בית המשפט העליון, בהרכב השופטים: אהרן ברק, אליהו מצא ויעקב טירקל, דחו את עתירתו של סרבן המצפון, יונתן בן-ארצי, שביקש לברר בבית משפט אזרחי את כתב האישום שהוגש נגדו.
בן-ארצי קיבל צו גיוס לשירות ביטחון. ואולם, הוא סירב להתייצב בצה"ל, וביקש טרם גיוסו פטור "מטעמי מצפון", בהצהירו כי הוא אוחז באמונות פציפיסטיות אשר אינן מניחות לו להצטרף לשורות צבא לוחם.
לטענת בן-ארצי, מדובר בשאלה אזרחית ולא צבאית במהותה, שטרם נדונה ולובנה לעומקה במשפט הישראלי, ולכן מתחייב מבט שמחוץ למערכת הצבאית על בתי הדין שלה.
המומחיות העדיפה, טען, היא של ערכאה אזרחית בהכרעה ערכית ורבת משמעות מסוג זה, ולפחות על-פי מראית פני הצדק, אין זה ראוי כי הערכאה הצבאית תכריע בשאלה מי יכול להיות פטור משירות צבאי.
לעומתו, טענו עורכי הדין, מיכאל ספרד ושי ניצן מהפרקליטות, כי העבירה בה הואשם בן-ארצי - סירוב לקיים פקודה - היא "עבירה צבאית" שאין לבית משפט אזרחי סמכות לדון בה כלל ועיקר.
השופטים פסקו כי דין העתירה להידחות, והחליטו להשאיר את שאלת הסמכות (המקבילה) של בתי המשפט הצבאיים והאזרחיים בצריך עיון. השופטים מציינים, כי מערכת בתי הדין הצבאיים היא מערכת מקצועית, אובייקטיבית ובלתי תלויה. ההליך הפלילי מתנהל בה על-פי כללים של סדר דין הדומים לאלה המופעלים על-ידי בתי משפט השלום ובתי המשפט המחוזיים. "נמצא, כי אין שוני מהותי - לעניין הבעיה הניצבת בפנינו - בין שתי המערכות הללו", נכתב בפסיקה.
על-רקע זה, כתבו השופטים, "הגענו למסקנה כי אין מקום להתערב בשיקול דעתם המקצועי של היועץ המשפטי לממשלה והפרקליט הצבאי הראשי, אשר הגיע למסקנה כי הדיון יתקיים במערכת בתי הדין הצבאיים. שיקול דעת זה הופעל במתחם הסבירות".
