השאלה המשפטית שנותרת פתוחה בתחילת משפטו של סדאם חוסיין הינה האם בית משפט שעתיד לדון בעניינו יהיה בית משפט עצמאי אשר ישפוט בהתאם לעקרונות שלטון החוק וההליך ההוגן. בפני הקהילה הבינלאומית עמדו שתי חלופות ערב ההחלטה על הקמת בית משפט שישפוט את ראש המדינה העיראקית לשעבר. שכן, בית הדין הבינלאומי הפלילי לא היה מוסמך לדון בעניינו הואיל והפשעים בהם מואשם סדאם חוסיין בוצעו לכאורה טרם הקמתו. כך גם הטריבונאלים המיוחדים שהוקמו על ידי ארגון האו"ם ביוגוסלביה ורואנדה, שהינם בעלי מנדט מצומצם ובסמכותם לדון רק בפשעים שבוצעו בטריטוריות הספציפיות הללו, ולכן הם אינם מוסמכים לדון בפשעים שבוצעו לכאורה בעיראק.
אלטרנטיבה אחת שעמדה לרשות הקהילה הבינלאומית היתה הקמת בית משפט עיראקי המבוסס על שופטים מקומיים בלבד. האלטרנטיבה השנייה היתה הקמת בית משפט מעורב המורכב משופטים מקומיים ושופטים בינלאומיים ממדינות שונות, שהינם בעלי ניסיון במשפט בינלאומי והמתמנים בתיווכו של ארגון האו"ם, דוגמת בית המשפט שהוקם בסיירה לאונה. אך מובן, כי האלטרנטיבה השנייה היתה החלופה המועדפת על סדאם חוסיין אך היא לא נבחרה לבסוף נוכח התנגדות האמריקנים.
בעת ההתלבטות בין החלופות השונות התנגדו האמריקנים בתקיפות להקמת בית הדין הבינלאומי הפלילי והם חששו שהסכמתם להקמת בית משפט מעורב תשלח איתות מוטעה לעולם בדבר נחרצות התנגדותם לשיפוט הפלילי הבינלאומי. אשר על כן, כל שנותרה היא החלופה של הקמת בית משפט עיראקי. הואיל ובאותה עת לא היתה בעיראק סמכות שיפוטית שיכלה לשפוט לפי סטנדרטים בינלאומיים, הוחלט על הקמת בית משפט "מיוחד" אשר יוסמך לדון בפשעים שבוצעו על ידי אזרחי עיראק (ותושביה) בין יולי 1968 למאי 2003. זאת על אף שבית משפט "מיוחד" נחשב כבלתי חוקתי על פי חוקותיהן של מדינות דמוקרטיות מערביות רבות וכן נאסר על ידי האמנה האירופאית לזכויות האדם, אשר מחייבת ניהולו של הליך פלילי בפני בתי משפט מקומיים רגילים. האיסור נובע מהחשש למניפולציות בדבר אופן מינויים של השופטים.
לבית משפט מיוחד זה בעניינו של סדאם חוסיין מונו שופטים עיראקים על ידי מועצת המעבר הראשונה ששלטה בעיראק, בסיוע ובמעורבות אמריקנית. השופטים קיבלו הכשרה מזורזת בתחום המשפט הבינלאומי, בין היתר בסמינר שנערך בטריבונל לפשעי מלחמה ביוגוסלביה. לבסוף, נקבעו לבית משפט זה כללי פרוצדורה, אף זאת תוך סיוע ומעורבות אמריקנית אינטנסיבית, אשר בהתאם להם יתנהלו ההליכים הפליליים.
מול הטענה כי כל שיוכל בית משפט זה לעשות הינו לנפק "צדק של מנצחים", יצוין שבניגוד למשפטי נירנברג שנוהלו על ידי שופטים אמריקנים ובריטים, כאן מדובר בכל זאת בשופטים מקומיים עיראקים. ועדיין עומדת על כנה השאלה האם שופטים אלה יצליחו לגלות עצמאות ולנהל את ההליכים כנגד סדאם חוסיין לפי כללי הפרוצדורה השוררים במדינות דמוקרטיות בדבר זכויות הנאשם וההליך ההוגן.