התקופה הממלוכית ( 1260 –.1.17 ) - הממלוכים כבשו את טבריה על-פי גירסה אחת ב-1260 ועל-פי גירסה שנייה עוד ב-1247 מידי הצלבנים, גרשו את כל הנוצרים והרסו את העיר והיא נשארה בחורבנה לאורך התקופה הממלוכית. הממלוכים טבחו בנוצרים הצלבנים בעיר ומכרו לעבדות את נשותיהם וילדיהם. למעשה, ברחו הצלבנים מכל הארץ ובעיקר נותרו בארץ הנוצרים המזרחיים, רובם סורים- ארמים, שהשתייכו לכנסייה היוונית- אורתודוכסית.
התקופה העות'מנית (.1.17 – 1918 ) - התייר משה באסולה ביקר בטבריה ב-1522 ודיווח על כ-10 משפחות ערביות בעיר חרבה. היהודים חזרו להתיישב בטבריה במאה ה- 16 . תייר נוצרי מצא בטבריה ב-1549 עדה יהודית קטנה. כנראה הכוונה ליהודים מצפת שהתיישבו בטבריה (ראה, נתן שור,תולדות היהודים בגליל בתקופה העות'מנית).
באמצע המאה ה-16 פלש לגליל השבט הבדווי טרארבאי ובמאה ה- 17 התנהלו קרבות בינו לבין השבט הבדווי מענייה שפלש מלבנון, על השליטה בגליל. (ראה, יוסוף סואעד, "שלטון השייח'ים הבדואים בצפון א"י"). כמו-כן, היו התנגשויות בין הבדווים לפלאחים. מצב הביטחון המעורער אילץ את היהודים לעזוב זמנית את העיר ולהסתתר בכפרי הסביבה. ב-1656 הרסו הדרוזים את טבריה.
רבנים פנו למשפחת מנדס- נשיא לעזרה והם פנו לשולטן בבקשה לתת להם את טבריה כעיר מקלט ליהודים. ב-1560 או 1563 מסר השולטן הטורקי את הזיכיון על טבריה וסביבתה לדונה גרציה ולחתנה דון יוסף נשיא, תמורת תשלום שנתי. (על מפעלה של דונה גרציה, ראה, מאמר של צבי סחייק, "בעקבות דונה גרציה"). שניהם היו אנוסים לשעבר, שנמלטו מאימת האינקוויזיציה בפורטוגל לאנטוורפן. שניהם היו פעילים בארגון הברחת אנוסים מפורטוגל, ובשל כך נאלצו לברוח לאיטליה ולאחר מכן לקושטא. דונה גרציה וחתנה החלו בשיקומה של טבריה על-מנת להפכה למרכז יהודי עצמאי. יוסף אבן ארדיטי, נציגם של דונה גרציה ודון יוסף נשיא, שיפץ את חומות העיר, והביא מתיישבים יהודים מקרב מגורשי ספרד לגור בה. תייר שביקר בעיר ב-1561 מצא יישוב יהודי, בית כנסת ותלמידי חכמים. רבי יחיא אלצ'אהרי מתימן ביקר בטבריה ב-1567 ומצא בה ישיבה גדולה. על-פי סיפרו של יצחק בן צבי, "ארץ ישראל ויישובה" בית הכנסת נבנה על יסודותיו של בית הכנסת העתיק בו התפלל רבי שמעון בר יוחאי. בטבריה הוקמה גם ישיבה שראשיה היו חכמים ספרדים. אבן ארדיטי נטע עצי תות בסביבות העיר על-מנת לפתח את תעשיית המשי וכבשים מסוג המרינו הובאו מספרד כדי לפתח תעשיית בגדים.
על-פי רשימות תשלומי המיסים של השלטון העותמאני מ – 1572/3 מתברר שהיה גידול במספר התושבים בטבריה ונתן שור ציין שלא מדובר בעלייה במספר המוסלמים. אם נסתמך על עדותו של רבי יחיא ותייר נוסף, מדובר ביהודים, אם כי לא מדובר בקהילה גדולה.
אבל, התנכלויות מצד בא-כוח האפיפיור בקושטא, ומצד הערבים והטורקים בטבריה ומותה של דונה גרציה בקושטא ב-1569 הביאו להפסקת זמנית של הפרויקט.
אבל, השולטן מסר ב-1579 את הזיכיון על העיר לאנוס לשעבר, אלוורו מנדס מפורטוגל, ששמו העברי היה שלמה בן יעיש. בן יעיש היה בעל תפקיד דיפלומטי בקושטא והוא שלח את בנו יעקב לטבריה. יעקב המשיך במפעלי בנייה ופיתוח הכלכלה וגם עסק בתורה ובקבלה.
הקהילה היהודית הספרדית בטבריה, אליה הצטרפו יהודים מצפת, המשיכה להתקיים, כפי שהעיד ב-1624 רבי ישעיה הלוי הורוויץ, אבל מספר חבריה היה מצומצם. ב-1660 פרעו הערבים ביהודי טבריה והם נאלצו לעזוב, זמנית. אבל, נראה, שיהודים חזרו לטבריה.
ב-1738 כבש השייח הבדווי ט'אהר אל-עמר את הגליל והוא שיקם את טבריה. הוא הקים מצודה צפונית- מערבית לטבריה הצלבנית, שיפץ את החומה וגם בנה 2 מסגדים. אחד המסגדים נקרא על שמו מסגד אל-עמרי. הוא הזמין את רבי חיים אבולעפיה מאיזמיר, ואת היהודים לשוב ולגור בה. אביו של רבי חיים היה רבה של העיר לפני חורבנה, ועל כן נענה הרב להזמנה וחזר לעיר ב-1740, למרות גילו המופלג . השיח' אל-עמר ערך לרב קבלת פנים מפוארת, ומינה אותו לראש הקהילה. בימיו נבנה הרובע היהודי מחדש, והרב אבולעפיה הביא לחידוש הקהילה בעיר. הוא בנה בית כנסת על חורבות בית הכנסת העתיק. בית הכנסת נקרא "עץ חיים". אבל, קיימת גירסה אחרת על פיה בית הכנסת הוקם על האתר בו הייתה בעבר הסנהדרין. כמו-כן, נבנו בית מרחץ ומוסדות קהילתיים. הרב אבולעפיה גם דאג לפיתוח העיר וליצירת מקורות פרנסה ליהודיה. הרב חיים אבולעפיה נפטר ב-1744 ושני בניו, בנו הבכור רבי יצחק ואחריו בנו יששכר, ירשו אותו כמנהיגי הקהילה. הרב קבור בבית הקברות העתיק בטבריה. לאחר הרעש צפת ב-1759 עברו יהודים מצפת לטבריה.
טבריה הושמה במצור על-ידי סולימאן פאשה, ה"משנה לשולטן" הטורקי, שנשלח על-מנת לחסל את שלטונו של השיח' אל עמר בגליל. עוד לפני התחלת המצור נודע על התוכנית ליהודי דמשק והם שלחו מכתב ליהודי טבריה ויעצו להם לעזוב את העיר. הרב אבולעפיה החליט על הישארות. המצור הוסר בסופו של דבר מפני שסולימאן נאלץ לחזור לדמשק מסיבה כלשהי. לאחר הסדרת ענייניו בדמשק יצא סולימאן לחדש את המצור על טבריה, אך מת בדרך מהרעלת קיבה. ב-1765, עוד כאשר הייתה העיר תחת שלטונו של השיח' אל-עמר, ביקר בה רבי שמחה בן רבי יהושע מזאלאזיץ ומצא בה 36 משפחות ספרדיות. אבל באותו זמן החלו להתיישב בעיר גם אשכנזים מפולין. רבי משה ירושלמי מצא בעיר למעלה מ-150 משפחות בביקורו ב-1769 . שלטונו של השיח' אל-עמר חוסל ב-1775 ע"י הטורקים, וטבריה חזרה להיות תחת השלטון הטורקי.
ב-1765 התיישבו בעיר יהודים אשכנזים וב-1777 התיישבה בטבריה קבוצת חסידים, תלמידי הבעש"ט (הבעל שם טוב) . גם רבי נחמן מברצלב התיישב בעיר. מאוחר יותר הגיעו תלמידי המגיד דב בר ממזריץ.
בתחילת המאה ה-19 היו בטבריה כ-4,000 תושבים, ו- 2,600 מהם היו יהודים והשאר היו ערבים. רבי דויד דבית הלל ביקר בטבריה ב-1824 ומצא בה 200 משפחות יהודיות (על-פי חישוב של 6 נפשות הממוצע למשפחה, מדובר ב-1,200 נפש ) ו-13 בתי כנסת.
בראשית שנות ה- 1830 השתלטו
מוחמד עלי ובנו איברהים פאשה על הארץ. איברהים שיפץ את חומות העיר. אבל, ב-1837 הייתה רעידת אדמה בגליל. לטבריה נגרם הרס רב. חלקים מחומות העיר נהרסו ובתים רבים ו- 700 מתושביה נהרגו. הרובע היהודי נהרס כליל, וכן בית הכנסת של אבולעפיה "עץ חיים", אבל הוא שוקם בעזרת תרומות מיהודי איטליה. לאחר רעידת האדמה הוקם בעיר בית הכנסת "הסניור" ע"י רבי חיים שמואל הכהן, שכונה "הסניור" ולכן בית הכנסת נקרא על שמו.
הטורקים החזירו לעצמם את השליטה בארץ ב-1840 וב-1877 העניקו לטבריה מעמד של עיר עם עירייה. עד שלהי המאה ה-19 הייתה טבריה עיר קטנה שתושביה סבלו מעוני ומגיפות. אבל, הקמתם של ישובים חקלאיים יהודיים בגליל בשלהי המאה ה- 19 שיפרה את מצב היהודים בטבריה. ב-1911 הקימה ה"חברה להתיישבות יהודית" של הברון רוטשילד 3 חוות חקלאיות מחוץ לחומות טבריה ועיבודן נמסר למשפחות איכרים יהודיים. עם התחדשות ההתיישבות בארץ בהנהגת התנועה הציונית גדל, בהדרגה, מספר היהודים בעיר, והעיר התרחבה מחוץ לחומות. ב-1912 נוסדה השכונה הראשונה מחוץ לחומות העיר ונקראה תחילה "מואריס", אך שמה שונה לאחר מכן ל"אחווה". השכונה גבלה ב-3 החוות שהשתלבו לתוכה.
ב-1870 היו בטבריה 1,400 מוסלמים, 288 קתולים, 35 יוונים אורתודוכסים, 10 נוצרים פרוטסטנטים ו- 5,700 יהודים. סה"כ 7,433 תושבים. בכל הגליל היו למעלה מ-20,000 יהודים (יהושע בן אריה,"אוכלוסיית א"י ויישובה ערב המפעל הציוני", בקובץ, ארץ ישראל בראי עברה). ב-1911, היו בטבריה 3,339 יהודים עות'מאניים, על-פי מקור עות'מאני. היהודים בעלי הנתינות הזרה לא נספרו(יצחק בן צבי, א"י ויישובה).
בפרוץ מלחה"ע הראשונה חיו בטבריה 6,000 יהודים מתוך 8,000 תושבים (חני זיו, חבלי ארץ- טיולים לצפון). מספר זה כולל את היהודים שהיו נתינים זרים. טבריה הייתה העיר היהודית הגדולה ביותר בגליל. בתקופת מלחה"ע הראשונה היה מצבם של היהודים קשה, משום שרבים מהם התפרנסו מכספי ה"חלוקה", וניתוק הקשר עם אירופה הביא להפסקת התרומות. התנועה הציונית פנתה ליהודי ארה"ב בבקשת עזרה והסיוע האמריקני הקל במקצת על המצוקה. בזמן המלחמה התיישבו בטבריה יהודים שגורשו ע"י העות'מנים מערים אחרות. (על טבריה בתקופה העות'מנית ראה, יצחק בן צבי,"ארץ ישראל ויישובה")
תקופת המנדט (1918- 1948 ) - הבריטים כבשו את טבריה בספטמבר 1917 .לאורך תקופת המנדט היו היהודים רוב בטבריה. ב-1920 נבנתה שכונה יהודית חדשה, קריית שמואל. במאי 1934 התחוללה בגליל סופת ברקים ורעמים וכמויות עצומות של גשמים. תשתית הניקוז של טבריה התמוטטה בשל בכמויות הגשמים שירדו והעיר הוצפה בשטפון. בתים נהרסו, 32 תושבים נהרגו וכ-100 נפצעו.
בזמן המרד הערבי, בין השנים 1936- 1939 סבלו יהודי טבריה מהתנכלויות מצד שכניהם הערבים. ההתקפה על קריית שמואל:
הגירסה הערבית: ב-2 באוקטובר 1938 פרצו כ-300 אנשי אל-מוג'הדין ערביים לטבריה, חסמו את כל הכניסות לעיר באבנים גדולות, ניתקו את קוי הטלפון והחלו לירות על בתי היהודים מכל הכיוונים. הם העלו באש את בית משפט השלום, את בניין ממשלת המנדט, הציתו חנויות של יהודים וגרמו לנזק שנאמד, ע"י מפקד הפעולה הערבי ב-30,000 לירות. כ-70 יהודים נהרגו ו-3 נוטרים (אנשי משטרת היישובים העבריים), ונשקם נלקח. בקרב נהרגו 3 מאנשי המוג'הדין ו- 5 נפצעו.
הגירסה היהודית: ב-9 בערב, במבצע שתוכנן מראש, פלשו 300 ערבים מכפרי הסביבה עם חוליית עזאדין אל-קסאם בסיוע ערביי טבריה לעיר. לאחר שחסמו את הכניסות לעיר וניתקו את כל אמצעי התקשורת, הם התחלקו לשתי קבוצות. קבוצה אחת פנתה לבנין המשטרה הבריטית ובית המשפט והעלתה אותם באש. הקבוצה השנייה חדרה לעיר מצפון לקריית שמואל. הפורעים פרצו לבית הכנסת, בזזו את ספרי הקודש ושרפו את המקום יחד עם השמש יעקב גל שהיה לכוד בפנים. אח"כ הם פנו לבתי התושבים. הם חדרו ל-4 דירות ורצחו את בני הבית. באחת הדירות הם רצחו אם ו- 5 ילדיה, משפחת יוחנן מזרחי, שרפו את הגופות ורקדו עליהן. 2 נוטרים שניסו לעזור לתושבים נרצחו אף הם. בסה"כ נרצחו 19 יהודים ו- 11 מביניהם היו ילדים.
דובר ממשלת המנדט דיווח על האירוע: "הטבח היה שיטתי ומאורגן ובוצע באכזריות רבה". בבית הכנסת השכונתי הוצב לוח זיכרון לציון הטבח.
ישראל - על-פי אתר הנכבה היו ב-1948 בטבריה 6,160 ערבים וכ-6,000 יהודים. הערבים נמלטו מטבריה ב-18.4.48.
על-פי המקורות היהודיים חיו ערב מלחמת העצמאות בטבריה 7,000 יהודים וכ-5,000 ערבים. טבריה הייתה העיר המעורבת הראשונה ששוחררה ב-15.4.48 חודש לפני הקמת המדינה, על-ידי יחידות של גולני והפלמ"ח. למחרת הכיבוש פנו נציגי הערבים בעיר לבריטים והודיעו שברצונם לעזוב את העיר . הם לוו ע"י הצבא הבריטי, שתיווך ביניהם לבין המפקד היהודי. חלק מהם עברו לנצרת והשאר העדיפו לעבור לעבר הירדן.
לאחר הקמת המדינה התיישבו בעיר עולים. הם שוכנו בתחילה במעברה ומאוחר יותר הוקמו שכונות חדשות כדי לאכלס אותם. העולים הפכו לרוב בעיר. ב-1950 היו בעיר 12,000 תושבים, ואילו כיום חיים בה 40,000. בית הכנסת "עץ חיים" שוקם ב-1949.
טבריה כיום היא עיר יהודית בעלת כ-40,000 תושבים. העיר מצטיינת באתרי תיירות כמו העיר העתיקה, קברי רבי מאיר בעל הנס, הרמב"ם ורבי עקיבא. היא משמשת עיר קיט עם רשת בתי מלון לחוף הכנרת. העיר בנויה ב-3 מפלסים: המפלס התחתון היא העיר התחתית היכן שהייתה העיר העתיקה. המפלס האמצעי נבנה בתקופה הבריטית והוא כולל את קריית שמואל, דון יוסף הנשיא ועוד.. המפלס העליון נבנה לאחר קום המדינה.