חמש שנות אינתיפאדה, או בשמה הפלשתיני המלא: אינתיפאדת אל-אקצה, ירושלים, העצמאות והשיבה, זעזעו את מדינת ישראל. האינתיפאדה גבתה מחיר דמים כבד (למעלה מאלף הרוגים וכ- 7000 פצועים), פגעה קשות בכלכלה, שינתה באופן מהותי את תפיסת הביטחון ואת סדר העדיפויות הלאומי, והביאה את ישראל לאחר חמש שנות עימות - לראשונה מאז תחילת ההתיישבות בשטחים, לפרק ללא תנאי את כל הישובים הישראלים ברצועת עזה ובצפון השומרון.
בחינת ההיערכות הלאומית לאינתיפאדה מעלה שאלות נוקבות: האם גם בסוגיה זו, כבמלחמת יום הכיפורים, הלכו הקברניטים שולל אחר קונספציות אשר ההיסטוריה הוכיחה כמוטעות.
הרמטכ"ל, משה (בוגי) יעלון, בראיון הפרידה מצה"ל במאי 2005 ("מעריב"), טען כי ערפאת נקט מהלך של הונאה אסטרטגי בנכונותו ההצהרתית להכיר בישראל, ובה-בשעה שקד על הכנת האופציה הצבאית וחתר ליישום תורת השלבים שתכליתה חיסול מדינת ישראל. יעלון סבור, כי ההנהגה הישראלית נפלה קורבן למהלך ההונאה של ערפאת שהשתמש בהסכמי אוסלו כ"סוס טרויאני". בדברים שנשא בפברואר 2002 אמר יעלון, כי "ההנהגה הפלשתינית הנוכחית אינה מכירה בזכותה של מדינת ישראל להתקיים כמדינה יהודית, היא מנסה לממש את תורת השלבים ומאמינה שבטרור ובתהליכים דומים הם יצליחו להקים מדינה קודם כל ביהודה שומרון ועזה ולאחר מכן גם בחלק האחר של ארץ ישראל".
בדיקת הערכות המצב שפורסמו בתקשורת הישראלית בשנת 2000 מעלה סימני שאלה באשר לקונספציה ששררה בקרב הצמרת המדינית והביטחונית באותם ימים. העיתונאי רון בן-ישי חשף ב- 12 ביולי 2000, כחודשיים לפני פרוץ האינתיפאדה, את הערכת המצב ולפיה סברו בכירים בישראל, כי "ערפאת יוכל לשכנע את תומכיו להסכים לפשרה רק אחרי עימות אלים נוסף עם ישראל". "אז יוכל לומר לעמו: נלחמנו, שפכנו את דמנו ואת דמו של האויב כמו שעשו אנשי החיזבאללה בלבנון, ומה שנשיג כעת ליד שולחן הדיונים זה המקסימום האפשרי בנסיבות הנוכחיות". במילים פשוטות: ערפאת זקוק ל"מלחמת העצמאות הפלשתינית" לפני שיוכל להתיישב מחדש לשולחן הדיונים ולהגיע להסכם... "על-פי המודל של בן-גוריון".
דיווח נוסף של רון בן-ישי, שבועיים לאחר פרוץ האינתיפאדה, מעלה, כי הקונספציה לפיה ערפאת מעוניין בעימות קצר מועד כדי לנצלו כמנוף להגעה להסדר קבע, עוד תקפה בקרב הקברניטים הישראלים. "במערכת הביטחון" כותב בן-ישי ב- 13 אוקטובר 2000, "מתחזקת בימים אלה ההערכה לפיה ערפאת רוצה להכריז על מדינה תוך כדי עימות עם ישראל ולא מתוך הסכם עימה". "שעת ההסכמים, לפי הערכה זו, תגיע אחרי שתוכרז המדינה הפלשתינית והתערבות בינלאומית תביא להפסקת אש ולהפרדת כוחות. אז, במסגרת הסכם שביתת נשק בין ישראל למדינה הפלשתינית, יוכלו ערפאת והרחוב הפלשתיני להסכים למה שנחשב בעיניהם במסגרת המו"מ המדיני עד כה כויתורים בלתי נסבלים".
מסמך רשמי של משרד האוצר מ- 4 ביוני 2001 קובע מפורשת, כי לגבי תקציב לשנת 2001: "תקציב המדינה מושפע משתי התפתחויות שלא נחזו בעת בניית התקציב ואישורו בממשלה בקיץ 2000... ובראש ובראשונה, גידול בתקציבי הביטחון וביטחון הפנים (בעקבות האינתיפאדה)...". משמעות הדברים ע"פ מסמך זה: ממשלת ישראל לא העריכה, כי בפתח מתרגשת אינתיפאדה העלולה לאיים על היציבות הביטחונית והכלכלית של מדינת ישראל.
עיון בתקציב הביטחון לשנת 2001 מגלה, כי אין כל התייחסות לתכנון תקציבי שייתן מענה לאינתיפאדה במימדים שחוותה ישראל בחמש השנים האחרונות. נהפוך הוא, התקציב לוקח בחשבון (וזאת, כאמור ערב האינתיפאדה), כי תימשך "העמקת החיסכון בימי המילואים, תוך שימוש בחיילי חובה", על-מנת "לשחרר מקורות נוספים בהיקף של מיליוני שקלים". לו הנחת היסוד של מתכנני תקציב הביטחון הייתה לוקחת בחשבון התפרצות של אינתיפאדה, סביר היה לדרוש דווקא תקציב נוסף למימון הגידול הצפוי בימי המילואים והכשרות לוחמים ללחימה באינתיפאדה.
על הקונספציה ערב האינתיפאדה מלמד גם הראיון שהעניק ראש השב"כ, עמי איילון, ל"ידיעות אחרונות", עם פרישתו מהתפקיד במאי 2000. בתשובה לשאלה אם יש סיכוי לגמישות פלשתינית בתביעה לשיבת הפליטים, אמר איילון: "אני מוכן רק לומר שלדעתי ההנהגה הפלשתינית הנוכחית היא פרגמאטית, ויש לה חשיבה מדינית שפויה". כשנשאל אם יש בכלל אפשרות לפתוח בהידברות עם החמאס? השיב: "אני אמרתי שאני מזהה אפשרות כזו... אני לא אומר, אגב, שאנחנו צריכים לשבת עם החמאס. בשום פנים ואופן - עדיין לא. כעת החמאס הוא אויב שצריך להילחם בו. אבל בינתיים לא צריך להתנגד שהרשות מנהלת דיאלוג עם החמאס".
