דוח מבקר המדינה (54א) מותח ביקורת חריפה על התנהלות היחידה לאבטחת אישים ועל יחסי הגומלין המקצועיים בין השב"כ לבין משרדי הממשלה. בבדיקתו מעלה המבקר, אליעזר גולדברג, כי קיימים ליקויים במדרגי הפעולה השונים: בין אם כאלה הקשורים לתחום התוויית תהליכי קביעת מדיניות האבטחה כלפי גופים ממלכתיים מאובטחים, ובין אם כאלה הקשורים ביישומה.
הממשלה לא עידכנה את מכלול החלטותיה הנוגעות לאבטחה בארץ ובחו"ל, חרף שינויים מהותיים במציאות ובצורכי האבטחה, אף כי היו יוזמות מצד השב"כ והמלצות של ועדות שונות.
עוד קובע הדוח, כי אין הסדרים פורמליים בין השב"כ לשר התחבורה. לא הוגדר בבירור מתי על השב"כ לעדכן את שר התחבורה, מה משמעות השב"כ כ"גוף מייעץ" לשר התחבורה.
ביקורת חריפה נמתחה על יחידת האבטחה של השב"כ. היחידה מופקדת על הנחיה והכוונה של מערכי האבטחה של הגופים הממלכתיים הפועלים בארץ ובחו"ל בתחומי התעופה, הספנות, הנציגויות ומעברי הגבול, כמתחייב מהחלטות הממשלה.
מהדוח עולה, כי ריבוי הגופים המונחים בידי היחידה והיקף האיומים, שהחמירו בעקבות אירועי הטרור בארה"ב בספטמבר 2001, לא קיבלו ביטוי הולם במבנה היחידה ובתשומות שלה. כמו כן, קיימים ליקויים שונים באבטחת נציגויות של ישראל ובאבטחת התעופה בחו"ל ונמצאו כישלונות בתרגילים שנערכו במגזרי האבטחה (תעופה, נציגויות ומעברים).
המבקר קובע, כי יש להאיץ את הטיפול במציאת פתרון ישים לסוגיית הבידוק הביטחוני בפרויקט "נתב"ג 2000", כך שעם פתיחתו הצפויה בראשית 2004, יינתן המענה המיטבי לאיומי טרור.
מבקר המדינה קובע, נוכח הטרור הגובר והחשש להחרפה באיומים הנשקפים מפניו, יש לגבש ראייה לאומית כוללת של צורכי האבטחה, לעגנה בהחלטות ממשלה, לגזור מהצרכים סדרי עדיפויות ולהקצות למימושם את המשאבים הדרושים. שאם לא כן, ייבצר מהשב"כ ומהגופים המאובטחים המונחים על-ידיו להתמודד ביעילות עם האתגר.