חוקרים תארו את הידרדרות המצב הכלכלי והביטחוני לאורך השלטון הערבי - מוסלמי: התעשיה הצטמקה, השווקים מעבר לים אבדו והחקלאות נפגעה מהמיסים הכבדים והמלחמות. הארץ הפכה לשדה קרב והביטחון האישי של התושבים נפגע. כתוצאה מהמצב החלה עזיבה של הארץ. חסרים נתונים לגבי מספר היהודים והנוצרים שעזבו מסיבות כלכליות וביטחוניות אבל, הארץ נידלדלה במספר יישוביה ואוכלוסייתה.
השלטון הערבי בארץ ישראל נמשך מ-640 עד 1099, כלומר כ-400 שנים. מלבד בתקופה האומאית בשאר תקופת השלטון הערבי הארץ סבלה מאי-יציבות. השלטון הערבי- מוסלמי עבר מיד ליד. תחילה שלט בארץ בית אומיה. ב-750 השתלט בית עבאס על הארץ. ב-942 השתלטו על הארץ הפאטימים. הסלג'וקים, שהיו טורקים- מוסלמים, נאבקו בפאטימים והארץ עברה לידיהם ב-1071, אם כי המאבק בין הסלג'וקים לבין הפאטימים לא תם, והארץ חזרה לידי הפאטימים זמן לא רב לפני הכיבוש הצלבני. הפאטימים שלטו בארץ עד 1099.
הצבא הערבי-מוסלמי שפלש לארץ היה מורכב משבטים בדווים מלווים ע"י משפחותיהם, שחדרו לארץ בשני אגפים. האגף הימני חדר לעמק הירדן והאגף השמאלי חדר מאילת והתקדם לעבר חוף הים. הם ניהלו קרבות עם הצבא הנוצרי-ביזאנטי החל מ-634 ולאחר שורת ניצחונות עברה הארץ ב-640/1, סופית לידי השלטון הערבי-מוסלמי.
הכיבוש הערבי- מוסלמי היה מלווה במעשי טבח ביהודים. בזמן הקרבות בין הביזאנטים לערבים נהגו הערבים לערוך פשיטות על כפרים ועיירות. הממצאים הארכיאולוגיים מראים שהכיבוש הערבי- המוסלמי היה מלווה בפגיעה בחקלאות היהודית ואב הכנסייה סופרניוס העיד על הרס רב של החקלאות היהודית בעמק יזרעאל, בגליל ובדרום, והריסת בתי כנסת רבים ביישובים היהודיים במקומות שונים בארץ. הכיבוש גם היה מלווה במעשי טבח בנוצרים. באזור עזה, למשל, טבחו הערבים כ-4,000 יהודים, נוצרים ושומרונים והרסו את כפריהם.
הכובשים הערבים השאירו את החלוקה המינהלית הביזאנטית וגם את הפקידות הנוצרית משום שלא היו להם משכילים שיכלו להחליף את הפקידות היוונית. הם גם השאירו את היוונית כשפת המינהל.
הארץ הייתה מחולקת בתקופה הביזאנטית לשלושה מחוזות: - פלשתינה פרימה - יהודה, השומרון והחוף עם בירת המחוז, קיסריה. הערבים העבירו את הבירה לרמלה, לאחר הקמתה ב-711.
- פלשתינה סקונדה - הגליל, העמקים וחלק מדרום לבנון ובירת המחוז, בית שאן שהפכה לסקיתופוליס. הערבים העבירו את הבירה לטבריה.
- פלשתינה טרציה - הנגב, הערבה והר שעיר, ובירת המחוז, פטרה.
השליטים הערבים שינו את שמות המחוזות לערבית: פלשתינה פרימה נקראה גו'נט פלשתין, ופלשתינה סיקונדה נקראה ג'ונט אל-אורדון.
נוסף על המאבקים בין המשפחות הערביות - אומיים, עבאסים, פאטימים - לבין עצמן על השליטה בארץ, סבלה הארץ לאורך כל תקופת השלטון הערבי מפשיטות של בדווים מחצי האי ערב, סיני, עבר הירדן המזרחי והמדבר הסורי למטרות שוד וביזה ומפשיטות של הצי הביזאנטי על ערי החוף. שבטים בדווים השתלטו לסירוגין על חלקים מהארץ והמצב הביטחוני של האוכלוסייה היה חמור. הארץ הייתה שדה קרב מתמשך לאורך תקופת השלטון הערבי. המצב הביטחוני, הניתוק מאירופה וההזנחה מצד השלטונות לאורך התקופה הערבית פגעו באופן חמור בכלכלת הארץ והביאו לנסיגה בתחום הכלכלי ולהידלדלות האוכלוסייה, שבניגוד לתקופה הנוצרית- ביזאנטית, לא קיבלה הגנה אך נאלצה לשלם מיסיה כסידרן.
הארץ הייתה בתקופה הערבית - מוסלמית בתחתית סולם סדר העדיפויות של השליטים הערבים. המרכז השלטוני של בית אומייה היה, תחילה, בחצי האי ערב וב-660 הועבר לדמשק. שליטי בית עבאס העבירו את המרכז השלטוני לבגדד והפאטימים והסלג'וקים שלטו על הארץ ממצרים. הארץ הייתה שטח כבוש ממנו הופקו רווחים באמצעות גביית מיסים והפקעת אדמות עבור חוגי השלטון. השלטון הטיל על האוכלוסייה מיסים כבדים. בהתחלה הוטל על כל הכופרים מס אחד, אבל, בהדרגה פוצל המס למס גולגולת (ג'זיה), מס קרקע (ח'ראג') ומס הכופרים (אהל אלד'מה). ההכנסות ממס הכופרים היו מקור הכנסה חשוב לשליטים.
משה גיל הביא נתונים על היקף ההכנסות ממסים וקבע שהארץ הייתה "מכרה זהב למוסלמים". בין 670 ל-985 גבו הערבים בין 304,000 דינרים (בשנות ה-820) לשנה ל-850,000 דינרים לשנה (בשנות ה-860). בממוצע, הייתה הגבייה השנתית כ-400,000 דינרים לשנה (עמ' 44).
בתקופת השלטון הערבי ננטש ונהרס חלק גדול מהאזורים החקלאיים והשטח המעובד הצטמק. הארכיאולוגים קבעו שלאחר הכיבוש הערבי נזנחו השיטות שהגנו על החקלאות. הטרסות שנבנו למניעת סחף אדמה לא טופלו והסכרים לאורך הנהרות כדי למנוע הצפות הוזנחו אף הם. כתוצאה מכך נגרם הזק רב לאדמה שנשטפה מהטרסות ההרוסות והמצב הביא לנטישה של כפרים הררים. בגליל ננטשו 460 יישובים. גם בגבעות של שכם- טולכרם, לוד - רמלה והרי יהודה הייתה נטישה. במישור החוף הייתה נטישה של 52 כפרים בשל הארוזיה של האדמה והרוחות הביאו להיווצרות ביצות והתפשטות דיונות. בשרון ננטשו 42.8% מהיישובים. גם בנגב נפגעה החקלאות באורח חמור כתוצאה ממדיניות ההזנחה של השלטון הערבי. חלק גדול מהיהודים והנוצרים עסקו בחקלאות ומצבם החמיר כתוצאה מהזנחת השלטונות. נוסף לכך היו רעידות אדמה ב-856 ו-859 ומגיפות.
סחר החוץ היה מרוכז בתקופה הנוצרית- ביזאנטית בידי העילית היוונית בערי החוף. כבר ערב הכיבוש הערבי החלה בריחה של העילית והיא התגברה עם כיבוש ערי החוף ומעשי הטבח. השליטים הערבים הבינו בהדרגה את חשיבות סחר החוץ ושיקמו את קיסריה ועכו אבל, המאמצים ליישב את הערים לא עלו יפה. הקשר המסחרי עם אירופה היה מנותק והסחר היה ברובו פנימי או עם מצרים, שהפכה למרכז המסחרי עם הכיבוש הפאטימי.
המלחמות המרובות פגעו, במסחר ובמלאכה, הכלכלה הידרדרה וכתוצאה מכך הפכו תושבי הארץ לעניים. בסופו של דבר השליטים הערבים שילמו אף הם את מחיר ההכנסה כפי שניתן לראות מהירידה בהכנסות ממסים.
תקופת בית אומייה (640 - 750) האומיים שלטו בארץ מ-640 עד 750. הם העבירו את מרכזם השלטוני מחצי האי ערב לדמשק, וא"י הייתה רק חלק מהאימפריה האומיית, ולא עמדה אצלם, כאמור, בראש סדר העדיפויות. השליטים האומיים חתמו על חוזי שלום עם האוכלוסייה הנוצרית והיהודית והבטיחו להם ביטחון החיים והרכוש. הם השאירו את הפקידות הנוצרית לניהול המערכת המינהלית ושפת המנהל המשיכה להיות יוונית עד ראשית המאה ה-8 ובמידה מסוימת גם במאה ה-9.
רמלה הייתה העיר היחידה שהוקמה ע"י השלטון הערבי ב-711 כמעט 100שנים לאחר הכיבוש. רמלה הייתה מרכז מינהלי והחליפה את קיסריה שהייתה בירת מחוז פלשתינה פרימה תחת השלטון הנוצרי- ביזאנטי. משה שרון מדגיש שהערבים היו מיעוט מבוטל באוכלוסיית רמלה. הגיאוגרף הערבי אל - יעקובי כתב שאוכלוסיית רמלה הייתה מעורבת ורובה שומרונים ויהודים.
הארכיאולוג איתמר טקסל הביא בהרצאה שנתן ב-2005 סקרים ארכיאולוגיים שערך והגיע למסקנה "מסקירת טיפוסי האתרים ומן המידע (המועט ולא ודאי) העולה מן הסקרים, שבמהלך העשורים הראשונים שלאחר הכיבוש המוסלמי, ואולי אף עד לקראת סוף המאה ה-7, לא חל שינוי משמעותי בהיקף הישוב הכפרי בא"י. שינויים ישירים ועקיפים בכלכלת האזור מחד ולחצו ההולך וגובר של השלטון המוסלמי מאידך הביאו בהדרגה, ובעיקר בחלקה השני של התקופה האומיית להיחלשותם של ישובים כפריים לא מעטים ולירידה הדרגתית בהיקפם ובמספרם, ירידה שצברה תאוצה למן המאה ה-8 ואילך.
תקופת בית עבאס (750 - 942) ב-750 עבר השלטון על ארץ ישראל לידי שושלת עבאס, ששלטה עד 942. בית עבאס קבע את בירתו בבגדד ומדיניות ההזנחה כלפי הארץ התגברה. מדיניות ההזנחה פגעה קשה בכלכלה והחקלאים היו הגורם שנפגע באופן הקשה ביותר. ההזנחה הביאה לנטישה משמעותית של החקלאות.
בימי העבאסים הצבא לא היה מורכב מערבים אלא מפרסים -מוסלמים. גם המינהל נוהל בידי פרסים. במאה ה- 9 הורכב הצבא מחיילים טורקים- מוסלמים. גיל ציין שעם הכיבוש העבאסי הצטמצמה בארץ נוכחות השבטים ששימשו חילות מצב, ההקצבות שניתנו להם בעבר בוטלו והם הועברו למצרים ועירק.
הצבא העבאסי נהג באכזריות כלפי התושבים וגרם למרידות של האוכלוסייה ב-758, ב-771 וב-800. בראש המרד ב-800 עמד יהודי בשם יחיה בן ירמיהו והוא נתמך ע"י חסידי בית אומיה הערבים. המרד דוכא באכזריות ויחיה הוצא להורג. מרידות נוספות פרצו ב-807, ב-809-810 וב-842. המרידות היו נגד עול המיסים ואכזריות החיילים תחת השלטון העבאסי.
ההזנחה איפשרה לנציבים של שלטון עבאס להפוך לעצמאיים באזורי נציבותם. ב-868 השתלט הנציב אחמד בן טולון על מצרים וב-878 הוא השתלט על ארץ ישראל וסוריה.
טולון שיקם את ערי החוף שהיו מוזנחות מאז הכיבוש הערבי. הוא נרצח ב-884 .כיבוש הארץ ע"י טולון רק החמיר את המצב והארץ הפכה לזירת קרבות בה היו מעורבים גורמים שונים, כולל בדווים. לאחר מותו החמיר עוד יותר מצב הביטחון והארץ הפכה לזירת קרבות בין הגורמים השונים, כולל שבטים בדווים, והשלטון בארץ עבר מיד ליד במשך 30 שנה, עד שהפאטימים השתלטו על הארץ ב-942.
התקופה הפאטימית (942 - 1099) הפאטימים העבירו את המרכז השלטוני למצרים. להלכה הייתה הארץ תחת שלטון השושלת הפאטימית, מ-942 עד 1099, אבל למעשה, הייתה הארץ לאורך כל התקופה שדה קרב בין הצבא הפאטימי לבין גורמים שונים שהשתלטו על חלקים מהארץ. העדר יציבות שלטונית איפשר פלישות וכיבושים ע"י אויבי השושלת הפאטימית (קארמאטים, ביזאנטים, סלג'וקים). הביזאנטים, שלא השלימו עם הכיבוש הערבי ערכו פשיטות בלתי פוסקות על אזור החוף. האוכלוסייה המקומית הייתה מעורבת אף היא במאבקים והתחלקה בין תומכי ומתנגדי השושלת הפאטימית. במאבקים היו מעורבים מניעים פוליטיים ודתיים.
המלחמות הבלתי פוסקות במאות ה-10 וה-11 פגעו בצורה חמורה במצב הכלכלי. קשרי המסחר עם העולם החיצוני נותקו, הדרכים לא היו בטוחות, וכתוצאה מכך נפגעה פרנסתם של החקלאים, בעלי בתי המלאכה והסוחרים. איכרים נטשו את אדמותיהם, הערים שקעו והתושבים התרוששו. נוסף לכך אירעו שלוש רעידות אדמה ב-1016, ב-1033 וב-1068, שפגעו אף הן במצב הכלכלי. ב-1056 פקדה את הארץ בצורת קשה שנמשכה שבע שנים, עד 1063. ב-1068 החלה תקופת בצורת נוספת שנמשכה שש שנים, עד 1074. רמלה חרבה ברעש האדמה ב-1068.
חיים זאב הירשברג תאר את הידרדרות המצב הכלכלי לאורך השלטון הערבי - מוסלמי: התעשיה הצטמקה, השווקים מעבר לים אבדו והחקלאות נפגעה מהמיסים הכבדים ומצב הביטחון. כתוצאה מהמצב החלה עזיבה של הארץ. חסרים נתונים לגבי מספר היהודים והנוצרים שעזבו מסיבות כלכליות וביטחוניות.
