השופט המחוזי אמנון כהן, קנס בבית משפט השלום בירושלים, את קיבוץ פלמ"ח צובה ואת מרכז המשק בקיבוץ בסך 230,000 ש"ח, בגין הזרמת שפכים ולכלוך רשות הרבים מרפת.
בכתב האישום שהוגש על-ידי המשרד לאיכות הסביבה, נטען כי במהלך השנים 1997 - 2000 עסק קיבוץ פלמ"ח צובה, בין היתר, בניהול רפת וגידול פרות. המשרד לאיכות הסביבה יוצג על-ידי עו"ד יוסף שפירא ממשרד עו"ד קרמר - שפירא - שניידר.
לקיבוץ היו בתקופה האמורה שתי מערכות לניקוז שפכים סניטריים. האחת, מערכת לטיפול בביוב הביתי הכוללת בריכת שיקוע ובריכת חמצון. השניה, מערכת לטיפול בשפכי הרפת, הכוללת מתקן הפרדה (רוטוסטריינר), שתי בריכות שיקוע ובריכת חמצון.
במהלך כל התקופה האמורה החזיק הקיבוץ את מערכות הטיפול בשפכים באופן לקוי. המאגרים בהם נאגרו שפכי הביוב והרפת לא היו מבודדים בבסיסם, עובדה שגרמה לסכנת דליפה של השפכים למי התהום באזור. בנוסף, היו המאגרים בעלי קיבולת קטנה יחסית לצרכי הקיבוץ, דבר שגרם לעיתים לגלישת השפכים שבהם לעבר הנחלים צובה וכיסלון וחלחולם למי התהום.
סילוק השפכים מהמערכת לטיפול בשפכי הרפת נעשה גם הוא שלא כדין. במועדים שונים, גלשו שפכי הרפת מהמערכת או סולקו ממנה באמצעות צינור גומי לעבר הנחלים המקיפים את הקיבוץ וזאת במקום לחברה כראוי למערכת ניקוז מסודרת. כתוצאה מכך זרמו השפכים לכיוון היישובים במורד ההר, נחל כסלון, נחל צובה וחלחלו למי התהום.
בנוסף, החזיק הקיבוץ בתקופה המדוברת אתר פסולת פיראטי בו הושלכה פסולת תעשייתית, פסולת חקלאית, בוצה מן הרפת, פסולת בניין, צמיגים ועוד. הקיבוץ לא נקט באמצעים סבירים למניעת בעירות, מניעת זיהום אוויר וריח בלתי סבירים והסדרת האתר כדין. חלק מהפסולת שהצטברה במקום, הושלכה על-ידי הקיבוץ למדרון סמוך ותשטיפי האשפה שזרמו מאתר הפסולת גרמו לזיהום נחל צובה וכיסלון המצויים בסמוך לו ומי התהום.
במעשיהם גרמו הנאשמים לזיהום מקורות המים, לכלוך רשות הרבים, ריח וזיהום אוויר חזק ובלתי סביר.
כתב האישום ניתן בגין עבירות על חוק המים - תקנות המים (מניעת זיהום מים - בורות ספיגה ובורות רקב), חוק שמירת הניקיון, חוק למניעת מפגעים, ותקנות למניעת מפגעים (מניעת מפגעים וזיהום אויר וריח בלתי סבירים מאתרים לסילוק פסולת).
במסגרת עסקת טיעון נקנס קיבוץ פלמ"ח צובה בסך של 200,000 ש"ח וחתם על התחייבות בסך של 500,000 ש"ח להימנע, במשך שנתיים מביצוע העבירות בהן הורשע.
מרכז המשק בקיבוץ, נקנס בסך של 30,000 ש"ח וחויב לחתום על התחייבות בסך של 100,000 ש"ח להימנע, במשך שנתיים מביצוע העבירות בהן הורשע.
הקרן לשמירת הניקיון הוקמה מכוח חוק שמירת הניקיון. כספי הקרן מיועדים למימון פרויקטים סביבתיים האחראיים על שמירה נאותה של הסביבה, שמירה על הניקיון, מניעת השלכת פסולת, מחזור, מניעת מפגעים, מניעת שילוט בלתי חוקי ומניעת עבירות על-פי חוק החומרים המסוכנים.
השר לאיכות הסביבה, צחי הנגבי אמר בתגובה כי "הכסף יועבר לקרן לשמירת הניקיון שבמשרד לאיכות הסביבה".