משרד החינוך מפעיל זה שנים מערך סיוע במלגות לתלמידים נזקקים שהוריהם מתקשים לשלם את תשלומי ההורים הנגבים במוסדות החינוך. סכום הכסף המחולק בכל שנה מכונה על-פי רוב "קרן המלגות", אף שאין מדובר בקרן אלא בתקציב, המעוגן בסעיף תקציבי מן המניין בתקציב המאושר של משרד החינוך. בשנת הלימודים הנוכחית (תשס"ז) הוכפל תקציב המלגות, וכיום הוא כ-45 מיליון ש"ח, לעומת כ-23 מיליון ש"ח בשנת הלימודים הקודמת.
הרקע לדיון הוא טענות כלפי משרד החינוך ובתי-הספר על טיפולם בתקציב המלגות. נוסף על הטענות העיקריות בנושא זה, מוצגים במסמך השלבים העיקריים בביצוע התקציב על-ידי משרד החינוך ובתי-הספר. כמו כן מוצגות במסמך תוצאות משאל מצומצם שערך מרכז המחקר והמידע של הכנסת בקרב מנהלי בתי-ספר בנושא הטיפול בתקציב המלגות וניצולו.
בין השאר מפורטים במסמך הממצאים האלה:
על-פי נתוני מר דוד פלבר, מְרַכֵּז הסיוע במלגות במינהל כוח אדם בהוראה, תיאום ובקרה במשרד החינוך, סך תקציב המלגות לסיוע במימון תשלומי הורים לשנת הלימודים הנוכחית (תשס"ז), הוא בפועל כ-45 מיליון ש"ח – ולא 56 מיליון ש"ח, כפי שנמסר בישיבת ועדת החינוך, התרבות והספורט של הכנסת באוגוסט 2006, בעקבות התחייבות של יושב-ראש הקואליציה לתוספת תקציב בסך 10 מיליוני ש"ח. לעומת זאת, אגף התקציבים במשרד האוצר טוען כי תוספת של 10 מיליוני ש"ח על תקציב המלגות אכן הועברה למשרד החינוך בתקציב המאושר לשנת 2006. לטענת גורם אחר במשרד החינוך, גב' שולמית מור, ממינהל כלכלה ותקציבים, תוספת תקציבית זו אכן התקבלה.
כמה ארגונים, ובהם המועצה הלאומית לשלום הילד וארגון ההורים הארצי, טוענים כי תקציב המלגות מתנהל באופן שאינו תקין, ללא קריטריונים שוויוניים וללא שקיפות.
משרד החינוך קבע מדיניות לביצוע תקציב המלגות, והיא מתבססת על ביזור סמכויות ומקנה לבתי-הספר חופש פעולה רב בחלוקה בפועל של כספי המלגות.
משרד החינוך אינו מפרסם את האפשרות לקבל מלגות סיוע בחוזר המנכ"ל בנושא תשלומי הורים המתפרסם בפתיחת כל שנת לימודים. כמו כן, המשרד לא קבע הנחיות ברורות לבתי-הספר בדבר יידוע ההורים על קיומן של המלגות.
ממשאל שערך מרכז המחקר והמידע של הכנסת בקרב 31 מנהלי בתי-ספר עולה כי חלק מהטיפול בתקציב המלגות דומה בכל בתי-הספר, והם פועלים על-פי הנחיות משרד החינוך בנושא. לעומת זאת, בנושאים שבהם אין הנחיות ברורות, כגון אופן יידוע ההורים על תקציב המלגות והמסמכים שההורים נדרשים לצרף לבקשת המלגה, יש הבדלים רבים בין בתי-הספר.
כל בתי-הספר שהשתתפו במשאל אשר זכאים לתקציב מלגות על-פי מדיניות ההקצאה שקבע משרד החינוך, דיווחו כי אכן קיבלו השנה תקציב זה.