הבריחה ממסופוטמיה לאפגניסטן על-פי מחקרו של אביגדור שחן המבוסס על מחקרים ומקורות בני הזמן, בשלב מסוים, לא ברור בדיוק מתי, ברחו, כנראה, חלק מגולי ממלכת ישראל מזרחה והתיישבו בצפון-מערב אפגניסטן של ימינו. יש עדויות של תיירים יהודים, נוצרים, היסטוריונים ואנתרופולוגים שערכו מסעות לאסיה בחיפוש אחר עשרת השבטים המאשרות, שאכן, צאצאים מעשרת השבטים התיישבו בצפון-מערב אפגניסטן. אחד מהעדים הוא היהודי הספרדי בניימין מהעיר טודלה בספרד שערך במחצית השנייה של המאה ה-12 לס' מסע לאזור. גם כתבי עזרא החיצוניים מאשרים עובדה זו. העיתון היהודי "קוריי ליטעווסקי" מוילנה כתב ב-1828 שתושבי אפגניסטן מוצאם מעשרת השבטים והם מונים 4,300,000. ברור שהמספר מוגזם מאוד.
הוכחות גאוגרפיות - שני אזורים בצפון - מערב אפגניסטן נושאים עד היום שמות עבריים ששובשו. גור שפירושו שהם באו לגור באופן זמני, א-זרה (א-סרת), שפירושו, הארץ הזרה. הוכחות ארכיאולוגיות - על-יד העיר היראט (HEART) בצפון-מערב התגלו קברים עם כתובות בעברית ופרסית. על-יד העיר ניצאסל (NETCHASET) התגלו כתובות בכתב עברי עתיק על סלעים. בקנדהאר, במרכז אפגניסטן נמצאה אבן שחורה ועליה כתובת בעברית. האבן נמצאת במוזאון בקאבול.
עדויות של בני הזמן - פילון האלכסנדרוני כתב שאגריפס ה-1, נכדו של הורדוס, שהיה למלך יהודה בימי הקיסר קלאודיוס, (פילון כתב שזה היה בימי קליגולה. אבל, קליגולה נרצח ב-41 לפנה"ס) פנה ב-41 לפנה"ס לקיסר וביקש פטור ממסים לעולי הרגל הבאים מהגולה לירושלים, והזכיר, בין השאר, את אלה החיים מעבר לנהר הפרת.
מקורות עתיקים אפגניים - בקרב השבטים האפגנים עברו מסורות בעל-פה מדור לדור הקושרות אותם לעשרת השבטים: מסורת אחת הועלתה על הכתב, לראשונה, ב-1620 ונקראה "כתבים אפגניים עתיקים". הספר תורגם לאנגלית ב-1829. על-פי מסורת זו מוצאם משאול בן קיש מלך ישראל. נאמר שם שלשאול היו שתי נשים משבט לוי שילדו לו בנים לאחר מותו: ברקיה וירמיה. הם הולידו את אסף ואפגנה. נכדיו של שאול פרשו מממלכת דוד, בעת הפילוג בימי רחבעם והצטרפו לממלכת ישראל. צאצאיהם היו בין הגולים לאשור. במאה ה-8 לס' הגיעו הערבים לאפגניסטן ואילצו את צאצאי הישראלים, שנלחמו בערבים והוכנעו, להתאסלם.
המסורת השנייה מספרת שהאפגנים הם צאצאי פיתון נינו של יונתן בן שאול, ופיתון הוא האב הקדמון של השבט הפתאני. הפתאנים נקראים גם פושטו. שבטי הסוריבאן באפגניסטן, שהם מוסלמים כיום, טוענים שהם צאצאי שבטי יוסף, אפרים ומנשה. גם שבטי הרז'פוט בצפון הודו, שהם ברהמינים כיום, טוענים שהם צאצאי שבטי יוסף. שבטי הדורני מדרום אפגניסטן, שהם מוסלמים כיום, טוענים שהם צאצאי שבט בנימין.
שמע ישראל היסטוריונים ואנתרופולוגים ערכו השוואות בין המאפיינים הפיזיים של בני ישראל בתקופת המקרא, על-פי תבליטים אשוריים, עם המאפיינים הפיזיים של האפגנים ומצאו דמיון: פנים ארוכות, זקן, פאות, אף ארוך, גבוהי קומה. גם באנציקלופדיה בריטניקה, ערך אפגניסטן יש אישור לדמיון הפיזי.
מנהגים דומים - מחקרים שנערכו בקרב שבטי הפתאנים-הפושטו (6-7 מיליון חיים באפגניסטן ו-7-8 מיליון חיים בפקיסטן), גילו שזוהי משפחת שבטים המורכבת מ-12 שבטים ששמותיהם מזכירים את שמות 12 השבטים. לשבטים אלה יש מנהגים רבים הדומים למנהגים מתקופת המקרא. בקרב שבטים אלה, שהם מוסלמים, קיימים עד היום, המנהגים הבאים: עיר מקלט, נפש תחת נפש, עין תחת עין, נידה, ברית מילה ביום ה-8, מצוות ייבום, בשר רק משחיטה שלהם או שחיטה יהודית. כמו-כן, הם לובשים טלית עם ארבע כנפות, הנשים מדליקות נרות בתוך סל נצרים מוסתר ביום שישי, הם אוכלים חלות בשבת, והם קוברים מתיהם עם הראש למזרח לכיוון הארץ. יש מגיני דוד בבתים ובמרכזים הקהילתיים (אם כי סמל זה היה מקובל בתרבויות עתיקות) והם נושאים על צווארם קמע עליה כתוב בכתב עברי עתיק "השם" או "שמע ישראל". הם גם נוהגים לתת לילדיהם שמות תנכיים.
הם אוהבי יהודים, וכאשר הם עוברים ליד בית כנסת הם מנשקים את הדלת. יהודי-ישראלי יליד אפגניסטן העיד בפני שבהיותו ילד נפל מידיו סידור התפילה שלו בדרכו מבית הכנסת. אחד מאנשי הפושטו הרים את הספר, נישק אותו ונזף בילד על שהפיל ספר קדוש.
התבוללות והגירה - ההיסטוריון אלן גודבי פרסם ב-1930 מחקר בשם "השבטים האבודים: הם מיתוס". התזה של גודבי היא שבעבר חיו בני ישראל באסיה המרכזית ונשארו נאמנים לתורת משה עד בוא האיסלאם לאזור. הם היו בעלי השפעה רבה על תושבי האזור ורבים מהשבטים המקומיים אמצו מנהגים ישראלים. כאשר הגיעו המוסלמים לאזור במאה ה-8 לס' הם אולצו להתאסלם, אבל חלק מהם המשיכו וממשיכים לקיים גם מנהגים מתורת משה. כלומר, בעבר חיו ישראלים באזור, אבל הם התבוללו באוכלוסייה המקומית ואינם קיימים יותר. גודבי מסכים שבקרב השבטים האפגנים המרכיב הישראלי יותר משמעותי, אבל, שבטי אסיה המרכזית הם תורכמנים. גם הכוזרים היו תורכמנים. הצ'צנים שהם שבטים תורכמנים ומוסלמים מקיימים שרידים של מנהגים ישראלים, גם כיום.
לסיכום, סביר להניח שחלק מצאצאי עשרת השבטים ברחו ממסופוטמיה והתיישבו באפגניסטן. הם התאסלמו תחת הכיבוש המוסלמי.