בית המשפט העליון בשבתו כבג"צ, דחה שתי עתירות התוקפות את תוואי גדר הביטחון המתוכנן לעבור בין הכפר הפלשתיני עאבוד לבין היישובים הישראלים בית אריה ועופרים. בהחלטתו קבע בית המשפט העליון, כי תוואי הגדר הינו תוצאה של איזון מידתי שערך המפקד הצבאי בין צורכי הביטחון, זכויות התושבים הישראלים וזכויות התושבים הפלשתינים.
בעתירה אשר הוגשה מטעם המועצה המקומית בית אריה נטען, כי אין ביכולתו של תוואי הגדר המתוכנן לספק מענה הולם לצורכי הביטחון של היישוב ותושביו. כך למשל, תוואי גדר הביטחון אינו עונה על צורכי הביטחון של תלמידי בית הספר האזורי, אשר אינו מוגן מפני חדירת מחבלים. עוד טענה המועצה המקומית, כי קירבת הגדר לכביש הגישה המתוכנן אל היישוב לא תימנע פיגועים חבלניים, והיא תסכן את בטיחותם של אלפי הנוסעים בו.
במקביל הגישו עתירה לבית המשפט העליון תושבי הכפר הפלשתיני עאבוד, במסגרתה ביקשו מבית המשפט להורות על ביטול תוואי הגדר או הסטתו מערבה. לטענתם, הפגיעה הנגרמת להם כתוצאה מתפיסתן של קרקעות חקלאיות ועקירתם של למעלה מ-1,000 עצי זית, כמו גם הפגיעה הנגרמת להם כתוצאה מהותרתם של אלפי דונמים מצידה ה"ישראלי" של הגדר, הינה פגיעה קשה ובלתי מוצדקת בזכות הקניין של תושבי הכפר ובזכותם לפרנסה ולתעסוקה, כמו גם בחופש התנועה שלהם.
בית המשפט דחה כאמור את שתי העתירות, בקובעו, כי בתוואי המתוכנן הנוכחי של הגדר, יש כדי לספק את צורכי הביטחון של תושבי בית אריה, וכי תוספת הביטחון לתושבי היישוב אשר היתה מושגת על-ידי שינוי התוואי כבקשתם, אינה שקולה כנגד הנזק הנוסף שהיה נגרם לתושבים הפלשתינים באזור כתוצאה משינוי התוואי כאמור.
בנוסף קבע בית המשפט, כי הפגיעה הנגרמת לתושבי הכפר עאבוד כתוצאה מתוואי הגדר אינה כה קשה וחמורה. בהקשר זה ציין בית המשפט כי לתושבי הכפר ישולם פיצוי הולם תמורת הפגיעה שתיגרם להם, וכי תוואי הגדר אינו מנתק אותם ממקורות פרנסה או משירותים חיוניים אחרים, שכן איננו מקיף יישובים פלשתינים ואין הוא יוצר מובלעות. לאור כל זאת החליט בית המשפט שלא להתערב בתוואי הגדר המתוכנן.