האנטי-ישראליות המאפיינת את האינטליגנציה האירופית ואת השמאל היא במקרים רבים מסווה לאנטישמיות. שיתוף הפעולה של השמאל האירופי עם האיסלאם הרדיקאלי שהוא מנוגד במהותו לערכים של התרבות המערבית רק מחזק את הדעה שמדובר באנטישמיות.
פרופ' יהודה באואר מהחוג ללימודי השואה באוניברסיטה העברית בירושלים, פרסם מספר מחקרים על האנטישמיות החדשה. ב-1985 יצא לאור ספרו: "הגל האנטישמי בעולם של ימינו: מיתוס ומציאות". כמו-כן הוא פרסם מאמרים על הנושא בכתבי עת.
ואלה עיקרי הדברים: האנטישמיות החדשה באירופה היא שלב חדש באנטישמיות, והיא מהווה אפליה נגד היהודים כעם. האנטישמיות החדשה מסתירה את מהותה האמיתית בטענה שמדובר בביקורת לגיטימית על מעשיה של ישראל בשטחים. אבל, האנטישמיות מבצבצת מתחת לאנטי ציוניות ע"י שלילת זכותו של העם היהודי למדינה, ושלילת הקשר ההיסטורי של עם ישראל לארץ ישראל, יחד עם הטענה הישנה שהיהודים שולטים בעולם בעזרת עושרם.
באירופה יש שלוש קבוצות בעלות תפישה אנטישמית: הימין הקיצוני, הדור השני של המהגרים מארצות האיסלאם וחוגי האינטליגנציה.
פרופ' באואר התייחס במחקריו לגלי האנטישמיות שפקדו את אירופה לאחר מלחה"ע השנייה. הוא מחלק את הגל האנטישמי הזה למספר גלי משנה:
הגל הראשון- 1958 - 1960
הגל השני - 1968 - 1972
הגל השלישי - 1987 - 1992
הגל הרביעי- מ-1999 ועד היום.
לכל אחר מגלי המשנה הללו היו סיבות שונות, וחלקן קשורות לעניינים כלכליים והתרחשו באירופה. אבל, לכל גלי המשנה יש בסיס משותף. מדובר, לדעת פרו"פ באואר באנטישמיות חבויה המחכה להתפרץ כתוצאה ממשבר חיצוני כלשהו. כל אחד מגלי המשנה קשור לאירועים שהתרחשו במזרח התיכון במערכת היחסים בין ישראל לשכניה הערבים. הגל הראשון בא בעקבות מבצע סיני, השני החל לאחר מלחמת ששת הימים, השלישי בא בעקבות האינתיפאדה הראשונה ומלחמת שלום הגליל, והאחרון, בעקבות האינתיפאדה השנייה וכל מה שבא בעקבותיה.
לדעת פרופ' באואר התופעה המאפיינת את כל גלי המשנה היא שהאנטישמיות החדשה איננה כמו האנטישמיות בעבר, שאפיינה בעיקר את השכבות הנמוכות של האוכלוסייה, אלא מדובר באנטישמיות של המעמד הבינוני הגבוה. זוהי תופעה אינטלקטואלית הנפוצה בתקשורת, באוניברסיטאות ובחוגים אקדמאיים. הכוונה לחוגי השמאל האירופי.
שני משברים הולידו את התופעה החדשה, והם השואה והקמת מדינת ישראל. השואה יצרה אי-נוחות בקרב האירופים לגבי היהודים. פרופ' באואר מגדיר את המצב כחיים עם 6 מיליון רוחות רפאים. המצב יצר מוטציה מסוכנת ואכזרית בתרבות האירופית.
הקמת מדינת ישראל יצרה תחושה של הקלה. האירופים תמכו בהקמת המדינה, מתוך הבעת סלידה מהעבר האנטישמי, ובמגמה לכפר על מה שנעשה ליהודים באירופה. הם קיוו שהיהודים ימצאו את ביתם בישראל.
אבל, הקמת ישראל הביאה להחרפת היחסים בין ישראל ומדינות ערב ולהסלמה של הסכסוך הישראלי- ערבי. הקונפליקט הישראלי- ערבי יצר טרגדיה אמיתית לפלשתינים. אחד מאבני היסוד של תפישת השמאל האירופי הוא תמיכה בעמים הנאבקים על עצמאותם. לבעיית הפליטים נוספה בעיית הכיבוש הישראלי ב-1967 והשמאל מתנגד עקרונית לכיבוש.
אבל, כעת נצמדה האנטישמיות, שהייתה רדומה, לטרגדיה הפלשתינית כדי להטיל ביהודים תווית של רוצחי המונים ונאצים. הדבקת תווית זו בישראלים אפשרה לאינטליגנציה האירופית להשתחרר מבחינה פסיכולוגית מהבעיות הנפשיות שיצרה אצלם השואה. בהקשר זה אין לעובדות כל חשיבות. מראשית האינתיפאדה השנייה נהרגו כ-2000 פלשתינים, שזה 1/6 ממספר היהודים שהובאו לאושוויץ ביום אחד, מהונגריה באביב 1944. השמאל רואה בטרור הפלשתיני מאבק נגד הכיבוש, תגובה נגד פעולות ישראליות ולא להפך. תמיכתם במאבקם של הפלשתינים, כעם מדוכא, לעצמאות הביאה אותם להתנגדות גוברת והולכת לעצם קיומה של ישראל, כמדינה. בחוגי האינטליגנציה האירופית הגיעו למסקנה שהתמיכה בהקמתה של מדינת ישראל הייתה טעות היסטורית שיש לתקנה.
לדעת פרו'פ באואר האנטישמיות החדשה היא מסוכנת בשל העובדה שהיא הופיעה בו- זמנית עם האנטישמיות המוסלמית. התקשורת המוסלמית אימצה את האידיאולוגיה הנאצית, תוך התאמתה לצרכיה. 2 ביליון מוסלמים חשופים יומיום להסתה ג'נוסיידית נגד יהודים וישראל, וכך מתאחדים שני גלים, הגל האנטישמי האירופי והמוסלמי לאיום של רצח עם לגבי היהודים. השמאל האירופי חבר, למעשה, לאיסלאם הקיצוני ולאחמניג'אד הקוראים בגלוי לחיסולה של מדינת ישראל. חיסולה של המדינה יביא עמו לחיסולה של מרבית האוכלוסייה.
פרופ' באואר אינו שולל ביקורת נגד מדיניות ישראל. אנטי- ציונות איננה בהכרח אנטישמית. אבל, שלילת קיומה של ישראל כמדינה ללא דרישה לביטולן של כל המדינות הלאומיות- זאת אנטישמיות וגזענות. מי שאומר שרק ליהודים אין זכות לעצמאות הוא אנטי- יהודי, וכאשר הוא מוציא רק את היהודים מהכלל בשל סיבות לאומיות- הוא גזעני ואנטישמי.
ולשמאל האירופי יאמר: מדינת ישראל קמה משום שליהודים יש זכות הגדרה עצמית כמו לכל עם אחר. הקשר ההיסטורי של היהודים לארץ ישראל הוא עובדה היסטורית שלא ניתן להכחישה. אומנם תחושת האשמה של המערב לגבי השואה הביאה להחלטת האו"ם ב-1947 על הקמת המדינה, אבל התהליך החל ב-1917, עם הכרזת בלפור, הכרת חבר הלאומים בהקמת בית לאומי ליהודים בא"י והקמת ממשלת המנדט הבריטית ב-1922. השואה זרזה את הקמת המדינה- אך היא איננה הגורם הבלעדי להקמתה. הפלשתינים החמיצו הזדמנות להקים מדינה משלהם ב-1937, ב-1948, ובמשך כל התקופה בין 1948 - 1967, כאשר הם היו תחת שלטון ערבי. גם ב-1967 ניתנה להם הזדמנות נוספת כאשר ראש הממשלה לוי אשכול הכריז על שטחים תמורת שלום. מה שהתרחש לאחר ההתעלמות מהצעת אשכול הוא באשמת שני הצדדים.
