לפי ההלכה מוגדר ממזר כמי שנולד מעבירה על איסור עריות בין גבר ואישה יהודים. כל מי שנולד מתוך יחסי גילוי עריות במשפחה (אח, אחות וכו') ומי שנולד לאשת איש כתוצאה מניאוף.
הממזרות עוברת בירושה: ילד יהודי שנולד לאב ממזר או לאם ממזרת, נחשב גם הוא לממזר. לפי היהדות, עצם הולדתו של ממזר הוא מום והוא נחשב לזר בתוך עמו. הממזר (וצאצאיו) אינו יכול לשאת יהודיה כשרה, והוא רשאי להינשא רק לממזרה, לשפחה או לגיורת.
אין הבדל בין זכר לנקבה לעניין ממזרות. מכיוון שבכל הנוגע לנישואים חלים במדינת ישראל דיני ההלכה, ממזר אינו יכול להינשא בישראל אלא לממזרה או גיורת (כמקובל במצבים כאלה, הוא יכול להינשא בחו"ל ונישואיו יהיו תקפים בישראל). למימוש הגבלה זו מנהלת הרבנות הראשית רישום של ממזרים.
על-פי ההלכה, בשולחן ערוך, אשת איש שיצא עליה קול שהיא מזנה תחת בעלה, אין חוששים לבניה שמא הם ממזרים, כי רוב הבעילות תולים בבעל, אלא אם היא פרוצה ביותר. האישה עצמה אינה נאמנה להפוך את בנה לממזר.
בישראל חל איסור על בדיקת אבהות לילד שנולד בנישואין על-מנת להגן על הילדים מפני תווית הממזרות בישראל. אך לילד יש זכות לדעת מי אביו. גם אם זוג נשוי מבקש לדעת, יחד, את זהות האב הביולוגי ופונה לבית חולים לביצוע בדיקת האבהות, אין בית החולים מורשה לערוך את הבדיקה ללא צו בית משפט.
בפסק דין תקדימי שניתן על-ידי השופט גל גוטזגן מבית המשפט לענייני משפחה ברמת גן, ניתן צו לעריכת בדיקת רקמות לבירור זהותו של אביו הביולוגי של קטין, למרות שבזמן הורתו, אמו היתה נשואה. בפסק הדין נקבע: "זכותו של אדם לדעת מי הוא אביו היא בבחינת זכות יסוד". בית המשפט מינה לקטין זה אפוטרופוס לדין שייצגו על-מנת שיציג את האינטרסים של הקטין במופרד מהאינטרסים של אמו. פסק דין זה מדגיש את מעמדן המתחזק של "זכויות הילד" שהולכות ותופסות להן מקום גם בפסיקה.
בפסק דין חדש של השופט יהודה גרניט מבית המשפט לענייני משפחה בתל אביב, הוא יוצא חוצץ נגד פסקי דין רבים ונגד הנוהג הרווח בבתי המשפט לפיו לא תערכנה בדיקות רקמות לילד שנולד כאשר אימו היתה נשואה. בפסק הדין קובע השופט גרניט כי יש לערוך בדיקת רקמות לילד לאחר שהשופט בדק תחילה את המשמעות המשפטית של היות קטין "ממזר".
לבית המשפט הרבני נתונה סמכות שיפוט ייחודית בנושא ממזרות משום שלממזרות יש השלכה של נישואיו של הממזר ליהודי בעוד שכל יתר הזכויות הקיימות לכל אזרחי ישראל עומדות גם למי שמומזר על-ידי בית הדין הרבני ואין פגם בכשרותו המשפטית, לרבות זכות למזונות מאביו.
בפסקי דין של בתי המשפט הרבניים שדנו בממזרות נקבע כי לצורך הכרזה על ממזר יש צורך בוודאות של 100% בעוד שתוצאות הבדיקה הגנטית לא עולה על 99.99% לכל היותר, והממזרות נקבעת בהם על-פי עדויות הלכתיות רגילות.
בית המשפט בחן את הנזקים הנגרמים לילד שאינו יודע את זהות אביו (בין היתר ילדי שואה וילדים שנולדו מתרומות זרע) וקבע כי אי ידיעת זהות האב אצל ילד מותיר ואקום רגשי והתפתחותי בעל השלכות משמעותיות ביותר בנפשו, המתפתחת ומסכנת את התפתחותו הרגשית התקינה ועלולה להוביל להתפתחות הפרעה פסיכיאטרית כאובססיה, הפרעת אישיות, דיכאון, חרדה ועוד.
אי ידיעת זהות האב, קובע בית המשפט, עלולה לפגום בהליכים של רכישת נורמות וכללים, קבלת סמכות וחוקים חברתיים מקובלים והתדרדרות מוסרית-חברתית (עבריינות, סמים, נשירה מבתי ספר וכו').
בפסק דינו הביא בית המשפט נתונים סטטיסטים מתוך אתר אינטרנט לגבי הנזקים הנגרמים לילדים שגדלו ללא אב: 90% מההומלסים וילדים שברחו מבתיהם גדלו ללא אב, 63% מהתאבדויות של צעירים הם ילדים שגדלו ללא אב, וכן- 85% מהצעירים היושבים בכלא, 71% מהנפלטים מבתי ספר על יסודיים ו-85% מהילדים הסובלים מהתנהגות בלתי תקינה - כולם באים מבתים חסרי אב.
הסטטיסטיקה הזו חמורה ביותר ואומרת למעשה כי ילדים אשר גדלים בבית חסר אב עלולים להתאבד פי 5 יותר מכל ילד אחר, פי 32 יותר מועדים לברוח מהבית, פי 20 יותר עלולים להתנהג התנהגות בלתי תקינה, פי 14 יותר עלולים לבצע אונס (בנים), פי 9 יותר עלולים להיפלט מבתי הספר העל יסודיים, פי 10 יותר עלולים להשתמש בסמים ופי 20 יותר עלולים להגיע לבית הכלא.
לגבי ילדות מובאת הסטטיסטיקה הבאה (נכון ל-1985): 53% יותר עלולות להתחתן בהיותן קטינות, פי 111 יותר עלולות ללדת בהיותן קטינות, 164% יותר עלולות להיות אמהות חד-הוריות ו-92% יותר תתגרשנה אם יינשאו.
בפסק הדין הודיע השופט כי אינו מוכן לסייע בגרימת נזקים נפשיים לנפש הקטין והבהיר כי אם יעשה כך תהא לקטין בבגרותו עילת תביעה נגד היועץ המשפטי לממשלה שטען כי אין לערוך בדיקת רקמות בקטין בגלל חשש מהפיכתו לממזר. בית המשפט גם מתייחס לאספקטים הגופניים-רפואיים-גנטיים העלולים להיגרם לקטין אם לא יידע מי הוא אביו.
המחוקק מכיר בחשיבות בדיקות גנטיות בחוק מידע גנטי משנת 2000 הקובע תנאים ללקיחת דגימה גנטית מקטין, כאשר אחד התנאים הוא לצורך בדיקת גן נישאות של מחלה או מוגבלות. לקטין עלול להיגרם נזק רפואי-גנטי, בשעה שיעלה הצורך לדעת מהי ההיסטוריה של מחלות שונות שנתגלו אצל אביו או במשפחתו, שיש להן השלכה גנטית על הסתברות התגלותן אצל הקטין.
אב לא ביולוגי עלול לשלם סכומי כסף גדולים כל חייו על-מנת לקיים את הילד - שאיננו ילדו ולעיתים גם לא מכיר בו. החוק מאלץ את האב להכיר בילד, גם אם בידי הגבר סיבות מוצדקות לחשוד שהוא אינו האב. היום, כשתוצאות בדיקות האבהות מוערכות ב-99 אחוזי דיוק, אין שום סיבה שלא תתקיים. בעיקר לאור העובדה שב-30 השנה האחרונות היתה קיימת רק בדיקת דם נגטיבית שיכלה לשלול אך לא לקבוע מיהו, הלכה למעשה, אביו הביולוגי של הילוד.