בחפירות ארכיאולוגיות שנערכו באתר ב-2009 נחשפו השוליים הצפוניים של מגדל העתיקה. למעשה נחשפה השכונה הצפונית ובה מבני מגורים בנויים מאבני בזלת. כמו-כן, נחשף מבנה ששימש כמחסנים, כנראה, עבור הנמל שהיה בקרבת מקום. זה היה נמל דייגים ונתגלו בו כלי טחינה ומשקולות דיג.
בשנות השפל בכנרת נחשפה סירה עתיקה, שהייתה שייכת, כנראה, לדייגים שדגו בכנרת או ללוחמי מגדל. אבל, מדריכי התיירים מעדיפים לכנותה "הסירה של ישו".
בצד הצפוני - מערבי של השכונה התגלה מבנה ציבורי והתברר מהממצאים בו שזה היה בית כנסת. הארכיאולוגים העריכו כי הוא הוקם בין 100 ל-50 לפנה"ס. בבית הכנסת נחשפה רצפת פסיפס וקירות שהיו מטוייחים בטיח צבעוני. כמו-כן, נתגלתה חרוטה באבן מנורת 7 קנים. זוהי מנורה ייחודית שבסיסה בן 4 רגליים בעוד שבאותם ימים עמדו המנורות על בסיס 3 רגליים. החוקרים סוברים שזהו בית הכנסת הקדום ביותר שנחשף עד כה.
עם התפשטות הנצרות במאות ה-4 וה-5 החלו לפקוד את מגדל עולי רגל נוצרים שבאו להשתטח על קברה של מרים מגדלנא, שעל-פי המסורת הנוצרית נקברה במגדל. כמו-כן, החלו נוצרים להתיישב במגדל לצד היהודים.
מגדל נהרסה וננטשה במאה ה-7 כנראה על-ידי הכובשים הערבים- מוסלמים. הצלבנים שכבשו את הארץ מידי הערבים בשלהי המאה ה-11 בנו במקום כנסייה, אך היא חרבה במועד לא ידוע. כנראה שהיה ניסיון לחדש שם את היישוב הנוצרי, אך הניסיון נכשל. מגדל נעזבה סופית.
מגדל נותרה בשיממונה עד המאה ה-19. בראשית המאה ה-19 התיישבו פלאחים מצרים באתר מגדל וקראו לכפרם אל-מג'דל. המתיישבים היו מוסלמים. תיירים ביקרו בכפר ב-1807, ב-1816, ב-1821, ב-1838 וב-1849. כולם תארו את הכפר ככפר עני ועלוב, אך ציינו שיש במקום שרידים עתיקים. ב-1849 חיו בכפר כ-40 משפחות. ב-1879 ביקרה במקום אשתו של החוקר הבריטי ריצארד פרנסיס ברטון ודיווחה על קבר עתיק השייך, על-פי המסורת המקומית, לדינה בתו של יעקוב אבינו. ב-1881 ביקרו במקום חוקרים מה"קרן (הבריטית ) לחקר ארץ ישראל" ודיווחו שתושבי הכפר עוסקים בחקלאות ובכפר גרות כ-80 משפחות.
ב-1906 נוסדה בקרבת הכפר חווה על-ידי גרמנים קתולים שקנו את האדמה והקימו בה חווה. הם קיוו למצוא את קברה של מרים מגדלנא, שעל-פי המסורת הנוצרית נקברה שם.
ב-1909 נקנתה החווה על-ידי "חברת טבריה אדמות ונטיעות" ביוזמתם של יחיאל צ'לנוב מרוסיה ואוטו ורבורג מגרמניה. הקמת החווה נועדה, בין השאר, לתקוע יתד יהודית בבקעת גינוסר, לספק תעסוקה לפועלים יהודים ולהכשירם לחקלאות. החווה הייתה סיפור הצלחה מבחינה חקלאית. על פועלי החווה נימנו א.ד.גורדון, יוסף טרומפלדור, ברל כצנלסון וזלמן שז"ר, חלוצי העלייה השנייה. הם רכשו בחווה ניסיון בחקלאות וחלק מהקבוצה הקים מאוחר יותר את כפר יחזקאל. אבל, החווה סבלה מהתנכלויות השכנים הערבים, מהתנכלויות השלטון העות'מאני ומקשיים פיננסיים בתקופת מלחה"ע הראשונה בשל הפסקת התמיכה של בעלי האדמה. החווה שקעה בחובות לבנק אפ"ק. מצב החווה הלך והידרדר. לאחר מלחה"ע הראשונה נמכרו אדמות החווה ליהודים בתפוצות במטרה להפוך את החווה לעיר בשם "עיר גנים". קבוצה של 12 מבין קוני החלקות הניחו את היסוד לשכונת מגורים.
בתקופת המנדט הבריטי (1948-1918) הכפר הערבי אל-מג'דל היה עדין קטן ותושביו המשיכו לעסוק בחקלאות. ב-1935 נמכר למסדר הפרצנציסקני שטח אדמה מצפון לכפר. הנזירים דיווחו שרוב אוכלוסיית הכפר מורכבת מצאצאיו של מוכתר הכפר.
באזור החווה חנתה בשנים 1920/21 פלוגה של אנשי גדוד העבודה שסללה את כביש טבריה- טבח'ה. חברי הגדוד עסקו גם בדיג וגידול ירקות. הסופר י.ח.ברנר שימש מורה בביה"ס של המושבה. למרות הקשיים הכלכליים בשל המשבר הכלכלי העולמי (1939-1929) הוקמו במושבה גן ילדים, בי"ס, בית כנסת ובריכת מים. לאחר מלחה"ע השנייה התרחבה מגדל ונוספו לה 15 בתים נוספים והוקמה בה מועצה מקומית.
במלחמת העצמאות נכבש הכפר אל-מג'דל ותושביו הועברו באוטובוסים לירדן. בסתיו 1948 נהרסו בתי הכפר.
לאחר קום המדינה קלטה המושבה עלייה. הוקמה בה מעברה ומספר התושבים גדל באופן משמעותי. החל מ-1953 החלה תנופת בנייה ונבנו שכונות נוספות.
ב-2004 החלו ערבים- מוסלמים מהסביבה להתעניין במגורים במקום ומספר משפחות ערביות התיישבו במושבה.. אך, במושבה התעוררה התנגדות למגורי ערבים במקום, בשל הרצון לשמור על אופיה, והמשך מעבר ערבים למושבה נבלם. במגדל התיישבה קבוצה של גרים יוצאי גרמניה שהצטרפו לעם היהודי כדי לכפר על הפשעים של העם הגרמני כלפי העם היהודי.
