הגדרת קניין רוחני חולשת על זכויות רבות הנוגעות לסימני מסחר, זכויות יוצרים וכיו"ב. פגיעה בזכויות אלו נעשית על-ידי יבוא טובין מזויפים שיש בהם כדי לפגוע בזכויות הקניין של היוצר. אמנות בינלאומיות העוסקות במסחר בינלאומי עליהן חתומה מדינת ישראל, דורשות מכל מדינה חברה, כי תפעיל את רשויות האכיפה למניעת הסחר בטובין הפוגעים בזכויות קניין רוחני.
המקורות הסטאטוטוריים המגנים על הקניין הרוחני מעוגנים בין היתר בפקודת המכס המותאמת להסכם ג.א.ט.ט. בדבר הגנה על זכויות קניין רוחני (TRIPS) חוק הגנת הצרכן, התשמ"א - .1981 פקודת זכות יוצרים, חוק זכות יוצרים, פקודת סימני מסחר (נוסח משולב), חוק הגנת כינויי מקור וחוק זכויות מבצעים ומשדרים. דיני הקניין הרוחני - התאמה להוראות הסכם ה- TRIPS.
במסגרת המלחמה המתמדת והמתישה בתופעת הפגיעה בזכויות הקניין הרוחניות מגייסת "רשות המיסים" באמצעות אגף המכס, את הנפגע הישיר להצטרף למאבק זה, ראשיתו על-ידי הגשת תלונה, בין אם זכויות הנפגע רשומות או אינן רשומות בארץ. הנפגע, מגיש בקשה בכתב בצירוף דוגמא מן הטובין לגביהם קיימת לו זכות קניין רוחני ובגינם הוא טוען ליבוא מוצרים מפרים. במקרים מיוחדים, מפאת גודל הטובין, למשל, רשאי המכס להסתפק בקטלוג, במקום הטובין עצמם.
לבקשה יש לצרף ערבות אישית לכיסוי נזקים אפשריים ובלתי מוצדקים שייגרמו ליבואן כתוצאה מעיכוב בלתי מוצדק. על הבקשה לכלול את מירב הנתונים הנוגעים ליבוא המפר, לרבות כלי ההובלה באמצעותו ייובאו הטובין, נמל כניסה, כמויות וכיו"ב.
עיכוב הייבוא המפר זכויות, הסנקציות וההסדרים האפשריים כאשר אותרו הטובין נשוא התלונה בנמל היבוא, ניתן לעכב את הטובין ל- 3 ימי עבודה, כאשר מנהל המכס רשאי להאריך תקופה זו ב- 3 ימים נוספים. המכס יודיע בהקדם ליבואן ולמתלונן על עיכוב הטובין, וידרוש הפקדת ערבות בנקאית כתנאי להמשך הטיפול. הערבות הבנקאית אמורה להבטיח מניעת ניצול ציני של רשויות המס לעיכובי שווא. מאידך, אל לה להוות מכשול בלתי עביר בפני תלונות מוצדקות.
הטוען להפרת זכויותיו חייב להוכיח לגובה המכס כי הגיש תובענה לבית המשפט, נגד היבואן המפר, בתוך פרק זמן של עד 20 יום לכל היותר. גובה המכס ימסור למתלונן דוגמאות מהטובין המעוכבים, לצורך בדיקתם, עפ"י בקשתו של המתלונן. ההוצאות הכרוכות בבדיקה יחולו במלואן על המתלונן. במידה וסבור גובה המכס כי אין יסוד לטענות המתלונן, יודיע לו בכתב על סירובו להמשך עיכובם, אם בכלל.
עבודתם השוטפת של רשויות המכס למניעת פגיעה בקניין רוחני נעשית אף ללא תלונות ממוקדות של מי מבין נפגעים הישירים. לרשות המכס עומדות מספר דרכי סנקציות וענישה, כנגד המפרים, לרבות, שימוש בהליכי חילוט והחרמה.
במקרה של "ספק הפרה" יבקש המכס מבעל הזכויות חוות דעת בכתב בדבר היותם הטובין מפרים, והתחייבות מפורשת כי יצטרף כצד לתביעה לצד אגף המכס, במידה וזו תוגש. כפי שהזכרנו, במקרים שבהם לא נמצא בעל זכות בארץ או כאשר בעל הזכות נמנע מלפעול, יש לשחרר את הטובין שנחשדו כמפרים. אולם, במקרים חריגים, כאשר מדובר בהפרה בוטה של זכויות קניין רוחני, היינו כאשר לא נדרשת מומחיות מיוחדת על-מנת לקבוע כי מדובר ביבוא מפר, יש לנקוט בהליכי החרמה על-פי פקודת המכס.
הכרעת בית המשפט, תקבע את הטיפול בטובין מפרים ויכול שתקבע השמדה, שחרור על תנאי, או ללא תנאי. הצד המפר את הזכויות והצד הנפגע רשאים להגיע להסכם פשרה בניהם המצריך את אישור המכס ובלבד ששילמו את העלויות בגין האחסנה, ההשמדה וכיו"ב. אם מתגלים זכויות קניין רוחני מופרים, במשלוחי יצוא, יש לדאוג לדיווח על חשדות אלו לרשויות המכס בארץ הייבוא.
