ישראל נוהגת להעביר לרשות הפלשתינית חומרים מסוכנים לצורכי חקלאות רפואה, ותעשיה, כגון דשנים, ברום, וכדומה. יבואנים ישראלים הורשו לספק ליזמים ותעשיינים פלשתינים חומרים מסוכנים, שהובלו במשאיות לשטחי הרשות הפלשתינית.
אולם, במהלך אירועי "גאות ושפל" התגלה, כי גורמים עוינים בשטחי הרש"פ עושים שימוש בחומרים מסוכנים שהיו מיועדים לשימוש בחקלאות, תעשיה ורפואה, לצורך ייצור חומרי נפץ או שימושים אלימים נוספים. דברים אלה עולים מאיסוף וגיבוש המידע בנושא זה. הוכן דוח על-ידי קצין מטה ומתאם לענייני איכות הסביבה של אזורי איו"ש וחבל עזה, ודוח זה הועבר לגורמים הרלוונטיים - לצורך הסקת מסקנות, ובהם למתאם הפעולות בשטחים, ראש המנהל האזרחי ואחרים.
מן הסיכום עולה, כי במהלך אותה תקופה התקבלו עידכונים מהמטה ללוחמה בטרור במשרד ראש הממשלה, בדבר החומרים המסוכנים האסורים לייבוא לתחומי הרשות הפלשתינית.
בזמן האירועים, נתפס לראשונה חומר מסוכן בפעילות צבאית ביום 10.4.02. החומר מסוג ברום, הוחרם ממשרדיו של ערפאת במתחם המוקטעה ברמאללה. הברום היה מאוחסן ב-6 שפורפרות בנות 2 ליטר כל אחת, המוטמנות בתוך ארגז מלא חול. הברום נלקח כשלל פעילות על-ידי היחידה הטכנולוגית בפיקוד העורף.
בעקבות זאת, ביום 22.8.02 חתם אלוף פיקוד מרכז על תיקון לצו בדבר פיקוח על חומרים מסוכנים. בצו זה נוספו לרשימה קודמת של חומרים מסוכנים, ארבעה סוגי חומרים מסוכנים המשמשים בעיקר לחקלאות. יישום הצו כולל בתוכו גם יצרנים ויבואנים ישראליים המשווקים חומרים מסוכנים לתחום הרש"פ.
ביום 26.12.03 נחתמו צווים משלימים על-ידי אלוף פיקוד דרום ומרכז. התיקונים מתייחסים לאיזור יבוא חומרים מסוכנים, העלולים לשמש לייצור חומר נפץ ולאחריות הביטחונית של מפקד האזור.
לאחר פרסום צו האלוף החל בגיבוש נוהל מסודר לצורך איתור ותפיסת חומרים מסוכנים. ביצוע ראשוני של הנוהל התקיים ביום 5.11.02 בעת תפיסת חומרי הדברה ודשן חקלאיים בג'נין.
ביום 26.11.02 נמצאו במהלך פעילות צה"ל באזור H1 בחברון (שטח בשליטה פלשתינית) החומרים המסוכנים הבאים: 167 שקים (25 ק"ג כל אחד) של דשן המבוסס על חנקת האשלגן, 5 מיכלים של חומצה חנקתית (20 ליטר כל אחד). כמו כן הוחרמו 4 דוגמאות של חומרים לא מזוהים אך חשודים כאסורים.
הממונה מטעם צה"ל על תחום החומרים המסוכנים הוא קמ"ט איכות הסביבה, בנימין אלבז. אלבז החל את תפקידו ביום 12 בנובמבר שנת 2000, לאחר שמונה לתפקיד על-ידי ראש המנהל האזרחי, תא"ל דב צדקה. קמ"ט איכות הסביבה הוא שאחראי על מתן היתרי יבוא של חומ"ס לרשות הפלשתינית ביהודה ושומרון וחבל עזה.
לצורך מתן היתר רעלים, עושה הממונה שימוש בחוות הדעת שניתנת על-ידי מרכז מידע חומרים מסוכנים במשרד לאיכות הסביבה, ובעידכונים הניתנים מעת לעת בדבר חומרים האזורים לייבוא.
הפניה לקמ"ט איכות הסביבה נעשית אך ורק באמצעות ד"ר מוחמד סעיד-חמיידי מהרשות לאיכות הסביבה ברשות הפלשתינית. יזם או תעשיין פלשתיני המבקש היתר יבוא, פונה לד"ר חמיידי, וזה מפנה את הבקשה לקמ"ט איכות הסביבה. זה מעביר את החומר למרכז מידע ומבצעים במשרד לאיכות הסביבה לקבלת חוות דעת.
בעקבות הממצאים החמורים שהתגלו במהלך מבצע גאות ושפל, הוחלט כי המת"קים (מפקדת תאום וקישור) יפעלו למימוש הצו בשלושה ערוצים משולבים:
1. תדרוך החיילים במחסומי צה"ל בדבר איסור הכנסת חומ"ס לשטחי הרשות הפלשתינית או עבור פלשתינים בכל מקום, שלא על-פי היתר ועל-פי פקודה אג"מית פיקודית שתופץ לכלל יחידות צה"ל ביהודה ושומרון.
2. איסוף מידע - המת"קים יאספו מידע בנוגע למפעלים, מחסנים, חנויות ממכר ואתרים שונים בהם מוחזקים חומרים כימיקליים או דשנים המוגדרים מסוכנים על-פי החלטת הממונה - קמ"ט איכות הסביבה.
3. מבצעי חיפוש והחרמת חומ"ס - המת"קים יפעלו לביצוע מבצעי חיפוש חומרים מסוכנים על-פי יעדים מוגדרים ולאחר שהוכן תיק לכל מבצע המכיל את מלוא הנתונים הנדרשים לחטיבה.
בצו מספר 1517 מיום 19 בדצמבר 2002, חתם מפקד כוחות צה"ל באזור יהודה ושומרון, אלוף משה קפלינסקי, על רשימת חומרים מסוכנים הנמצאים תחת ההגדרה של "איסור עיסוק בחומרים בני-פיקוח".
להלן רשימה חלקית:
מלחים כלורטים; מלחים פרכלורטים; מי חמצן בריכוז מעל 18%; חומה חנקתית; חומצה גורפתית; אשלגן ציאניד; דשנים עם אמוניום ניטראט; אבקת אלומיניום; זרחן אדום/לבן ועוד.
