מסקנות התחקיר שערך צה"ל לבדיקת אירוע כפר כנא הוגשו (ד', 2.8.06) לשר הביטחון, עמיר פרץ. במסקנות מצהיר צה"ל, כי על-פי המידע אשר היה קיים ברשותו הצביע על העובדה כי הבניין ריק מאזרחים ומשמש מסתור למחבלים.
"המידע שהיה ברשות צה"ל קבע כי הבניין אינו מאוכלס על-ידי אזרחים ומשמש כמחסה למחבלים", נאמר בתחקיר. בצה"ל מדגישים, כי אילו היה בידי צה"ל מידע כי במבנה שוהים אזרחים לא הייתה מבוצעת התקיפה.
בשעות הלילה של יום א' (30.7.06) נהרגו לפחות 27 אזרחים לבנונים לאחר שצה"ל תקף מהאויר בניין בו שהו האזרחים. גורמים לבנונים טוענים כי בהפצצה נהרגו לפחות 57 בני אדם, בהם למעלה מ- 30 ילדים. אנשי הצלב האדום אשר הגיעו למקום לאחר מספר שעות לא יכלו לאשר מספר נפגעים זה.
חיל האוויר הטיל 2 פצצות; אחת לא התפוצצה
בצה"ל מציינים, כי הבניין הותקף מהאוויר בשעה 00:52 באמצעות שתי פצצות. פצצה אחת התפוצצה והשנייה הייתה ככל הנראה נפל. בצה"ל לא מתייחסים לאפשרות כי פצצה זו, שלא התפוצצה בתקיפה, התפוצצה בשלב מאוחר יותר, ייתכן, לאחר שאנשי החיזבאללה ניסו לפרק אותה.
על-פי מסקנות התחקיר, תקיפת הבניין נעשתה בהתאם למדיניות המטה הכללי אשר קובעת כי כוחות צה"ל רשאים לפתוח באש אל עבר מבנים חשודים בתוך כפרים שתושביהם הוזהרו, וכן מבנים הסמוכים למקומות מהם משוגרות רקטות לעבר מדינת ישראל.
בצה"ל מוסיפים, כי המדיניות גובשה לאחר תצפית ולמידה של התנהגות המחבלים, והבנה כי המחבלים עושים שימוש במבנים אזרחים בתוך כפרים, לשם אחסון אמצעי לחימה ולשם בריחה לאחר השיגור.
צה"ל: הזהרנו את האזרחים לעזוב
מכפר כנא עצמו וממרחביו שוגרו כ- 150 רקטות לעבר יעדים שונים במדינת ישראל לאורך כל ימי הלחימה, אומרים בצה"ל. כפר כנא והכפרים במרחב הוזהרו מספר פעמים, הן באמצעות כרוזים והן באמצעות ערוצי רדיו, שלא להימצא באזור.
בצה"ל מדגישים, כי טרם תקיפת הבניין, הותקפו מספר מבנים אחרים אשר גם הם היוו תשתית לפעילות הטרור, בסביבת הבניין שקרס.
הרמטכ"ל: לעדכן ההוראות לפתיחה באש
בנוסף למסקנות התחקיר, הנחה הרמטכ"ל לבחון ולעדכן מידית את מדיניות הפתיחה באש כנגד מטרות חשודות בטרור, תוך התאמת הקריטריונים לצרכים השוטפים ולמידע המתעדכן, כפי שמבוצע באופן שוטף. כמו כן, הביע הרמטכ"ל צער על מותם בתקרית של אזרחים, בהם ילדים.
רא"ל חלוץ הדגיש, כי הלחימה בטרור העושה שימוש ציני באזרחים כמגן אנושי ופועל במכוון מתוך תשתיות ויישובים אזרחיים, קשה שבעתיים מלחימה צבאית רגילה ומעמידה בפנינו אתגר מבצעי וערכי כאחד. "ארגון החיזבאללה מעמיד אזרחים לבנוניים כחומת מגן בינו לבינינו, בשעה שצה"ל ניצב כחומת מגן בין אזרחי ישראל לבין הטרור של חיזבאללה. זה ההבדל העקרוני בינינו", אמר הרמטכ"ל.