מרכז ישיבות בני עקיבא מארח בימים האחרונים מוסדות חינוך מהדרום, שם הופסקו הלימודים בעקבות התקופות הטילים על אזור הנגב ועוטף עזה. הנהלת המרכז פעלה בשבוע האחרון ל'שדך' בין מוסדות בדרום שהפסיקו את פעילות הלימודים בעקבות התקפות הטילים לבין מוסדות במרכז ובצפון הממשיכים את שגרת הלימודים כרגיל.
באופן זה מתארחת ישיבת אוהל שלמה בבאר שבע בישיבה התיכונית בני עקיבא בכפר הרא"ה, האולפנה באופקים מתארחת באולפנת בני עקיבא בצפירה, אולפנת נתיבות מתארחת באולפנת בני עקיבא במירון, תיכון הבנים בנתיבות מתארח במכינה בגבעת שמואל ישיבת נווה הרצוג מתארחת בישיבת בני עקיבא לחינוך סביבתי בסוסיא אולפנת אבן שמואל מתארחת באולפנת בני עקיבא רעות בפתח תקוה ועוד.
מנהל מרחב דרום של מרכז ישיבות בני עקיבא, משה בר חיים מסר כי המוסד המארח אחראי על כל הנושא הלוגיסטי והמוסד המתארח שולח עם התלמידים והתלמידות צוות חינוכי שכולל בעיקר מדריכים ואמהות בית ומורים בהתאם לנדרש. "לרוב השכבות אנו נותנים פעילות הפגתית או פעילות בנושא ערכים ואמונה, אך לשמיניסטים למשל אנו דואגים למורים מקצועיים שיוכלו להכין אותם היטב לבחינות הבגרות".
בר חיים מסר כי ישיבות ההסדר באשדוד א' הפסיקה את הלימודים והיא עברה למקלט של בית ספר בעיר, שם היא ממשיכה בלימוד התורה.