הגליל בתקופה הצלבנית - איובית (1099 - 1260) ערב הכיבוש הצלבני היה, עדיין, ישוב יהודי בגליל המזרחי. הגליל המזרחי, מרכז היישוב היהודי מאז חורבן בית שני עדיין היה מרכז החיים היהודיים בתקופה הצלבנית. הצלבנים טבחו ביהודים בערים, בעת הכיבוש, (יהודי עכו נטבחו יחד עם המוסלמים). היהודים בכפרי הגליל לא נפגעו במיוחד.
בניגוד לאזורים אחרים בארץ בהם הצלבנים טבחו ביהודים, הגליל, נכבש ללא התנגדות ולכן, לא נערך בגליל טבח ביהודים. המקורות היהודיים והלטיניים מעידים שהגליל המזרחי המשיך לסבול במאות ה-12 וה-13, כלומר בתקופה הצלבנית, מהעדר ביטחון לחיים ולרכוש בשל חדירת שבטים בדווים ופעילות של שודדים מוסלמים, שנתמכו ע"י דמשק, ועסקו בשוד בדרכים. הצבא הצלבני היה מסוגל לעדוף צבא סדיר, אבל נתקל בקשיים בהתמודדות עם האיום המתמשך של הבדווים. הצלבנים הקימו בצפת מצודה ב-1140, ומבצר נוסף קצר- הונין, היכן שכיום שוכנת מרגליות, בכדי להתמודד עם המצב. אבל העיר צפת עברה מיד ליד, על-רקע המאבק בין המוסלמים לצלבנים על השליטה בארץ, והגליל כולו הפך לשדה התגוששות בין מוסלמים לצלבנים, בייחוד לאחר שצלאח א-דין השתלט על סוריה ומצרים.
הגליל הפך בתקופה הצלבנית לשדה קרב בין הצלבנים למוסלמים, והמצב החמיר עקב מסעותיו של צאלח א-דין לגליל החל מ-1179. לאחר קרב חיטין ביולי 1187 עבר הגליל לידי צלאח א- דין, אך ב-1192 החזירו לעצמם הצלבנים את השליטה על חלק מהגליל. ב-1191 מצליח ריצארד לב ארי לכבוש את הגליל המערבי ועד 1239 הצליחו הצלבנים להחזיר לעצמם ע"י בריתות את השלטון בגליל המזרחי. ממלכת הצלבנים השנייה הייתה בעיקר בגליל. בין 1191 ל-1291 הייתה התאוששות של היישובים היהודיים בגליל. מקור לטיני מאמצע המאה ה-13 דיווח שב-1240 הוקם מחדש המבצר בצפת, שנהרס מספר שנים לפני כן, ונמסר למסדר הטמפלרי. ההסכם ובניית המבצר הביאו לשיפור זמני במצב הביטחון אבל בשלהי התקופה הצלבנית שוב התערער הביטחון עקב פלישת מונגולים והממלוכים. בקרב עין חרוד ב-1261 ניצחו הממלוכים את הצלבנים ושמו קץ לשלטונם בגליל. במאה ה-13 החלה חדירתם של הדרוזים למרכז הגליל (ולגולן).
סגרגציה אתנית- דתית בנימין זאב קדר במאמרו "יהודים ושומרונים בממלכת ירושלים" ופרופ' רוני אלנבלום בסיפרו על "ההתיישבות הכפרית הפרנקית בממלכת ירושלים" שירטטו במחקריהם את המפה היישובית בתקופה הצלבנית (1099 - 1260). התזה היא שהמפה היישובית משקפת את חלוקת אזורי הארץ לפי קריטריון אתני- דתי, עם מובלעות קטנות של נוצרים ומוסלמים בגליל ומובלעות מוסלמיות באזורים נוצריים. חלוקה זו החלה להתהוות בתקופה הביזאנטית (395 - 640).
מרכז החיים היהודיים בגליל המזרחי המקורות העיקריים למידע על יישובים יהודיים בגליל הם התיירים שביקרו בארץ ומסמכי הגניזה הקהירית. הגליל המזרחי נשאר מרכז היישובים היהודיים. בין התקופה הביזאנטית לצלבנית ירד מספר היישובים היהודים בגליל מ-58 ל-35. הגורמים לירידה במספר היישובים, ובמספר התושבים נבעה, לדעת אלנבלום, מהמשבר היישובי שעבר על הגליל המזרחי שהחל בראשית התקופה הערבית- מוסלמית. הייתה חדירת בדווים ודרוזים לאותם יישובים שנחרבו או נינטשו. הגליל המזרחי עבר תהליך חלקי של נומדיזציה וכניסת שבטים בדווים לאחר נטישת התושבים היהודים בלחצם של השבטים. היהודים, שלא נהנו מהגנה של השלטון הערבי-מוסלמי נאלצו לברוח.
בתקופה הצלבנית נותרו בגליל המזרחי מתוך היישובים היהודיים, 18 מתוך 32 היישובים הגדולים, ורק 17 מתוך 21 היישובים הבינוניים. לא היו יישובים קטנים מפני שתיקצוב החיים הדתיים, שימור הטרסות וההשקיה חייבו יישוב בינוני- גדול. תהליך הנומדיזציה נפסק רק לאחר הקמת המבצר הטמפלרי בצפת. המבצר החזיר, על-פי מקור לטיני, את הסדר והביטחון לאזור והביא למעבר של הבדווים להתיישבות קבע. היישובים החדשים, שהוקמו בד"כ על חורבות יישובים שנינטשו, משכו אליהם מהגרים מהאזור. הגליל המזרחי הפך, בהדרגה, לבעל אוכלוסייה מעורבת, יהודית, נוצרית ומוסלמית. בד"כ חיו הקבוצות האתניות-דתיות ביישובים ניפרדים. אבל, באותם יישובים בהם הייתה אוכלוסייה מעורבת, למשל כפר כנה, חיו הקבוצות בשכונות ניפרדות.
מתוך דיווח של תיירים יהודים שביקרו בארץ יש מידע, לפחות חלקי, על מספר היהודים ביישובי הגליל. בנימין מטודלה, שביקר בארץ בסביבות 1170, דיווח בסיפרו "מסעות בנימין" על 14 ישובים יהודיים בכל הארץ, רובם בגליל. יהודי צרפתי רבי שמעון ברבי שמשון, שביקר בארץ ב-1210 דיווח על 200 יהודים בעכו, 50 בטבריה ובכפר עלמא, ו-80 בברעם, צפת, כפר עמיקא ונברתא. במירון, קיסמא וגוש חלב הוא מצא 20 יהודים. מתוך נתונים אלה ניתן להסיק שמספר היהודים ירד משמעותית בתקופה הערבית או ראשית התקופה הצלבנית. בנימין מטודלה העריך שבארץ כולה לא היו יותר מ-1,300 יהודים. השאלה היא אם המונח יהודים מציין גברים או את כלל האוכלוסייה היהודית ביישוב מסוים. תיירים אחרים השתמשו במונח משפחות. אם ביישוב היו 80 משפחות מדובר בכפר גדול של כ-400 נפשות, ואז מספר היהודים מתאים יותר לממצאים הארכיאולוגיים שקבעו שרוב היישובים היהודיים היו גדולים במונחים של תקופתם.
במאה ה-13 היה גל של עלייה לארץ וחלק מהבאים השתקעו בגליל. רבי יחיאל עלה עם תלמידיו, למעלה מ-300, ב-1258 מצרפת והשתקע בעכו (על-פי גירסה אחרת הוא נפטר בים ובנו הגיע עם הקבוצה לעכו). רבי אברהם אבולעפיה וחבורת מקובלים התיישבו בצפת. הרמב"ן הגיע לעכו ב-1267 (עכו הייתה המעוז הצלבני האחרון ונכבשה ב-1291). במאה ה-13 הפכה עכו למרכז חשוב ללימוד תורה . במכתב מהמאה ה- 13 מהגניזה הקהירית נזכרים צפת, ביריה, עין זיתים, עלמא, אלעלויה וגוש חלב.
בסה"כ המידע ממקורות שונים מראה על קיומם של היישובים הבאים: אלעלויה, ביריה, ברעם, גוש חלב, טבריה, כפר חנניה, כפר נברתא, כפר חקוק, כפר עמיקה, מוראן (מירון), עין זיתים, עכו, עלמה, קיסמא, צפת. (15 ישובים). לדעת בנימין זאב קדר ("בין ערבים לצלבנים" בתוך דן בהט, עורך, הישוב היהודי וארץ ישראל) אין להסיק מעדויות אלה שלא היו יישובים יהודיים נוספים.
מיעוטים לא-יהודיים בגליל המזרחי אבל בגליל המזרחי היו מובלעות נוצריות - ביזאנטיות עוד מהתקופה הביזאנטית במספר יישובים קדושים לנצרות. נוצרים התיישבו עוד בתקופה הביזאנטית בשכונות ניפרדות במספר יישובים בגליל התחתון, בטבריה, כפר כנה, דבוריה בשל קדושתן לנצרות, ואילו בנצרת חוסלה הקהילה היהודית ע"י הביזאנטים, ערב הכיבוש המוסלמי ונצרת נשארה בעלת אוכלוסייה נוצרית-ביזאנטית בתקופת הכיבוש הערבי-מוסלמי. אבל, החל מ-1108 החלו להתיישב בנצרת גם צלבנים.
על-פי אריה גראבויס, "הגליל בתקופת מסעי הצלב", התיישבו בגליל ערבים מצבא הכיבוש, שליטי בית אומיה (634 - 750) הביאו לגליל התחתון מוסלמים מסוריה, עירק ואירן. אבל, פרופ' משה שרון, דחה את הטיעון שבתקופת בית אומייה, כלומר, בראשית הכיבוש הערבי- מוסלמי הייתה התיישבות מוסלמית משמעותית בארץ. לדעתו, וזוהי דעת רוב החוקרים, לא חל שינוי מהותי בהרכב האוכלוסייה של הארץ. על-פי שרון החל גל של הגירה ערבית-מוסלמית לארץ בין אמצע המאה ה-9 למאה ה-11, לומר בשלהי התקופה הערבית- מוסלמית.
מרכז החיים הנוצריים בגליל המערבי הגליל המערבי בתקופה הצלבנית היה מיושב בעיקר בנוצרים ותיקים, ששרדו מהתקופה הביזאנטית, ואליהם נוספו מתיישבים נוצרים, צלבנים ומהגרים מאירופה. הנוצרים הפרנקיסטים (הצלבנים ) לא התיישבו בגליל המזרחי והעדיפו להתיישב בגליל המערבי. הגליל המערבי היה מחולק לאחוזות פאודליות. למשל, כל האזור בין פקיעין בצפון - מזרח, סג'ור בדרום- מזרח ודיר אל-אסד בדרום מערב היה אחוזה פאודלית של הנריקוס בובאלוס, בנו של אביר מאזור שמפניה, דרומית-מזרחית לפריס.
סיכום, בתקופה הצלבנית עדיין היו 35 יישובים יהודיים בגליל, ויישובים נוספים בחלקים אחרים של הארץ.
