המכון הלאומי לרפואה משפטית הוא המוסד היחיד בישראל המספק שירותים רפואיים משפטיים. בין השירותים שהמכון מספק: ניתוח גופות לצורך חקירת מקרי מוות פתאומי ובלתי צפוי; עריכת בדיקות קליניות של קורבנות אלימות מינית ופיזית ושל חשודים בעבירות פליליות; מתן עדות בבתי משפט ועוד. המכון כפוף למשרד הבריאות ומנוהל על-ידי המרכז הרפואי "אסף הרופא".
בשנות קיומו של המכון גדלו מטלותיו בהתאם לגידול האוכלוסייה, ההחמרה במצב הביטחוני והעלייה בשיעורי הפשיעה, אולם היקף התקציב וכוח-האדם נותרו כמעט בלא שינוי. לטענת משטרת ישראל ומשרד המשפטים, שהם הלקוחות המרכזיים של המכון, מצוקת כוח-האדם במכון משפיעה על טיב השירות הניתן להם וגורמת לעיכובים בהליכים פליליים.
למכון הוקצו 33.5 תקני כוח-אדם, ושלושה מהם אינם מאוישים: 1 תקן לרופא משפטי, 1.75 תקן לעובד מעבדה ורבע תקן לעובד סוציאלי.
מצוקת כוח-האדם במכון נובעת לא רק מאי-איוש התקנים הקיימים. היקף התקנים שהוקצו למכון אינו תואם את היקף פעילותו ואת היקף הדרישות המופנות אליו. מתוכנית החומש לשדרוג המכון שהגישה הנהלת המכון למשרד הבריאות עולה כי למכון חסרים 19 תקנים – שמונה תקנים לרופאים משפטיים ו-11 תקנים לעובדים רפואיים אחרים.
נוסף על כך, יש קושי בגיוס מדענים למעבדה הביולוגית במכון, בעיקר בשל התגמול הנמוך המוצע להם. בשנים האחרונות ניכרת גם ירידה בביקוש להתמחות ברפואה משפטית, הנמשכת חמש שנים. בעשר השנים האחרונות סיימו שמונה מתמחים את התמחותם במכון, שניים מהם עובדים בו כיום.
בסיס התקציב העומד לרשות המכון גם הוא אינו מאפשר לו לספק שירות הולם. ממשרד הבריאות נמסר כי התקציב השנתי של המכון כיום, 8,076,000 ש"ח, אינו מספק, וכי המכון זקוק לתקציב שנתי בסך 12,363,000 ש"ח.
ממשרד הבריאות נמסר עוד כי נוסף על האמור נדרשת תוספת תקציבית חד-פעמית לצורך שדרוג המכון והשירותים שעליו לספק, בסך 3,987,000ש"ח, שיינתנו בפריסה על פני חמש שנים. מהמכון נמסר כי בשל מגבלות תקציב טכנולוגיות חדשות הנחוצות למכון מוכנסות אליו בקצב איטי מאוד.
בתחילת שנת 2007 התכנסו מנכ"ל משרד הבריאות, מנכ"ל המשרד לביטחון הפנים ומנכ"ל משרד המשפטים והחלו בעיצוב תוכנית תקציבית למכון, שנכללים בה השקעות בפיתוח, עדכון הציוד, בחינת מצבת כוח-האדם הדרושה ועוד.
ממשרד האוצר נמסר כי הוא אינו מכיר את התוכנית התקציבית לשדרוג המכון וכי עד לסיום כתיבת מסמך זה לא נתקבלה ממשרד הבריאות פנייה בנושא. עוד נמסר כי בתקציב לשנת 2007 ניתנה למשרד הבריאות תוספת תקציבית בסך חצי מליון ש"ח לצורך הוספת שני תקנים של רופאים משפטיים במכון, בעיקר כדי לתגבר את מערך הבדיקות הקליניות של נפגעי תקיפה מינית. מהמכון נמסר כי תוספת זו טרם הועברה אליו.