על פי חוק מיסוי מקרקעין (שבח, מכירה ורכישה), התשכ"ג-1963 (להלן - החוק), ניתנים למוסדות ציבוריים כהגדרתם בחוק, פטורים מלאים או חלקיים במסי מקרקעין. לפי סעיף 61 לחוק, מוסדות אלה הם "מוסדות לדת, לתרבות, לחינוך, למדע, לבריאות, לסעד או לספורט או למטרה ציבורית אחרת ושאינם מיועדים להפקת רווחים שנקבעו לעניין זה על ידי שר האוצר באישור ועדת הכספים של הכנסת". מוסד ציבורי ששר האוצר וועדת הכספים של הכנסת קבעו לעניין סעיף 46 לפקודת מס הכנסה (נוסח חדש) (להלן - הפקודה) שהוא מוסד שהתרומה לו מעניקה זיכוי ממס הכנסה לתורם, גם הוא נחשב כמי שאושר כמוסד ציבורי לעניין החוק .
החוק פוטר ממס שבח, באופן מלא או חלקי, מכירות של זכויות במקרקעין בידי מוסדות ציבוריים; שיעור הפטור נקבע על פי פרק הזמן שהמוסד החזיק במקרקעין ועל פי השימוש שעשה בהם. מוסד ציבורי שהחזיק במקרקעין במשך שנה לפחות, והם שימשו אותו במישרין במשך 80% מפרק זמן זה, יקבל פטור מלא. מוסד שהשתמש במקרקעין במישרין במשך פרק זמן קצר מ80%- מן הזמן שבו החזיק במקרקעין או מוסד שהמקרקעין לא שימשו אותו כלל במישרין, יקבל פטורים חלקיים, כדלקמן: 1. אם הזכות במקרקעין היתה בידי המוסד במשך פרק זמן שאינו קטן משנה ואינו גדול מארבע שנים - יינתן לו פטור ממס בשיעור היחס שבין פרק הזמן שבו שימשו אותו המקרקעין במישרין לבין כל פרק הזמן שהזכות על המקרקעין היתה בידיו; 2. אם הזכות במקרקעין היתה בידי המוסד במשך יותר מארבע שנים - יינתן לו פטור בשיעור מחצית המס, ואם במשך פרק זמן זה המקרקעין גם שימשו אותו במישרין - יינתן לו נוסף על כך, פטור מהמחצית השנייה של המס, בשיעור היחס שבין פרק הזמן שבו שימשו אותו המקרקעין במישרין לבין כל פרק הזמן שהזכות עליהם היתה בידיו.
החוק מעניק פטור ממס שבח גם למי שתרם מקרקעין למוסד ציבורי; אולם אם המוסד ימכור את המקרקעין בתוך חמש שנים ממועד מתן התרומה, הוא יהיה חייב לשלם את המס שנותן התרומה היה פטור ממנו.
בתקנה 9 לתקנות מס שבח מקרקעין (מס רכישה), התשל"ה-1974, ניתן למוסד ציבורי פטור חלקי ממס רכישה, דהיינו מס רכישה מופחת בשיעור 0.5% - אם שוכנע מנהל מס שבח כי המקרקעין משמשים או ישמשו את המוסד בעתיד במישרין בלבד.
לפי חוק מס ערך מוסף, התשל"ו-1975 (להלן - חוק מע"מ), "מוסד ללא כוונת רווח" (להלן -מלכ"ר) הוא, בין היתר, "המדינה, רשות מקומית או איגוד ערים; חבר בני אדם מואגד או לא מואגד, שאין עיסוקו לשם קבלת רווחים ושאינו מוסד כספי"; מכאן שמוסדות ציבוריים הם מלכ"רים לעניין חוק מע"מ. לפי חוק זה, מלכ"רים פטורים מתשלום מע"מ, חוץ ממע"מ על עסקות אקראי, דהיינו מכירת טובין או מתן שירות באקראי שהם בעלי אופי מסחרי, ובכלל זה מכירה של נכסי מקרקעין, למעט דירת מגורים.
המחלקה למוסדות ציבור ומלכ"רים (להלן - ממצו"מ) שבנציבות מס הכנסה ומיסוי מקרקעין (להלן - הנציבות) מטפלת בעניינים שונים הנוגעים לגופים אלה; היא מקבלת מהם דיווחים שנתיים ומרכזת מידע עליהם. לפי נתוני המחלקה, היא מטפלת בכ-15,000 תיקים; מהם כ-13,000 תיקים של מוסדות ציבוריים.
בחודשים אפריל-ספטמבר 2000 בדק משרד מבקר המדינה את נושא המיסוי של מוסדות ציבוריים ומלכ"רים במסי מקרקעין. הבדיקה נעשתה בממצו"מ, בכמה משרדים אזוריים של מיסוי מקרקעין (מרכז, חיפה, ירושלים ונתניה) ובהנהלת אגף המכס ומע"מ.
בדיקת הזכאות לפטור
1. מוסדות ציבוריים המבקשים פטור ממסי מקרקעין צריכים לעמוד בשני מבחנים. האחד נובע מהוראת ביצוע שהוציאה הנציבות באפריל 1992 בכל הקשור לסעיף 46 לפקודה ולסעיף 61 לחוק (להלן - הוראת הביצוע). הוראת הביצוע הדגישה כי בעקבות כל בקשה של מוסד ציבורי לקבלת פטור על עסקת מקרקעין, ולפני אישור הבקשה והענקת הפטור, על המשרד האזורי למיסוי מקרקעין לפנות אל ממצו"מ לקבלת חוות דעתה בעניין הזכאות לפטור. בידי ממצו"מ מידע רב על מוסדות ציבוריים הואיל והם מגישים לה מדי שנה בשנה את דוחותיהם הכספיים, ומדוחות אלה ניתן ללמוד על פעולותיהם, ובכלל זה פעילות שביצעו בנכסים שבידיהם; כמו כן עושה ממצו"מ ביקורות במוסדות. בהוראת הביצוע הוטל על ממצו"מ לבדוק אם יש למוסד אישור בר תוקף מכוח אחד הסעיפים האמורים (להלן - אישור על מעמד של מוסד ציבורי); אם פעילות המוסד המבקש עולה בקנה אחד עם מטרתו הציבורית (שעל פי הפקודה או החוק, כמפורט לעיל, הוא זכאי בגינה לפטור); אם הוא עומד בהתחייבויותיו כמוסד ציבורי, דהיינו מגיש דוחות כספיים במועד ומנהל פנקסים על פי ההוראות; ואם יש לו חובות באחד ממערכי המס.
המבחן האחר שמוסד ציבורי צריך לעמוד בו הוא בדיקת מהות השימוש שעשה המוסד במקרקעין. המשרד האזורי למיסוי מקרקעין צריך לבדוק אם נכסי המקרקעין שימשו את המוסד במישרין להגשמת מטרותיו הציבוריות במשך פרק הזמן הנדרש לקבלת הפטור ממס שבח; וכשמדובר בקניית נכסים, הוא בודק אם הם אמורים לשמש במישרין את המוסד להגשמת המטרה הציבורית שהוא מחויב לה - שימוש שאמור להקנות לו זכאות לפטור חלקי ממס רכישה.
זמן קצר לאחר הוצאת הוראת הביצוע הנחתה הנציבות את משרדי מיסוי המקרקעין האזוריים (להלן - ההנחיה) לכבד אישורים על מעמד של מוסד ציבורי שניתנו בעבר למוסדות והם עדיין בתוקף. משמעות ההנחיה היא, שאין להתלות את כיבוד האישור במילוי תנאים כלשהם. הנציבות הסבירה בתשובתה למשרד מבקר המדינה מדצמבר 2000, שהמחוקק לא הסמיך אותה לשלול הכרה ממוסד ציבורי בשל קיומם או אי-קיומם של תנאים מסוימים. יצוין, שלעניין הזיכוי ממס על תרומות, ניתנה לשר האוצר הסמכות לבטל את האישור שניתן למוסד שלא הגיש שני דוחות שנתיים ברציפות, או שמן הדוחות שהגיש עולה כי אינו מנהל פנקסים כדין, או שחלק מהותי מפעולתו אינו משמש להשגת מטרתו הציבורית; ואילו לעניין פטורים במיסוי מקרקעין, לא הוענקה סמכות כזו לשר האוצר, והחלטתו בצירוף אישור של ועדת הכספים של הכנסת (להלן - ועדת הכספים), רק הם מאפשרים ביטול אישור על מעמד של מוסד ציבורי. כיוון שכך, ביטול אישור כזה הוא הליך העשוי להימשך זמן לא מועט.
לדוגמה, ישיבה שהיה בידה אישור, לא תמיד המציאה לממצו"מ דוחות כספיים, ובאלה שהמציאה לא היה ביטוי לעסקות מקרקעין שביצעה. בתחילת ספטמבר 1997 החלה ממצו"מ לנקוט פעולות לקראת ביטול האישור שבידי הישיבה. בין השאר התקיים דיון עם נציגי הישיבה שבו הם הבטיחו להמציא לממצו"מ את הפרטים הדרושים על עסקות מקרקעין שביצעו. הישיבה לא עמדה בהבטחתה והמשיכה לבצע עסקות מקרקעין ולקבל פטור ממס. עד מועד סיום הביקורת, ספטמבר 2000, לא הסתיימו ההליכים הכרוכים בביטול האישור, שנועדו ליצור בסיס איתן לביטול הפטור. הליכים אלה כללו פנייה נוספת לישיבה וביקורת ספרי החשבונות שלה.
ההנחיה לא שינתה את תוקפה של הוראת הביצוע. היות שכך, נוצרה אי-בהירות. חלק מהמשרדים האזוריים פנו לממצו"מ וביקשו את חוות דעתה לגבי מוסדות ציבוריים שביקשו מהם פטור ממס על עסקות מקרקעין שעשו, וחלק לא פנו.
האמור לעיל מלמד כי במצב החוקי הקיים, רשויות המס אינן יכולות להימנע מלאשר פטור ממס על עסקות מקרקעין למוסדות בעלי אישור על מעמד של מוסד ציבורי, גם כאשר אלה לא מילאו אחר הדרישות המוטלות על מוסד ציבורי מכוח הפקודה. מצב זה אינו ראוי.
לדעת משרד מבקר המדינה, על הנציבות לשקול ליזום תיקוני חקיקה שיאפשרו לרשויות המס להתנות את מתן הפטור ממס בהגשת דוחות כספיים במועד, בניהול פנקסים כחוק ובתשלום מסים כנדרש. בנסיבות קיצוניות, כמו אי-דיווח מתמשך, או כאשר מוסד אינו פועל למען מטרה ציבורית, ראוי לשקול מתן אפשרות לרשויות המס למנוע מהמוסד את הפטור ממס או לבטל את מעמדו כמוסד ציבורי.
הנציבות עוסקת מאז 1997 בהצעה לתיקון חקיקה, הנוגעת לעניינים שונים הקשורים למוסדות ציבוריים. אולם הצעה זו אינה עוסקת באמצעים כדוגמת האמצעים האמורים, שיש בהם כדי לאפשר לרשויות המס מניעת מתן פטור אוטומטי ממסי מקרקעין לגופים שיש בידיהם אישור תקף על מעמד של מוסד ציבורי אך לא מילאו את החובות המוטלות עליהם על פי דין.
לדעת משרד מבקר המדינה, נחיצותו של תיקון החקיקה עולה מדוח זה, ועל הנציבות לפעול בעניין ביתר מרץ.
הנציבות הודיעה בתשובתה למשרד מבקר המדינה כי בעקבות הערת משרד מבקר המדינה, כל נושא הצעת החוק הועבר לבדיקת הלשכה המשפטית שלה.
2. הועלה, כי משרדי מיסוי המקרקעין לא תמיד הקפידו כי הפטור יינתן רק למוסדות שקיבלו מעמד של מוסד ציבורי בהתאם לפקודה ולחוק. למצב זה תרמה גם העובדה שהמשרדים לא פנו לממצו"מ כנדרש בהוראת הביצוע. משרד מבקר המדינה בדק בבדיקה אקראית בארבעה משרדי מיסוי מקרקעין אזוריים 40 עסקות מכר מקרקעין שעשו מוסדות ציבוריים מראשית ינואר 1998 עד יוני 2000, שבגינן ניתן פטור מלא או חלקי ממס שבח או ממס רכישה; אחד מהמשרדים האמורים נהג שלא להעביר כלל לחוות דעת ממצו"מ בקשות לפטור שהוגשו לו, ואחד מהם העביר לה רק חלק מהבקשות.
מבין 12 עסקות שהמשרדים האזוריים לא העבירו לממצו"מ נמצאו ארבע עסקות שלכאורה לא היו מבצעיהן זכאים לקבל פטור: באחת מהן ניתן פטור לגוף שלא הוכר כמוסד ציבורי לעניין החוק, ובשלוש האחרות ניתן פטור לגופים הקשורים למוסד ציבורי אך הם עצמם אינם זכאים לפטור. לדוגמה, בינואר 1998 מכרה חברת נכסים הקשורה למוסד ציבורי מבנה שבבעלותה. אף שהחברה אינה מוסד ציבורי, נתן לה משרד מיסוי המקרקעין האזורי פטור מלא ממס שבח, המגיע למוסד ציבורי המוכר נכס ששימש אותו למטרתו הציבורית.
יצוין שבבדיקת הבקשות לפטור שהעבירו המשרדים לממצו"מ, לא נמצא שניתן פטור לגוף שלא היה לו אישור על מעמד של מוסד ציבורי.
3. בבדיקת 40 העסקות האמורות הועלה עוד, שבשתיים מהן נתנו המשרדים האמורים פטור ממס שבח ובתשע מהן פטור חלקי ממס רכישה - בלי שבדקו אם נעשה בנכסים במישרין שימוש למטרה ציבורית.
להלן שתי דוגמאות:
(א) מוסד ציבורי (להלן - מוסד א') החכיר בשנת 1997 את המקרקעין שלו למוסד ציבורי אחר (להלן - מוסד ב') לתקופה של 49 שנים תמורת דמי חכירה שנתיים. שווי העסקה לעניין מס רכישה הוערך ב-46.9 מיליון ש"ח. דין חכירה לטווח ארוך הוא כדין מכירה לעניין מס שבח. מוסד א' ביקש פטור מלא ממס שבח בנימוק שהמקרקעין שימשו אותו במישרין מיום ייסודו למטרות של חינוך ותרבות, ומשנת 1971 שימשו חלק מהם לאותן מטרות באמצעות מוסד ב' -ששכר ממוסד א' את המקרקעין.
העמדה הנקוטה בידי הנציבות היא כי שימוש במישרין משמעותו שימוש בנכס בפועל בידי המוסד הציבורי עצמו למען מטרתו הציבורית. שימוש אחר, כלכלי או פיננסי וכיוצא בזה, אינו בגדר שימוש לצורך מתן הפטור. אולם משרד אזורי של מיסוי מקרקעין אישר למוסד א' פטור מלא ממס שבח, אף שכאמור, בשנים 1971 - 1997 השתמש במקרקעין מוסד ב', ששכר אותם ממנו.
אילו ניתן הפטור למוסד א' בהתאם לעמדת הנציבות, היה מגיע לו לפי הצהרתו פטור בשיעור מחצית המס, ופטור נוסף בשיעור היחס בין מספר השנים שהשתמש בנכס במישרין למספר השנים שהחזיק בנכס (בעניין שומת מע"מ של מוסד זה בגין דמי שכירות שקיבל עד מכירת המקרקעין ב-1997 - ראו בהמשך).
(ב) מוסד שאושר לו מעמד של מוסד ציבורי לעניין החוק בשנת 1996 מכר באותה שנה מבנה בסכום של 850,000 ש"ח, שהחזיק בו שנים רבות קודם שקיבל את האישור. הביקורת העלתה, שטרם אישורו לא פעל המוסד למען מטרה ציבורית, וממילא לא שימש המבנה שבבעלותו למטרה ציבורית. למרות זאת אישר המשרד האזורי למוסד פטור מלא ממס שבח המגיע בגין שימוש במישרין בנכס, בלא שבדק כלל את מהות השימוש שנעשה במבנה. זאת ועוד, על טופס ההצהרה על העסקה רשם עובד המשרד האזורי שהפטור כפוף לאישור מנהל ממצו"מ, אך לא נמצא שמנהל ממצו"מ או עובד אחר מממצו"מ אישרו את הפטור.
4. הביקורת העלתה, כי המשרדים האזוריים למיסוי מקרקעין אינם בודקים ולו בדיקה מדגמית, אם המוסד שקיבל את הפטור לעניין מס רכישה אמנם משתמש במקרקעין למען המטרות הציבוריות שהצהיר עליהן בעת הגשת הבקשה לפטור.
לדוגמה, באוקטובר 1997 העבירה חברה שטחי משרדים למוסד ציבורי. שטחי המשרדים ניתנו למוסד ללא תמורה כדי שישכיר אותם וייהנה מפירותיהם. החברה קיבלה פטור ממס שבח בגין העברת הנכס ללא תמורה למוסד ציבורי, והמוסד קיבל לפי בקשתו הקלה במס רכישה המגיעה למוסד ציבורי שאמור להשתמש בנכס במישרין להגשמת מטרותיו. שווי העסקה לעניין מס רכישה נקבע ל-9.4 מיליון ש"ח. בעקבות פניית משרד מבקר המדינה, בירר המשרד האזורי את השימוש שנעשה בשטחי המשרדים. התברר, שהמוסד לא השתמש בהם במישרין למטרותיו. בעקבות זאת הוציא המשרד האזורי בפברואר 2000 הודעת תיקון שומה, ובה חויב המוסד בתשלום נוסף של 282,000 ש"ח. באפריל אותה שנה הגיש המוסד השגה שבה טען שמגיעה לו הקלה במס רכישה אף שאיננו משתמש במישרין למטרותיו בשטחי המשרדים. במועד סיום הביקורת, ספטמבר 2000, טרם הסתיים הטיפול בהשגה.
לדעת משרד מבקר המדינה, מן הראוי שקודם שיינתן למוסד ציבורי פטור ממס שבח, ייבדק היטב בידי ממצו"מ ומשרדי מיסוי המקרקעין, אם אכן הוא עומד בתנאים המזכים בפטור כזה. כן ראוי, שזמן מה לאחר שניתנה למוסד ציבורי הקלה במס רכישה ייבדק אם המוסד אמנם משתמש בנכס במישרין למטרותיו.
הנציבות הודיעה למשרד מבקר המדינה בתשובתה כי היא תפעל לרענון ההוראות בנושא מוסדות ציבוריים ואישור הפטורים, ותדגיש את ההוראה שלפיה קודם לאישור פטור ממס למוסד ציבורי על עסקת מקרקעין שעשה, יש לשלוח לממצו"מ את טופס הבקשה שהגיש המוסד ולבקש ממנה חוות דעת עליו.
אישורים על מעמד של מוסד ציבורי
1. בהוראת הביצוע שהוציאה הנציבות באפריל 1992 נקבע כי ממועד הוצאתה יונפקו למוסדות ציבוריים אישורים לעניין סעיף 46 לפקודה שתוקפם שנתיים בלבד משנת המס שבה הונפקו; וכי האישורים יחודשו רק לאחר שייבדק אם המוסדות עומדים בתנאים הנדרשים מהם כמוסדות ציבוריים.
בעקבות הוראת הביצוע נדרש כל מוסד המבקש לראשונה להכיר בו כמוסד ציבורי לעניין סעיף 46 לפקודה, לצרף לבקשתו מסמכי התאגדות, פירוט של מטרותיו הציבוריות, רשימת חבריו וחברי הנהלתו ודוחות כספיים. ממצו"מ בודקת את שלמות המסמכים והפרטים הנדרשים, וכן אם המוסד מתאים להגדרה של מוסד ציבורי המובאת בסעיף 9(2) בפקודה. לאחר מכן בוחן את הבקשה צוות שחברים בו סגן הנציב, העוזר לנציב ומנהל מחלקת מלכ"רים; על הצוות להמליץ לנציב בעניין ההכרה במוסד קודם שהנציב מעביר את המלצתו לשר האוצר; שר האוצר, לאחר שיקול דעת, מעביר את הבקשות המתאימות לאישור ועדת הכספים. בדיקה דומה נעשית לעניין סעיף 61 לחוק.
מכאן, שהבדיקה הנעשית כיום קודם שמוסד מקבל אישור על מעמד של מוסד ציבורי היא מקיפה - כנדרש לפני מתן אישור המקנה זכאות להקלות מהותיות במס. אלא שמוסדות רבים קיבלו אישור כזה עוד לפני הוצאת הוראת הביצוע, ובידיהם אישורים שתוקפם אינו מוגבל . עקב כך יש כיום שני סוגי אישורים: אישורים שניתנו מאפריל 1992 ואילך, שתוקפם מוגבל ולפני הנפקתם נעשתה בדיקה מעמיקה; ואישורים שתוקפם אינו מוגבל, ולא ברור אם המוסדות המחזיקים בהם עדיין פועלים למען מטרות ציבוריות. התברר כי הנציבות לא פעלה די כדי לבטל או לשנות את האישורים בלא מגבלת תוקף שהנפיקה עד 1992.
להלן דוגמה המעידה שמוסד המחזיק במשך שנים באישור על מעמד של מוסד ציבורי, יכול שלא למלא אחר חובותיו כמוסד ציבורי ובכל זאת ליהנות מפטור ממס: עמותה בעלת אישור כאמור, שהיא חלק מקבוצה של עמותות ומרכזת את הטיפול בנכסי המקרקעין שלהן, לא הגישה דוחות לממצו"מ במשך שנים. רק כאשר ביצעה עסקת מקרקעין ונזקקה לאישור ממצו"מ לצורך קבלת פטור ממס שבח, היא הגישה את דוחותיה הכספיים לממצו"מ; בעקבות זאת ניתן לעמותה פטור חלקי הניתן למוסד ציבורי על שימוש בנכס שלא במישרין למען מטרותיו. לאחר מכן הפסיקה העמותה להגיש דוחות. בהעדר דיווח כספי מהעמותה נבצר מממצו"מ לדעת אם הכספים שקיבלה העמותה עקב העסקה - 29.5 מיליון ש"ח - שימשו למטרות ציבוריות. במועד סיום הביקורת, ספטמבר 2000, היה עניין העמותה ועסקות שביצעה בטיפול הנציבות וגורמים נוספים.
הנציבות הסבירה בתשובתה למשרד מבקר המדינה כי לא פעלה לביטול גורף של האישורים שתוקפם אינו מוגבל מאחר שתהליך הביטול מורכב, וכן בגלל הקושי לבדוק אלפי מוסדות.
2. זה זמן רב התגבשה בנציבות הצעה כי יש צורך לבטל אישורים על מעמד של מוסד ציבורי למאות מוסדות שחדלו לפעול ואינם מגישים דוחות, ולמעשה נותק הקשר עמם. עם גופים אלה נמנים גם מוסדות שהודיעו לנציבות במפורש על הפסקת פעילותם. בדיון בנציבות באפריל 1994 סוכם, כי תפורסם בעיתונים מודעה הכוללת רשימה של המוסדות שהקשר עמם נותק, שבה יידרשו המוסדות להגיש דוחות כספיים בתוך ארבעה חודשים ויובהר להם שאם לא יעשו כן, יינקטו פעולות לביטול האישור שניתן להם. המודעה לא פורסמה. בדיון נוסף שהתקיים בספטמבר 1995 התקבלה החלטה דומה אך גם היא לא בוצעה. באוקטובר 1997 שוב התנהל דיון בנושא, והוצע לבטל את האישור למוסדות שלא הגישו דוחות שנתיים; למוסדות שנמצאו אצלם ליקויים בניהול פנקסים; ולמוסדות שכבר אינם עוסקים בפעילות ציבורית. גם הצעה זו לא בוצעה.
לדעת משרד מבקר המדינה, על הנציבות לפעול בנמרצות לביטול כל האישורים על מעמד של מוסד ציבורי לגופים שבידיהם אישורים מלפני שנים, ולחדש את האישורים לתקופה קצובה למי מגופים אלה שיימצאו זכאים לכך, כנקוט בידיה לגבי אישורים הניתנים מאז הוצאת הוראת הביצוע.
זיהוי מוסדות ציבוריים לעניין הזכאות לפטור
לכל מלכ"ר ניתן מספר זיהוי בעת התאגדותו. זיהוי הגופים הכלולים במרשמי מס הכנסה ומס שבח, ובכלל זה במרשם הממוחשב של מוסדות ציבוריים שאושרו לעניין החוק, נעשה באמצעות מספר הזיהוי שלהם. פיקוח ומעקב יעילים אחר עסקות המקרקעין של מוסדות ציבוריים מחייבים זיהוי מדויק של המוסדות שביצעו את העסקות.
הועלה, כי כמה מוסדות ציבוריים השתמשו בשמות ובמספרי זיהוי של גופים קשורים אליהם או שייכים להם שאינם בעלי מעמד של מוסד ציבורי, בעת שביקשו לקבל פטור ממס שבח או ממס רכישה על עסקת מקרקעין שעשו. עוד הועלה, שלצורך השומה נתנו משרדי מיסוי המקרקעין האזוריים ביוזמתם לכמה מוסדות ציבוריים מספרי זיהוי משלהם או מספר זיהוי של חברה לא פעילה שבבעלות המוסד. הדבר נעשה מאחר שלמוסדות אלה היו מספרי זיהוי של אגודה עותומנית שלא ניתן היה להזין בהם את המרשם הממוחשב של מס שבח, או מאחר שהמוסדות היו גופים לא מאוגדים. כמו כן הועלה, שלעתים, לאחר שממצו"מ העירה למשרד האזורי שהגוף שעל שמו נרשם הנכס אינו הגוף שרשום אצלה כמוסד ציבורי - החתים המשרד האזורי את הגוף שבשמו הוגשה הבקשה לפטור, על הצהרה שהנכס ישמש לצרכיו של המוסד הציבורי שהוא קשור אליו, והעניק לו את הפטור המבוקש.
בנסיבות אלה קשה לבדוק את הזכאות של המוסדות הפונים אל משרדי מיסוי המקרקעין בבקשות לקבלת פטור ממס.
לדעת משרד מבקר המדינה, על הנציבות לעשות את הנדרש לכך שרישום מוסדות ציבוריים במשרדי מיסוי המקרקעין ובממצו"מ ייעשה באמצעות מספר זיהוי אחיד.
תשלום מע"מ על עסקות מקרקעין
עסקות של מלכ"רים - חוץ מעסקות אקראי (ובכלל זה עסקות אקראי במקרקעין) - פטורות מתשלום מע"מ. לפי חוק מע"מ, "עסקת אקראי" היא "מכירת טובין או מתן שירות באקראי, כשהמכירה או השירות הם בעלי אופי מסחרי", ואילו "עסקת אקראי במקרקעין" היא "מכירת מקרקעין לעוסק בידי אדם שאין עיסוקו במכירת מקרקעין, וכן מכירת מקרקעין בידי אדם כאמור, למעט מכירת דירת מגורים, למלכ"ר או למוסד כספי". "מכר" על פי חוק מע"מ כולל גם השכרה של המקרקעין.
בביקורת נמצא, כי רשויות מע"מ אינן אוכפות על מלכ"רים לשלם מע"מ בגין עסקות אקראי במקרקעין, וכי אגף המכס ומע"מ (להלן - אגף מע"מ) כמעט שאינו עושה ביקורות אצל מלכ"רים.
הפיקוח על עסקות חייבות מע"מ של מלכ"רים חשוב במיוחד, הואיל ובניגוד לעוסקים כהגדרתם בחוק מע"מ, הנדרשים לדווח לאגף באופן שוטף על עסקותיהם, מלכ"רים אינם נדרשים לעשות זאת; ומאחר שעל רוב עסקותיהם לא מוטל מע"מ, לא תמיד הם מודעים לכך שעליהם לשלם מע"מ על עסקות אקראי שלהם. כאשר מדובר בעסקת אקראי במקרקעין בין מלכ"ר לעוסק כשהמלכ"ר הוא המוכר, לא נגרם הפסד מס לאוצר המדינה אם המלכ"ר אינו גובה מע"מ מהעוסק, שכן ממילא העוסק רשאי לקזז את המע"מ ששילם על העסקה. אולם כאשר מדובר בעסקת אקראי במקרקעין בין שני צדדים שהם מלכ"רים, יש להם לעתים אינטרס משותף להימנע מתשלום המע"מ על העסקה, שכן כמלכ"רים אין הם רשאים לקזזו (אלא בעתיד - ראו להלן). כאשר מלכ"ר רוכש סוגים מסוימים של מקרקעין מאדם פרטי, הוא חייב בתשלום המע"מ (ולא המוכר), וגם בנסיבות כאלה יש לו אינטרס להימנע מתשלום המע"מ מאחר שאינו יכול לקזזו, אלא בעת מכירת הנכס בעתיד; ואם ייעשה קיזוז בעתיד, הוא יהיה בערכים נומינליים (כלומר ללא ריבית והצמדה).
אגף מס הכנסה ומיסוי מקרקעין אינו מעביר לאגף מע"מ מידע מרוכז על עסקות מקרקעין של מלכ"רים. לאגף מע"מ יש סמכות לבקש ממשרדי מיסוי מקרקעין מידע על מוסד מסוים, או לבצע שאילתות מחשב לגבי עסקות של מוסד. אולם התברר כי האגף כמעט שלא בירר את חבות המע"מ בעסקות של מלכ"רים.
לדעת משרד מבקר המדינה, המידע על עסקות אקראי במקרקעין שעשו מלכ"רים נמצא בידי רשויות המס, ועל אגף מע"מ לעשות בו שימוש כדי להבטיח שישולם המס המתחייב.
כבר במחצית הראשונה של 1999 הפנה משרד מבקר המדינה את שימת לבו של אגף מע"מ לתופעה של מלכ"רים שאינם משלמים מע"מ על עסקות אקראי במקרקעין, וציין מתוך מאגר המידע של רשויות מיסוי מקרקעין, 18 עסקות מכירה והשכרה שעשו מלכ"רים. באוגוסט אותה שנה השיב מנהל אגף מע"מ כי בדיקת העסקות האלה טרם הסתיימה, וכי בידו תשובה לגבי 11 עסקות, ובשתיים מהן כבר הוצאה שומה. בביקורת הנוכחית נמצא, שהתופעה נמשכת, ומשרד מבקר המדינה העביר לאגף פרטים על כמה עסקות נוספות של מלכ"רים שלכאורה חייבות במע"מ ולא דווח עליהן לאגף מע"מ. בתשובתו למשרד מבקר המדינה מנובמבר 2000 הודיע האגף כי ארבע מהעסקות נמצאות בבדיקה, ושתי עסקות אחרות נבדקו ובעקבות זאת הוצאו שומות למבצעיהן.
להלן דוגמאות לשתיים מהעסקות שנבדקו:
1. השכרת מקרקעין של מוסד א' למוסד ב': משנת 1971 עד שנת 1997 היו חלק מהמקרקעין של מוסד א' מושכרים למוסד ב' תמורת דמי שכירות שנתיים, ואולם מוסד א' לא דיווח לאגף על הכנסותיו מדמי השכירות. בעקבות פניית משרד מבקר המדינה לאגף מע"מ הוציא האגף למוסד א' שומות שלפיהן על המוסד לשלם מע"מ בסך כ-3 מיליון ש"ח (לא כולל קנסות וריבית).
2. על פי חוק מע"מ, מכירה של מקרקעין שמחזיק בהם "דייר מוגן" פטורה ממע"מ. בין שני מוסדות ציבוריים נעשו כמה עסקות של העברת נכסים, כל אחת בהיקף של מיליוני ש"ח. בחוזים הנוגעים לעסקות המקרקעין הנדונות צוין, כי המוסד הרוכש הוא דייר מוגן.
בביקורת הועלה, שמשרד מיסוי המקרקעין בירושלים דחה את הטענה של הצדדים לעסקה כי המוסד הרוכש היה "דייר מוגן". זאת מאחר שלא שולמו דמי מפתח, לא שולם שכר דירה , ולא הוכחו יחסי שכירות מוגנת. לפיכך העלה המשרד את השומה לגבי שווי המקרקעין לצורך מס רכישה ומס שבח המתחייבים מהעסקה. הצדדים לא דיווחו על העסקות לאגף מע"מ, וזה לא איתר את העסקות האמורות.
אגף מע"מ הודיע בתשובתו למשרד מבקר המדינה, כי העניין נבדק והוצאה שומה.
לדעת משרד מבקר המדינה, השומות שהוצאו בעקבות המידע שהוא העביר לאגף מע"מ על עסקות של מלכ"רים ממחישות את היקף אבדן ההכנסות הנגרם למדינה בשל העדר בקרה על עסקות כאלה.
הדוח מצביע כי הבקרה של אגף מס הכנסה ומיסוי מקרקעין על השימוש בנכסים שבגינם ניתן פטור למוסדות ציבוריים לא היתה מספקת, ויש שניתן פטור למוסדות ציבוריים שלא היו זכאים לקבלו. חוסר הבקרה על מוסדות ציבוריים בולט במיוחד בתחום הפטורים החלקיים במס רכישה. הקלות אלה ניתנות על סמך הצהרה של המוסדות בעניין השימוש שהם מתכוונים לעשות בנכסים שרכשו, הניתנת בעת הגשת הבקשה לפטור לרשויות המס; ואולם לאחר מתן הפטורים רשויות המס אינן בודקות, ולו בדיקה מדגמית, את מהות השימוש שנעשה בנכסים.
ב-1997 החלה הנציבות ליזום הצעות לשינויי חקיקה הנוגעים למוסדות ציבוריים. אולם הצעות אלה לא עסקו באמצעים הדרושים למניעת מתן פטור ממסי מקרקעין למוסדות שלא מילאו אחר דרישות הדין.
לגבי אגף המכס ומע"מ נמצא, כי הוא לא איתר את התופעה שמלכ"רים לא שילמו מע"מ על עסקות אקראי במקרקעין שעשו, אף שלרשויות המס יש מידע על עסקות אלה.