בית המשפט העליון הפלשתיני החליט (יום ג', 10.12.02) לשחרר ממעצר את פואד שובאכי, האחראי על-פי החשד לניסיון הברחת הנשק באמצעות האוניה קארין A. בית המשפט נימק את ההחלטה בחוסר ראיות ממשיות שקושרות אותו לעבירות בהם הוחשד על-ידי ישראל.
שובאכי נלכד במהלך מבצע חומת מגן במתחם המוקטעה, יחד עם רוצחי השר רחבעם זאבי. ישראל הטילה אז מצור, והסכימה לסידור, לפיו היא תסיר את המצור ואילו הרוצחים ושובאכי יועברו לכלא ביריחו שיישמר על-ידי סוהרים אמריקנים ובריטים.
בכלא עצורים כאמור רוצחי השר זאבי (ז"ל), ובהם מנהיג החזית העממית לשחרור פלשתין, אחמד סעדאת. ואולם, מאז מנסים הפלשתינים לשחררם בכל זאת מהכלא. לזאת מתנגדת ישראל בתוקף.
ראש הממשלה אריאל שרון, הבהיר בעבר מס' פעמים, כי אם יהא סיכום לשחרורם של הרוצחים ושובאכי, ישראל תצטרך לפעול ולהניח ידה עליהם. הפלשתינים חוששים, כי בפעולה צבאית שכזו, יחוסלו האסירים הנ"ל.
בטרם מעצרו שימש שובאכי כאיש הכספים של הרשות. הוא הפעיל באופן שוטף מערך לוגיסטי של סיוע ותמיכה כספית של הטרור. במהלך ישיבה של ועדת החוץ והביטחון בכנסת, שנערכה ביום 12.11.02, התריע ראש אמ"ן, האלוף אהרון זאבי-פרקש מפני מעורבתו של ערפאת בטרור - בדרך של העברת כספים למטרות אלה. לדבריו, לא מכבר העביר הנשיא כספים לפואד שובאכי, המעורב בפרשת האנייה קרין A.