שרת המשפטים, ציפי לבני והשר לביטחון פנים, גדעון עזרא סיכמו (א', 18.12.05) על הקמתה של הרשות להגנת עדים זאת במטרה להביא להתמודדות אפקטיבית עם התופעה של איומים על עדים ופגיעה בשלומם על ידי גורמים עבריינים העומדים לדין. בפגישה סוכם כי הרשות להגנת עדים תתנהל במשרד לבטחון פנים.
במקביל להקמת הרשות תוקם ועדת היגוי בראשות פרקליט המדינה אשר תתווה את מדיניות הרשות, תדאג לעצמאותה ולהיותה נפרדת מהמשטרה ומשירות בתי הסוהר ובנוסף תוסמך לקבוע את זהות העדים אשר יהיו זכאים להגנה.
על-פי ההחלטה שהתקבלה בדיון עולה, כי הרשות תגבש תורה מקצועית כוללת להגנה על עדים ותעריך את רמות האיום הנשקפות לכל עד ועד. בסיום ההערכה יגובשו "סלי הגנה" התפורים לכל עד ועד בהתאם לרמת האיום. בנוסף, הרשות תתן הגנה באמצעות כוח אבטחה משימתי ומגוון כלים ואמצעים לעדים המאוימים ברמת סיכון גבוהה. במשרד המשפטים מציינים, כי על פי האומדן קיימים עד כ- 20 עדים בשנה ברמת הקטגוריה הנ"ל.
כמו כן, הרשות תדאג להכנת מקומות מאובטחים לשם שמירתם הבטוחה של עדים מאוימים ובני משפחותיהם; הרשות תהיה אחראית לריכוז תיקוני החקיקה הנדרשים לחיזוק תוכנית ההגנה על עדים ותפעל גם לחיזוק רצון העדים לשתף פעולה ולסייע לרשויות החוק לשם הבאת עבריינים לדין. במשרד מציינים, כי דוגמא לחיזוק רצון העדים לשתף פעולה: לפי המצב הנוהג, אסיר או עציר ששיתף פעולה עם מערכת אכיפת החוק, והופך להיות מטעם זה ל"טעון הגנה" בבית הסוהר או במקום המעצר, זוכה לתנאי מאסר נחותים בהשוואה לכלל האסירים, בגלל האיום שהוא נתון בו.
במשרד המשפטים אומרים, כי עידוד מסירת עדות אמת בלא מורא מפני איומים, והעברת מסר ברור בדבר הכרה בחובתה המוסרית של המדינה כלפי עדים שנטלו סיכון בכך שמילאו חובתם האזרחית ומסרו עדות אמת, מחייב לשנות את המצב, ולתת לאסירים ועצורים אלו תנאים טובים יותר הן בהיבט של התנאים הפיזים של התא והן מבחינת איכות החיים בכלא בתקופת המאסר.
הרקע להקמת הרשות נובע מכך שבמציאות הישראלית של פשיעה הולכת ומתגברת גדלה חשיבותם של עדי המדינה המהווים אחד מכלי המאבק העיקריים בנגע. בתיקים פליליים רבים חותמת המשטרה באישור הפרקליטות על הסכמי מדינה עם חלק מהמעורבים בתיק וזאת על מנת לאפשר להגיש כתב אישום כנגד העבריינים "הכבדים" בפרשה.
בחלק מהמקרים מדובר בעדים אשר לקחו חלק מסויים בפעילות הפלילית ובתמורה להקלה בעונשם מוכנים למסור מידע ובחלק אחר של המקרים מדובר בעדים שאינם מעורבים במעשה הפלילי אך מעונינים במיצוי הדין עם החשודים ומוכנים למסור מידע שיוביל להרשעתם. לא פעם מסירת המידע כרוכה בסיכונים אישיים ומלווה באיומים והטרדות של העדים מצד נאשמים בתיק.
לתופעה של איומים על עדים, כמו גם חשש העדים להתלונן ולמסור עדות במשטרה, נודעת השלכה ישירה על יכולת חשיפת עבירות על ידי המשטרה בשל העדר שיתוף פעולה מצד העדים המאיימים. נכונים הדברים במיוחד בתחומי פשיעה מאורגנת, אלימות במשפחה ועבירות של סחיטה וסחר בנשים. בנוסף, איום על עדים גורם להימשכות הליכים משפטיים עקב חזרה של העדים המאוימים מהסכמתם להעיד, וגורם לתביעה להסכים להסדרי טיעון מקלים עם הנאשים.
במשרד המשפטים מציינים, כי העובדה שעבירות חמורות אינן נחשפות ואינן נחקרות או שאין אפשרות למצות את הדין עם מבצעיהם, מגדיל את ביטחונם של העבריינים כי הם לא יהיו צפויים לעדות מפלילה, ובכך מרחיב ומעמיק את מעגל הפשיעה החמורה בישראל.
ב- 2002 מינתה פרקליטת המדינה (עדנה ארבל) ומפכ"ל המשטרה דאז צוות לנושא תכנית להגנה על עדים בראשותו של עו"ד משה לדור פרקליט מחוז ירושלים לשעבר ובהשתתפות נציגים של הפרקליטות, המשרד לביטחון הפנים, משטרת ישראל ומשרד האוצר. הצוות המליץ על הקמת רשות מיוחדת להגנה על עדים מאחר ועל פי התרשמותו "מדובר בתופעה רחבה ומסוכנת הרבה מעבר לעולה מהנתונים שנאגרו במשטרת ישראל".
מנהלת הרשות תורכב מאנשי מקצוע בעלי הכשרה וניסיון בתחומי המשפט, קרימינולוגיה, עבודה סוציאלית ואבטחה. לצורך קבלת החלטות מבצעיות תפעל מנהלת הרשות בשיתוף עם נציגי משטרת ישראל, שירות בתי הסוהר וכן גורמי מודיעין וגורמים מקצועיים רלבנטיים.
ברשות יועסק צוות מאבטחים, שיאבטחו לפי הצורך את העדים המאוימים, הכלולים בתכנית. חלק מהמאבטחים יועסק על בסיס קבוע, לאחר קבלת הכשרה מתאימה, וחלקם יועסק במשימות נדרשות לפי הצורך לאחר שיעברו הכשרה מתאימה.