החל משעות הבוקר המוקדמות פועל צה"ל בלב העיר שכם למעצר מבוקשים. הכוחות כיתרו את בניין המוקטעה בעיר וקראו ליושביו ולאנשי הכלא המקומי הממוקם במתחם להסגיר את עצמם. במקום התפתחו חילופי אש בהם נהרגו לפחות שלושה פלשתינים. לא דווח על נפגעים בקרב חיילי צה"ל.
סוכנות הידיעות הפלשתינית מדווחת, כי פלוגות אל-קודס, הזרוע הצבאית של הג'יהאד האיסלאמי הודיעו כי אחמד סנקר, בכיר בשכם נהרג בחילופי אש עם צה"ל.
ביום ב' (17.7.06)
נהרג חייל צה"ל, אושר דמרי, בן 20 מנתניה, במהלך פעילות צה"ל בעיר שכם. חייל נוסף נפצע באורח קשה, שני חיילים נפצעו באורח בינוני וקצין צה"ל ושני חיילים נוספים נפצעו באורח קל. הכוח פעל למעצר מבוקשים וסיכול תשתיות הטרור בעיר.
הפלשתינים מדווחים, כי כוחות צה"ל כיתרו את מתחם המוקטעה שכולל בתוכו משרדי מנגנוני הביטחון הלאומי, הביטחון המסכל והמשטרה הפלשתינית. הם מציינים, כי צוותי רפואה מקומיים הוציאו מהמבנה שלוש גופות והערכה כי הם אנשי מנגנוני הביטחון הפלשתיני.
עדי ראייה פלשתינים מסרו לסוכנות הידיעות הפלשתינית, כי כל אנשי הביטחון והשוטרים בתוך בית הכלא הממוקם במתחם הסגירו את עצמם לידי הכוחות הפועלים ונעצרו בבניין משרד הבריאות הסמוך למקום.
לדבריהם, דחפורים הרסו חלק גדול מבניין הביטחון המסכל.