כשבוע לאחר שנדחתה העתירה לשחרור האסירים הפלשתינים, ולאחר שאלה שוחררו בפועל, התפנה בית המשפט העליון ליתן את נימוקיו לדחיית העתירה.
ביום 9.6.05 נתנו השופטים מישאל חשין, אילה פרוקצ'ה ואשר גרוניס את נימוקיהם לפסק הדין בעתירה שהגישה בתחילת החודש תנועת משל"ט (מכון משפטי לחקר טרור וסיוע לנפגעיו) נגד ראש הממשלה, אריאל שרון, למניעת שחרורם של ארבע מאות אסירים פלשתינים המרצים את עונשם בבתי כלא בישראל.
החלטת בית המשפט העליון, שניתנה בעל-פה, התקבלה בסיומו של דיון מרתוני, שעות ספורות בטרם הגיע מועד שחרור האסירים. בית המשפט דחה את טענת העותרים בדבר חוסר סמכותה של הממשלה לשחרר אסירים, וזאת מהטעם כי סמכות זו נתונה אך ורק בידי נשיא המדינה והמפקדים הצבאיים באיזור וכי שחרור אסירים מחייב הסדר בחקיקה ראשית.
בית המשפט דחה במקביל את הטענה, כי נפלו פגמים קשים בשיקול דעתה של הממשלה בקבלת ההחלטה. בפסק דינו קובע המשנה לנשיא בית המשפט, השופט מישאל חשין, כי "משנתקבלה ההחלטה בדרך ראויה יימנע בית המשפט בדרך כלל מלהתערב בה".
עתירת משל"ט הוגשה, כאמור, פחות מיממה לפני מועד השחרור. בדבריו מותח חשין ביקורת נוקבת על התנהלותה של משל"ט בהגשת העתירה. "לכאורה, מונחת לפנינו עתירה שהוכנה אף-היא בלוח-זמנים כפוי וקצר - פחות מיומיים לאחר שנתקבלה החלטת הממשלה - אלא שעיון בכתובים יגלה לנו כי מדובר בעתירה שהוכנה בקפדנות ובדקדקנות... זוהי, על-פניה, "עתירת מגירה" - עתירה שהוכנה מבעוד מועד והמתינה במגירתם של העותרים ובאי-כוחם עד ליום בו יוחלט על שיחרור אסירים פלשתינים; או-אז נשלפה העתירה מן המגירה, הותאמה לנסיבות, והוגשה לבית-המשפט".
ממשיך השופט חשין ואומר: "הנה-כי-כן: העותרים מחזיקים ב"עתירת מגירה"; המדינה מחזיקה ב"תשובת מגירה"; והטיעונים ידועים ומוכרים. בנסיבות אלו אמרנו אל-ליבנו: מדוע לא נכין גם אנו פסק דין שהוא מעין "פסק דין מגירה" - פסק דין שירכז את עמדת בית-המשפט בטענותיהם החוזרות ונישנות של עותרים, פסק דין שבימים-יבואו נוכל להפנות אליו עותרים מבלי שנידרש להתייחס באופן פרטני לטענות ולסוגיות שכבר הכרענו בהן בעבר.