הנוצרים סבלו הרבה יותר מהיהודים מרדיפות. הנוצרים נקלעו בין הפטיש לסדן. היחס אליהם הושפע מהמאבק בין הערבים לביזאנטים. עושרן הרב של הכנסיות והמנזרים שמקורו היה מתרומות שהגיעו מהעולם הנוצרי עורר את חמדנותם של השליטים הערבים. גורם נוסף שיצר מתחים בין השליטים הערבים לנוצרים הייתה תלותם של הראשונים בפקידות הנוצרית, בהעדר שכבת משכילים ערבית שתחליף אותם.
בשלהי השלטון האומיי היו רדיפות נגד הנוצרים. בימי השליט האומיי עבד אל-מלכ (685 – 705) היו פגיעות בכנסיות וגביית המיסים מהנוצרים נעשתה ביד קשה. בימי השליט הישאם בן עבד אל - מלכ ( 724 – 743) כשבעים עולי רגל נוצרים הוצאו להורג ע"י המושל הערבי של קיסריה ורק שבעה ניצלו כשהסכימו להתאסלם. ששים עולי רגל נוספים נצלבו בירושלים והנוצרים נאלצו מספר פעמים לפדות את כנסיית הקבר כדי למנוע הריסתה.
בימי השלטון העבאסי היו לעתים רדיפות. בימי השליט אל-מנסור (745 – 775) הורדו הצלבים מעל הכנסיות, מס הגולגולת הועלה לגבי הנוצרים ואף הנזירים חויבו לשלמו. בימי השליט ארון אל-ראשיד (786 – 809) ניתנה הוראה להרוס כנסיות. בימי השליטאל-אמין (809 – 813) בוצע הרס כנסיות. בימי השליט אל-מאמון (813 – 833) נערכו פרעות בנזירים ופגיעה בכיפת כנסיית הקבר. בימי השליט אל-מותוואקי (847 – 861) הוטלו קנסות כבדים על-כנסיות. בימי אל-ראדי (934 – 940) נערכו פרעות בנוצרים בירושלים ושתי כנסיות נהרסו ובשלהי שלטונו או בראשית ימי אל מותאקי (940 – 943) נשרפה כנסייה באשקלון ולאחר שיקומה הפכוה למסגד.
ההתאסלמות של הנוצרים הייתה איטית. עד אמצע המאה ה-20 החוקרים היו בדעה שבתקופה הערבית- מוסלמית הייתה התאסלמות המונית של נוצרים, בשל מס הכופרים שהטל עליהם. תזה זו הופרכה במחקר של דניאל ס. דנט ( Daniel.C.Dennet) כבר ב-1950 ונדונה בהרחבה, במחקרים של רוברט בולייט (Robert Bulliet) ב-1979 מיכאל ג. מוטוני (Michael G.Motony) ב-1990 ושל רוברט שיק (Robert Schick) ב-1995:
על-פי המחקר של בולייט, רק כ-10% מהאוכלוסייה הנוצרית של א- שאם (שמה הערבי של פרובינקיה סוריה- א"י) התאסלמה בתקופת שלטון בית אומייה (640 – 750). היו 2 נקודות שיא בהתאסלמות בסוריה בשלהי המאה ה-9 ובשלהי המאה ה-10. הנימוקים להמרת הדת היו עול המיסים הכבד, סכנת הנישול מהקרקע, ותורת מוחמד שהייתה קרובה להם יותר מתורת ישו. נימוק נוסף שהובא ע"י המחברים: ההתאסלמות איפשרה להם להתקבל כחברים שווי זכויות בחברה השלטת והקלות בביצוע ההתאסלמות הקלה אף היא.:"די היה בהכרזה חד-פעמית שאין אלוהים בלעדי אללה ומוחמד שליח אללה". בולייט ביסס את התזה שלו על ביוגרפיות משפחתיות לפיהן ניתן היה להבחין בין משפחות בעלות שמות ערבייים לבין משפחות שאינן בעלות שמות ערבייים. בתקופה של העדר גידול דמוגרפי כתוצאה מהגירה יש עלייה במספר שמות משפחה ערביים והדבר מעיד על אימוץ שמות משפחה ערביים ע"י מתאסלמים.
רוברט שיק ( Robert Schick) מאוניברסיטת אלקודס הפלשתינית, אישר בסיפרו שבעת הכיבוש הערבי-מוסלמי היה רוב נוצרי בארץ, ורוב המוסלמים בארץ לא היו מתאסלמים שבאו מקרב האוכלוסייה הנוצרית. לא הייתה תופעה המונית של התאסלמות. במקורות בני הזמן הסיפורים על התאסלמות בקרב האוכלוסייה הנוצרית היו נדירים.
משה גיל הגיע למסקנה שבמאה השנים הראשונות לשלטון הערבי-מוסלמי אין כמעט עדויות על התאסלמות של נוצרים.
נחמיה לבציון שהתמחה בנושא האסלמיזציה תחת השלטון הערבי והמוסלמי חילק את האיסלאמיזציה של האוכלוסייה הנוצרית בסוריה ופלשתינה לשלבים. הוא קבע שתהליך ההתאסלמות בסוריה ופלשתינה היה איטי וארוך ונמשך מאות שנים:
שלב א' – תחת שלטון בית אומייה (640 – 750) לא הופעל כל לחץ על האוכלוסייה להתאסלם, מלבד תקופה קצרה בימיו של הכליף אבן עבד אלעזיז (717 – 720). במידה שהייתה התאסלמות, היא הייתה של בודדים משיקולים תועלתיים.
שלב ב' - ימיה"ב המאוחרים, תקופת השלטון העבאסי (750 – 942 ). במאה ה-9, בימיו של הכליף אלמתוכיל (847 – 861), עם התחזקות השפעת אנשי הדת המוסלמים, העולמא, החלה אכיפה יותר קפדנית של "תנאי עומר", מערכת התקנות נגד הלא- מוסלמים. בתקופת השושלת הפאטימית (942 – 1099), הכליף אל-חאכים (996 -1021) גזר גזירות שמד נגד הלא-מוסלמים ורבים היגרו או המירו דתם למראית עין. עד סוף המאה ה-10 או המאה ה-11 כ-50% מהנוצרים – המזרחיים התאסלמו.
לבציון קבע שלעומת תהליך האסלום האיטי, שלא הושלם, בתקופת הכיבוש הערבי- מוסלמי, הייתה לתהליך השרעוב הצלחה רבה יותר. השרעוב (ערביזציה תרבותית) אף השפיע במידה מסוימת על קצב ההתאסלמות, בעיקר בקרב נוצרים, אם כי, כאמור, הוא לא הושלם תחת השלטון הערבי- מוסלמי.
מילכה לוי הסתמכה על עדותם של אל-מוקאדאסי ואבן אל-ערבי מהמאה ה-11 שטענו שהרוב בפלשתין הוא נוצרי. תהליך האיסלאמיזציה היה, לדעתה, בעל שני שלבים: בתקופה הערבית- מוסלמית היו תופעות התאסלמות בעיקר של בודדים. רק בתקופה הממלוכית הייתה התאסלמות משמעותית. קיימת הסכמה בין החוקרים שערב הכיבוש הצלבני פחות מ-50% מהנוצרים התאסלמו. לא הייתה התאסלמות משמעותית בקרב היהודים אך על השומרונים עבר תהליך של איסלום בכפייה.