המועצה להשכלה גבוהה (יו"ש) העניקה הכרה ללימודי מינהל עסקים לתואר שני (M.B.A) במרכז האוניברסיטאי אריאל בשומרון. כמו-כן אושרה פתיחתן של שתי תוכניות נוספות לתואר שני עם תזה - הנדסה כימית ומורשת ישראל. בעקבות פתיחת תוכניות אלו, יתקיימו בשנת הלימודים הקרובה תשע"א לימודי תואר שני בשש מחלקות:
הנדסת חשמל ואלקטרוניקה (M. S.c);
הנדסה כימית (M. S.c);
מינהל עסקים (M.B.A);
פסיכולוגיה שיקומית וארגונית (M.A);
עבודה סוציאלית (M.A);
מורשת ישראל (M.A).
בסך-הכל מופעלות במרכז האוניברסיטאי תוכניות לימודים לתארים ראשון ושני ב-24 מחלקות.
לימודי התואר השני במינהל עסקים (M.B.A) עונים על הביקוש ללימודים מתקדמים בתחומי ניהול מגוונים, על-מנת להכשיר את הסטודנטים לתפקידי ניהול בחברות עסקיות ובארגונים ללא מטרת רווח. התוכנית שקולה על לתוכניות M.B.A במוסדות האוניברסיטאיים המובילים בתחום זה בארץ ובחו"ל.
מטרת התוכנית היא להקנות לסטודנטים ראייה רחבה ומשולבת בתחומי ניהול שונים, ולציידם במיומנויות וכישורי ניהול החיוניים לתפקוד אפקטיבי בזירות עסקיות שונות. התוכנית מיועדת להקנות תפיסה אינטגרטיבית-ניהולית ומקצועית המושתתת על יסודות אקדמיים במקצועות השונים של מינהל עסקים. ניתן להשלים את הלימודים בשתי שנות לימוד (ארבעה סמסטרים). מערכת שעות הלימודים מותאמת לאנשים עובדים. בראש התוכנית עומד פרופ' ישראל נבנצאל.
במחלקה להנדסה כימית במרכז האוניברסיטאי שתי מגמות: הנדסה כימית וביוטכנולוגיה, והנדסה כימית וחומרים. בראש המחלקה עומד פרופ' דוד וולף, שכיהן בעבר כרקטור אוניברסיטת בן-גוריון, וכיום הוא גם סגן הנשיא למחקר ופיתוח במרכז האוניברסיטאי. ראש המגמה להנדסה כימית וחומרים הוא פרופ' מיכאל זיניגרד, בעל שם עולמי בתחום, המשמש גם כרקטור.
המחלקה למורשת ישראל מייצגת את תפיסת העולם על-פיה הוקם המרכז האוניברסיטאי. חזונה - יצירת מרכז אקדמי-ציוני, העוסק בהוראה ובמחקר בתחומים השונים של מורשת ישראל. מטרת המחלקה - להקנות לכל סטודנט מן המגוון העשיר של הקניין הרוחני של עם ישראל לדורותיו, באמצעות העשרת הידע והמחקר בתחומי מקרא, ספרות ואמנות יהודית, תלמוד ופילוסופיה יהודית, עם ישראל, ארץ ישראל והציונות. בראש המחלקה עומד ד"ר אורי צור, ובראש התוכנית לתואר שני - פרופ' אורציון ברתנא.