הדוח השנתי של האגודה לזכויות האזרח לא פוסח גם על מעמד ההומואים והלסביות בחברה הישראלית. "הומואים, לסביות, ביסקסואלים וטרנסג'נדרים עדיין נתונים לאפליה מצד רשויות השלטון וגופים פרטיים", כותבים מחברי הדוח.
לצד התקדמות מרשימה בתחום המשפטי, אומרים באגודה, "עדיין רווחים ביטויים והתנהגות, השוללים את קיומם של הומואים, לסביות, וביסקסואלים ומשדרים כי דמם מותר". ראש עיריית ירושלים, אורי לופוליאנסקי, מפלה באופן שיטתי את ארגון הקהילה הגאה בעיר, עמותת "הבית הפתוח", בניגוד לעמדתם של הגורמים המקצועיים והמשפטיים בעיריה.
לטענת המחברים, בשנת 2004 הביע לופוליאנסקי עמדה נחרצת נגד מצעד הגאווה שהתקיים בעיר, ובשנת 2005 התאפשר קיום המצעד רק לאחר פסק דין, שניתן בעתירה מנהלית, שהגיש "הבית הפתוח" לבית המשפט המחוזי.
"המצעד התקיים באווירה אלימה, לאחר שבועות של הסתה מצד רבנים ואנשי דת וכן הציבור החרדי בעיר" אומרים חברי האגודה. האלימות הגיעה לשיאה כאשר אדם חרדי התנפל על הצועדים בסכין שלופה ופצע שלושה בני אדם.
פגיעה: חופש הביטוי בצל ההינתקות ההינתקות מההתנחלויות ברצועת עזה העמידה בשנה האחרונה במבחן את רשויות אכיפת החוק ואת הציבור הישראלי כולו - מצדדי ההינתקות ומתנגדיה. מחברי הדוח טוענים כי לקראת ההינתקות ובמהלכה, "נקטו הרשויות צעדים חריפים נגד מתנגדי ההינתקות, ובהם ניסיונות להחיות עבירות ארכאיות וחקיקת איסורים פליליים חדשים".
האשמות בהחלט קשות. המחברים טוענים כי ביולי 2005 עצרה משטרת ישראל אוטובוסים, שהובילו מפגינים לנתיבות, שם הייתה אמורה להיערך הפגנה גדולה נגד ההינתקות. כזכור על-פי הדיווחים בתקשורת מחלק מהנהגים אף הוחרמו רישיונותיהם כדי שלא יוכלו להסיע את האוטובוס.
"הניסיון למנוע מקבוצה של אזרחים לנסוע מעיר אחת לעיר אחרת במדינת ישראל - רק משום החשש שמשם ימשיכו, כולם או חלקם, למקום אחר, המרוחק משם - לא רק שאינו חוקי אלא שהוא מהווה פגיעה חמורה ובלתי-מידתית בזכות האדם לחופש תנועה", כותבים באגודה לזכויות האזרח.
"הטענה, כאילו החשש מפני תרחיש אפשרי של אלימות מצד חלק מן המפגינים הצדיק נקיטת צעדי מנע קיצוניים על-ידי המשטרה נגד מעגל רחב של מפגינים, היא בדיוק המדרון החלקלק ממנו צריך לחשוש, של פגיעה גורפת בזכות להפגין", הם כותבים.