התגובות לחיסול מוסא ערפאת הלילה לא איחרו לבוא. יו"ר הרשות אבו מאזן מינה ועדת חקירה מטעם משר הפנים וכינס ועדת חירום של המועצה המחוקקת.
החיסול הלילה הביא את המלחמה הפנים-פלשתינית לדרגים חדשים. בכירי הרשות מזהירים מפני הסלמה בשטח ופתיחת גל טרור חדש בעקבות הרצח.
יו"ר הרשות הפלשתינית אבו מאזן גינה את חיסול יועצו הצבאי מוסא ערפאת. בהצהרה שנמסרה על-ידי עוזרו של אבו מאזן נכתב כי משרד הפנים יעשה כל שביכולתו למצוא את האשמים ברצח ולמצות איתם את מלוא חומרת הדין.
"ועדת החקירה תפעל בצורה מעמיקה ובמהירות המירבית כדי לגלות מי אשם ברצח. הפשע הזה מערער את הציות לחוק ואנו לא נסכים לכך", לשון ההצהרה.
יו"ר הרשות השתתף בצערה של משפחת ערפאת והדגיש כי ערפאת היה לוחם צדק שנלחם במאבקים הפנימיים ברשות ונפל קורבן במרד הפלשתיני.
נביל שעת', סגן ראש הממשלה הפלשתיני, תיאר את רצח מוסא ערפאת כ"מעשה מסוכן".
בישיבת מועצת הביטחון בעזה אמר שעת' כי הרצח יחדש את המלחמה הפנימית בין הפלגים הפלשתינים ויכול לעורר מרד גדול בחברה הפלשתינית. "עלינו לנסות לשמור על אחדות כדי להרגיע את הרוחות", אמר בישיבה.
עבדאללה אלפרנג'י, נציג הפתח, גינה את החיסול ואמר כי המעשה הוא מסוכן לחברה הפלשתינית. "יו"ר הרשות, ראש הממשלה וכל הצמרת הפוליטית מעוניינים לדעת מי עומד מאחורי הרצח הנתעב".
אלפרנג'י הוסיף והזהיר: "המעשה הזה מסוכן לחברה הפלשתינית ולא יתכן שניתן לו לעבור בשתיקה, במיוחד לאחר יציאת ישראל מרצועת עזה".
אלפרנג'י הבטיח כי החשודים יובאו לדין. "אנשי הביטחון יגיעו לאשמים וילמדו אותם לקח על פשעיהם החמורים".
הוא ביקש לחזק את האחדות בעם הפלשתיני ולפעול למנוע כל מלחמה פנימית. "תנועת הפתח מתנגדת מאז ומתמיד למעשי אלימות פנימיים. יש לשמור עכשיו יותר מתמיד על אחדות העם הפלשתיני".
מנהל התקשורת במשרד הפנים הפלשתיני, עדנאן דמורי, אמר ל-Nfc כי במשרד כבר מתכוננים לפתיחת ועדת חקירה.
מוסא ערפאת, בן 65, נרצח הלילה על-ידי חמושים שהגיעו ב-20 מכוניות לשכונת מגוריו, כיתרו את ביתו ופרצו לתוכו. הוא נורה 23 פעמים והובהל לבית החולים, שם נקבע מותו.
מוסא ערפאת שירת בעבר כראש המודיעין הכללי של הרשות ולאחר מכן מונה על-ידי דודנו, יאסר ערפאת, לראש הביטחון המסכל. לאחר מותו של יאסר ערפאת ובמסגרת הרפורמות במלחמה בשחיתות שערך אבו מאזן, פרש מוסא ערפאת מתפקידו ומונה ליועצו הצבאי של אבו מאזן. במהלך חייו הספיק לצבור אוייבים רבים, ביניהם ראש הממשלה הפלשתיני אבו עלא, שהתנגד באופן נחרץ למינויו, ומוחמד דחלאן, השר לענייני פלשתינים ברשות.
גם ראשי החמאס והג'יהאד לא מוחים דמעה על מותו.