצפת פסיפסים צבעוניים, תיאטרון מהתקופה הרומית, מהמאה ה-1 לסה"נ שהיו בו כ-4,000 מושבים, מבנה שהיה קיים מהמאה ה-1 עד המאה ה-4 ובו שכן השוק העירוני, מאגר מים עתיק, שסיפק מים לעיר באמצעות שתי אמות מים, בית חג הנילוס, שבאחד מחדריו פסיפס גדול, המתאר את חגיגות הנילוס במצרים וכולל תמונות צמחים וחיות,ומצודה רומית, שהפכה למצודה צלבנית ואח"כ הוקמה מחדש ע"י השיח' טהאר על עומר ב-1745.
בשלהי התקופה הביזאנטית נפגעה העיר בעת המלחמות בין הביזאנטים לפרסים, שפלשו לארץ ב-614.
תקופת הכיבוש הערבי- מוסלמי (640 - 1099) בתקופת הכיבוש הערבי במאה ה-7 שונה שמה של ציפורי לסאפוריה והיא ירדה מגדולתה והפכה, כתוצאה מהמלחמות לעיירה קטנה. ממכתב מהמאה ה- 10 לס' ב"גניזה הקהירית" מתברר שבימי הביניים עדיין הייתה בציפורי קהילה יהודית קטנה. הסופר המוסלמי אלבכרי, מהמאה ה-11, קרא לציפורי בשמה הערבי, צפוריה, והזכיר יהודי ושפחה יהודיה מאנשי ציפורי. קיימת סברה, שבשלהי התקופה הערבית חוסלה הקהילה היהודית ע"י המוסלמים.
התקופה הצלבנית (1099 - 1290) תחת השלטון הצלבני נקראה ציפורי ספ'וריס, ונבנתה בה כנסייה לזכרם של אנה ויהויכין, הוריה של מרים. חלק מהכנסייה שרד עד היום. כמו-כן הוקמה בה מצודה והיא הייתה חלק מנסיכות הגליל. העיר שימשה בסיס צלבני בעת מלחמתם של הצלבנים במוסלמים בגליל. בנימין מטודלה ביקר בציפורי ב-1170, ופגש בה "יהודי מצאצאי היישוב מדורות קודמים". אבל, נראה שלא נותרה בעיר קהילה יהודית. המצודה בספ'וריס נהרסה לאחר קרב חיטין, שנערך ב-1187, אבל היישוב המשיך להתקיים. הגיאוגרף המוסלמי יאקות ביקר בארץ ב-1225 והזכיר את ספוריה ששימשה עיר מחוז.
התקופה הממלוכית (1260 - 1516) תחת השלטון הממלוכי שימשה ספוריה עיר ומצודה בנסיכות הגליל, לאחר כיבושה ע" השליט הממלוכי בייברס, ב-1263.
התקופה העות'מאנית (1516 - 1918) הכפר הערבי סאפוריה הוקם בסוף התקופה הממלוכית או בראשית השלטון העות'מאני, והוא הוזכר במכתב של תייר יהודי בשם גרשום איש שקרמילה ב-1561. ב-1745 הקים השיח' ד'אהר אל עמר שהשתלט על הגליל מחדש את המצודה, על יסודות המצודה הצלבנית. הוא השתמש באבנים עתיקות ובארונות קבורה מעוטרים לצורך בניית המצודה.
תקופת המנדט הבריטי (1918 - 1948) באתר הנכבה נכתב שב-1922 חיו בכפר 2,582 תושבים. במפקד האוכלוסין של ממשלת המנדט ב-1931 צויין שחיו בכפר 3,147 תושבים, רובם מוסלמים ו- 11 נוצרים. בכפר נימנו 747 בתים. המספר כלל את בני השבטים הבדווים חוג'יראת וחג'ארה שהתגוררו בסביבת הכפר. בתקופה זו שימשה המצודה בית ספר לילדי הכפר. על-פי אתר הנכבה גדל מספר התושבים ב-1945 ל-4,330 וב-1948 הגיע מספרם ל-5,023.
בתקופת השלטון הבריטי הייתה סאפוריה מרכז לתסיסה לאומית ותושביה השתתפו במרד הערבי באופן פעיל בין השנים 1936 - 1939. הבריטים הקימו בזמן המרד הערבי עמדה באזור. תושבי סאפוריה לקחו חלק פעיל גם במאבק של היישוב הערבי נגד היישוב היהודי לאחר החלטת האו"ם על החלוקה בנובמבר 1947.
ישראל תושבי סאפוריה המשיכו לקחת חלק פעיל גם במאבק של היישוב הערבי גם לאחר הקמת מדינת ישראל. הכפר נכבש ע"י חטיבת כרמלי ב"מבצע דקל" ביולי 1948. חלק מתושבי סאפוריה נמלטו ללבנון והשאר הועברו לנצרת . בתי הכפר נהרסו.
ב-1949 הוקם באתר המושב הישראלי ציפורי, ע"י עולים מבולגריה. על-פי המפקד שערכה ממשלת ישראל נמצאו במושב 176 תושבים.
בשנת 1974 הפך אתר ציפורי לפארק לאומי, וב-1992 הוחל בפיתוח האתר. במרכז המבקרים ניתן לראות סרט על תולדות העיר ציפורי ועל האתר. יש גם מוזאון ובו מימצאים מהחפירות.
יישוב ציפורי ע"י יהודים מסמן את שיבת היהודים לציפורי, שהייתה עיר יהודית במשך כ-1500 שנה. הכפר הערבי סאפוריה נוסד בראשית המאה ה-16, סאפוריה הייתה ערבית מקסימום כ-500 שנים.
"ועדת המעקב העליונה" של ערביי ישראל עורכת בשנים האחרונות, את "תהלוכת השיבה" מנצרת לציפורי, במסגרת יום הזיכרון לנכבה. על-פי נתוני אתר הנכבה היו בכפר 5,023 ב - 1948 ואילו באתר צפוריה מספר התושבים היה 4,730 בלבד ב-1948, לפני כיבושו ע"י צה"ל. אבל, בכתבה של איתמר ענברי, ב
מעריב, ב-3.5.2006 נמסר שח"כ ברכה אמר, בעת ביקור בחורבות הכפר צפוריה, ש"ב-1948 היו כאן 65,000 תושבים, עד שהם לקחו את הארץ הזו ואנו גורשנו". כיצד להסביר את הפער המספרי העצום בין הדיווח של אתר הנכבה, על כמה אלפים בלבד, לדברי הח"כ ברכה?
