היועץ המשפטי לממשלה הואשם על-ידי ראש הממשלה אהוד ברק בהאשמה חמורה ביותר: שחיתות אינטלקטואלית. לא פחות, שבאה, כביכול, לידי ביטוי, בהפעלת שיקול דעת מתוך מניעים פוליטיים ו/או אידיאולוגיים.
קיצפו של ראש הממשלה יצא כנגד רובינשטיין, במיוחד לאחר שהלה הוציא את עיקרי חוות הדעת לתקשורת. ברק התראיין בנושא זה באמצעי התקשורת, ותקף באופן חריף. הוא הלין, כי רובינשטיין מיהר לספר ולהפיץ את חוות הדעת, עוד בטרם היה סיפק בידיו של ברק לקרוא וללמוד את חוות הדעת. בפועל, נראה כי הדברים שונים בתכלית. חוות הדעת ניתנה לברק ביום 26.12.00. במדינה מתוקנת היה ברק חייב להפנימה תוך שעות. בפועל, הוא נקט בטקטיקה של התעלמות, ויותר מזה כפי שיפורט בהמשך. על מה שקרא מאחורי הקלעים, נספר להלן.
הסיבה המרכזית להפצת חוות הדעת על-ידי רובינשטיין, הינה ההדלפות המסולפות מישיבות הממשלה, כאילו הכשיר רובינשטיין את המשך המו"מ מצד ממשלתו של ברק - למרות שאנו מצויים ערב בחירות, ולמרות שברק העמיד את עצמו ואת דרכו להכרעת הציבור. נציגי הממשלה וברק בראשם, סיפרו בתקשורת ואף התראיינו וטענו, כי מבחינה משפטית וציבורית - רובינשטיין אינו שולל את המשך המו"מ, למרות הסיטואציה הפוליטית המיוחדת שבה אנו נתונים, ולמרות שבידי שרי הממשלה היתה חוות דעתו של רובינשטיין. כך הגיבו גם כאשר חברי הכנסת שאול יהלום ולימור לבנת ביקרו באופן חריף את ברק, וגם כאשר ראש הממשלה לשעבר בנימין נתניהו מתח ביקורת נוקבת כנגד ברק בנושא זה ודרש מרובינשטיין לפעול לאלתר כדי לעצור את התופעה הזו. ובמילים פשוטות: שרי הממשלה וברק בראשם, הציגו בפני הציבור מצג כוזב בדבר חוות דעתו האמיתית של רובינשטיין.
במצב דברים זה, לא נותרו הרבה ברירות. בשיחות פנימיות שניהל רובינשטיין עם עוזריו וגם עם פרקליטת המדינה עדנה ארבל, הוא הביע את כעסו על הדיווח הלולייני הנמסר אודות חוות דעתו. בחלוף הימים הוא נוכח, כי המידע הכוזב הולך וקונה אחיזה גם בתקשורת. בשל זאת הוא נאלץ ביום ב' השבוע לפרסם ולהפיץ בתקשורת - בהודעה מסודרת לעיתונות - את עיקרי התזכיר, המדבר בעד עצמו.
עיקריו: על-פי חוק יסוד הממשלה, הממשלה מוסמכת, מנקודת מבט משפטית גרידא, לנהל מו"מ עם הפלשתינים. יחד עם זאת, מבחינה ציבורית וחוקתית, ובהתחשב בעניינים העומדים על הפרק (במו"מ עם הפלשתנים) ובבחירות העומדות בפתח - היא אינה סוברנית לחתום על הסכם ערב הבחירות, ולחייב את הממשלה הבאה בהחלטות כבדות משקל כגון דא. ובמילים פשוטות: רובינשטיין שולל את סמכותה של הממשלה לנהל מו"מ, בשלב זה, בעניינים כה כבדים, כל שכן לחתום על הסכם, גם לא בראשי תיבות.
נקודה מעניינת לציון היא, האם היה רובינשטיין מוסמך לפרסם את חוות דעתו שהונחה בפני הממשלה. לפי סעיף 65 לחוק יסוד: הממשלה, "הדיונים וההחלטות של הממשלה ושל ועדת השרים" בעניינים הנוגעים לביטחון המדינה ו/או יחסי חוץ של המדינה", "הם סודיים וגילויים או פרסומם אסור". לפי החוק, רק ראש הממשלה אהוד ברק (או מי שהוסמך מטעמו), או הממשלה כולה (בהחלטתה), רשאים להתיר פרסום מסמך, תזכיר או מידע אחר שהוצג בפני הממשלה בעניינים הללו. לפי חוק זה, לא היה רשאי רובינשטיין לפרסם את חוות הדעת אותה הגיש לממשלה כולה ואת התזכיר שהגיש לראש הממשלה - אלא באישורו של אהוד ברק. ואישור שכזה לא ניתן.
אלא שקיים בכל זאת מוצא מבחינת רובינשטיין. חוות הדעת ניתנה לאחר שהמידע הימנה סולף על-ידי הממשלה, וברק בראשה, ולאחר שהנושא כולו הובא לדיון ציבורי על-ידי הממשלה ושריה. יתירה מכך: חוות הדעת הראשונית בנושא זה נכתבה עבור חברי הכנסת לימור לבנת ושאול יהלום, שפנו אל רובינשטיין כנגד פעולות הממשלה.